1988年底，合肥地区有国营水利管理单位53个，职工1200人，管理全地区大、中型骨干工程和重点小型工程。另有数以千计的各种群管组织，数以万计的群管人员管理众多小型农田水利工程。专管与群管紧密配合，充分发挥工程效益。
塘坝管理
建国前，合肥县境内小塘小坝多为一两户或数户所有，由用户自修自用自管。较大塘坝为多户多姓共有，名曰公塘，以乡规民约方式成立管理组织，众议章程，公推塘长、小甲执掌，如肥西县曹关塘即是。少数官塘为官修民用，官署指派专人管理，如长丰县蔡城塘即是。
建国后，塘坝变为集体所有，实行集体管理体制。
合肥地区塘坝属小型农田水利工程，绝大多数为1个生产队或几个生产队所有所管，少数为生产大队直接管理。生产队在队长领导下，配专职“大锹把”(管水员)1～2人，负责塘坝整修，安排田坵灌水顺序。“大锹把”大多拿全队最高工分。几个队共有的塘坝，由几个队派人参加，组成塘管小组或水利小组。大队配有生产大队副(管水利)，公社配生产副主任(管水利)。
1958年前，由于农田灌溉水源主要依靠塘坝拦蓄，各队对塘坝管理甚为重视，每年冬季农事活动，主要是整修塘坝，认真执行管理制度。1958年后，电力提水灌溉工程不断发展，灌溉水源有了保障，各县(区)放松了塘坝管理。1966年淠河灌区形成后，不仅对塘坝放松管理，而且还废塘为田。1979年实行家庭联产承包责任制后，塘坝仍为大队(村)生产队(组)所有，灌溉结合养殖发挥综合效益，塘坝受到重视，又制定一系列制度，塘坝管理再度得到加强。
水库管理
合肥市建国以来修建的大、中、小型水库共有469座。按其资金来源、修建目的和效益范围等不同情况，分为国家和集体两种管理体制。大型水库和多数中型水库由国家管理，少数中型水库乡建乡管；小型水库绝大多数实行乡(村)建、乡(村)管，少数位置特殊的由国家管理。
大型董铺水库位于合肥市城郊，修建目的是解决合肥城市防洪和供水。由于作用特殊，设立副县级独立管理机构——董铺水库管理处，由省、市两级水利部门双重领导，安徽省水利厅负责技术业务管理，合肥市水利局负责组织行政管理。
中型水库(包括少数小型)，由所在县水利部门管理。因各水库情况不同，有的为县水利局直接派出二级机构管理；有的为县水利局派出机构再分派三级机构管理。长丰县中型水库，除罗集、名城寺、霍集3座为乡建乡管外，其余水库为瓦东、滁河两干渠反调节水库，由瓦东、滁河两干渠管理所派人成立管理段(单位)，既管水库、又管渠道。瓦东干渠的魏老河、龙门寺、陶老坝、红旗、双河、永丰6座反调节水库管理段，由瓦东干渠管理所领导管理；滁河干渠的张桥、蔡塘、泗水(未蓄水)、三十头(小型)、大官塘(小型)5座反调节水库管理段，由滁河干渠管理所领导管理。肥西县磨墩水库为潜南干渠反调节水库，管理段由潜南干渠管理所领导管理。肥东县众兴、管湾两水库为滁河干渠下段反调节水库，管理段由肥东县滁河干渠管理所领导管理；袁河西、岱山两座水库，由肥东县水利局直接派出管理机构(处、所为县属二级管理单位)管理。乡、村管的水库，由乡、村各建管理组织。乡管水库，以分管农业生产的副乡长为首成立水库管理组(所)，配备专管人员3～5人。村管水库或几村共管水库，由一村或几村成立水库管理组，每库确定一专管人员，负责看管水库和掌握闸门启闭工作，执行水库管理小组制定的规章制度。水库工程管理重点包括：
一、维修养护。国家管的水库，平常养护实行定点、定项、定人、定质量签定承包合同。董铺水库建有养护专业队(14人)，将大坝分段承包给个人负责养护。中型水库管理段亦实行责任承包。对于枢纽建筑物，除每水库确定专人定期检修外，每年5月、9月对各水库进行两次捡查。国家管的水库，由市、县水利部门组成联合检查组检查，乡、村管的水库，由县水利部门派人配合乡政府组成检查组检查。5月的汛前检查，发现问题及时处理，如汛前难以完成的，由水库制定安全渡汛措施。9月的汛后检查，发现渡汛期间有水毁损坏的，当即修复，不得拖延跨年。
二、水文、水工观测。水库各项观测是水库科学管理的中心环节，各水库都有专人掌握，市、县分级负责指导。董铺水库的水位、雨量、流量观测，由合肥水文站指导进行；水工方面的浸润线、位移、沉陷、渗漏等观测，由省水利厅和市水利局指导进行。各县(区)水库水文、水工观测，由各县水利局和派出管理单位指导进行。
三、控制运用。水库控制运用是保证