建国时，合肥市兽医事业一片空白，既无机构，又无技术人员。由于畜禽疫情严重，影响了生产，其中血吸虫病、炭疽病、口蹄疫、狂犬病等，通过禽畜传给人体，威胁人类健康和生命，引起政府的重视，开始吸收和培训兽医人员，充实畜牧兽医队伍。1952年，农村互助合作运动促进了畜牧兽医工作者协会诞生。1953年，在自愿的原则下，合肥市又成立了兽医联合诊所。1953年6月，合肥市人民政府家畜检疫站宣告成立，主要开展市场的白肉检疫和畜禽门诊业务。1956年，检疫站正式单独办公，担负国家畜禽检疫工作并负责郊区各乡镇畜牧兽医工作(包括兽疫防治和畜牧生产技术的指导、推广、普及、培训等)。检疫站先后承担过铁路运输进出口检疫、宰牲场生猪检疫、牲畜交易市场检疫、市场白肉检疫、畜禽疫病防治，乡村畜牧兽医培训和对畜牧专业户的扶持。1966年后，农贸市场关闭，市场肉检业务中断。“文革”期间，合肥市检疫站被撤销。随着畜牧业的发展和畜禽疾病防治的需要，1975年8月，合肥市畜牧兽医站成立。1981年后，随着市场检疫制度恢复，猪、禽肉的白肉检疫工作也由市畜牧兽医站负责。1984年，检疫站恢复后负责市场白肉检疫。市畜牧兽医站负责兽疫防治及畜牧生产技术的推广和普及。1984年，合肥市畜牧水产局成立，设立了畜牧科。
1985年底，合肥市各类畜牧兽医站共173个。其中，市级1个，县级4个，区乡级168个。兽医人员902人。其中，国家畜牧兽医技术干部124人，集体性质的兽医人员778人。
合肥市畜禽疫病的防治分“春防”和“秋防”两种，以“春防”为主。“春防”主要防鸡的新城疫病、猪瘟和猪肺疫，“秋防”主要防猪丹毒和禽霍乱。
畜病防治
炭疽由炭疽杆菌引起的人畜共患传染病。主要传染源是病畜。杆菌经消化道或皮肤感染，呈地方性流行，多发生于夏秋炎热、多雨、洪水泛滥的季节。病牛需肌注青霉素，每次400～800万单位，1日3次，连用3天；皮下或肌肉注射抗炭疽血清，每次100～250毫升，必要时12小时后再注射1次。
牛锥虫病又名苏拉病。50年代，淮河下游有流行。1979年，合肥亦曾发现。据抽样普查，在牛、马、驴、骡中感染率20%左右。此病由寄生在马、牛、驴、骆驼等家畜血浆和造血器官内的“伊氏锥虫”引起。发病后，出现贫血，机体清瘦，间歇发热，心脏衰弱，腋下水肿，精神萎靡，役力降低等症状。病牛可用贝尼尔、拜尔205等药物治疗。
狂犬病俗称疯狗病，是由狂犬病病毒引起的一种接触性传染病，由患畜咬伤感染，是人畜共患病。狂犬咬伤人或家畜，如不及时注射狂犬病疫苗，不仅被咬伤者人发病，而且还将继续威胁其周围的人、畜。1980年以来，合肥地区常发生此病。防治方法是控制养狗数(如必须养，应按正确程序免疫并拴养)，扑杀病犬及野犬。
猪瘟又称烂肠瘟，是猪瘟病毒引起的高度传染性疾病。猪能通过各种途径感染，但自然情况下以消化道传染为主。它是一种传染快、流行广、死亡率高的急性传染病。不同性别、年龄、品种的猪均易感染，没有明显的季节性。目前猪瘟尚无特效药物治疗。用抗猪瘟血清虽能见效，但经济上得不偿失。可用猪瘟免化弱毒疫预防接种。非疫区一般断奶后接种；疫区一周龄仔猪接种，2月龄后再接种1次。母猪每年注射1次，可产生较强保护力。
猪丹毒俗称“打火印”，是由猪丹毒杆菌引起的一种急性败血性传染病。主要经消化道感染，也可经皮肤、粘膜的伤口感染。一年四季均有发生，在夏秋多雨季节发病较多，暴雨成灾后，发病更集中。此病病程短，死亡快。治疗用抗生素疗法或磺胺疗法。常用猪丹毒弱毒冻干苗或猪瘟、猪丹毒二联冻干苗预防注射。
口蹄疫是由口蹄疫病毒引起偶蹄动物的一种急性、热性、高度接触性传染病。以直接接触方式传播，无明显的季节性，但以春季为流行盛季。猪口蹄疫发生时应立即封锁、隔离、消毒，以减少损失；同时，采用当地流行的病毒型相同的口蹄疫苗，对病群中的健康猪、疫区和受威胁区的健康猪紧急预防注射。
猪肺疫又称猪巴氏杆菌病或猪出血性败血症，是由多杀性巴氏杆菌引起的一种传染病。经消化道、呼吸道感染，亦可经皮肤、粘膜的伤口或吸血昆虫媒介而感染。每年春、秋两季可定期用猪肺疫氢氧化铝甲醛菌苗或猪肺疫口服弱毒菌苗进行免疫接种。
猪副伤寒又称猪沙门氏杆菌病，是由沙门氏杆菌引起的一种传染病。主要经消化道感染，交配及人工授精也可发生感染。此病仔猪多发，一年四季都可发生，多雨、潮湿季节发病较多。治疗用痢特灵、磺胺脒、氯霉素粉均可。注射仔猪副伤寒弱毒菌苗可预防。
禽病防治
鸡新城疫俗称“鸡瘟”，是由新城疫病毒引起的一种急性、烈性传染病。世界各地广泛流行，亚洲地区流行最广。此病最早发现于印度尼西亚和英国的新城地区，并定名为“新城疫”。民国24年，我国亦发现此病，至今尚未消灭。目前控制和消灭“鸡瘟”最有效的方法是雏鸡接种鸡新城疫Ⅱ系苗，2月龄以上鸡用I系苗肌肉注射。
鸡传染性法氏囊病又称鸡传染性腔上囊病，是由传染性法氏囊病毒引起的一种以破坏法氏囊和淋巴组织的传染病。鸡感染后将严重影响免疫效应，干扰各种疫苗的免疫效果。2～15周龄的雏鸡和青年鸡易发，病的高峰是在3～6周龄。本病为高度接触性传染病，主要通过直接接触或经饲料、饮水传播。1984年在合肥市已确诊。常用接种疫苗进行预防，以保护鸡群。雏鸡用弱毒苗进行饮水免疫，紧急接种可用卵黄抗体及高免血清，治愈率较高。
禽霍乱又称禽巴氏杆菌病，是由多杀性巴氏杆菌的禽型菌株引起的一种败血性传染病。成禽和幼禽均可发生，但以成禽居多。家禽中鸭易感性最高，其次为鸡。以春、秋两季发病较多。禽霍乱是仅次于鸡新城疫的传染病。合肥市郊区和肥西、长丰等县均曾分离到多杀性巴氏杆菌。禽霍乱治疗用卡那霉素和氯霉素效果较理想。预防须采取加强饲养管理、隔离消毒、注射疫苗或不定期投药等综合性措施。注射疫苗使用弱毒活菌苗和组织灭活苗免疫接种。
鸡白痢是由鸡白痢沙门氏杆菌引起的传染性疾病，主要侵害雏鸡，常呈急性败血症状，死亡率较高。一年四季均可发生，以育雏季节发病最多。治疗用抗生素类药均有效，预防则以建立鸡白痢净化鸡场为根本措施。
鸭瘟俗称“大头瘟”，是由疱疹病毒引起的一种水禽接触性败血性传染病。此病传染快，死亡率高，各种年龄均易感染，但成年鸭较雏鸭发病率高。60年代初，在安徽即已确诊。鸭瘟尚无特效药治疗，故应采用综合性防治措施。非疫区每年定期用鸭瘟鸡胚化弱毒疫苗进行免疫预防。
小鹅瘟是由小鹅瘟病毒引起的一种急性败血性传染病。多发生于3～20日龄的雏鹅群。出壳后5天发病，7～10天达到高峰，发病率和死亡率都高。主要传染途径为消化道。目前尚无特效药治疗。预防可用成年鹅制备的抗小鹅瘟血清给刚孵出的雏鹅注射，保护率可达95%左右。
球虫病是由艾美尔球虫引起的疾病，多发生于15～45日龄的仔鸡，其他日龄亦可零星发生，以温暖、潮湿季节，尤其是梅雨季节发病较多。治疗与预防可用抗球王、球净、球虫灵、马杜拉霉素等药物。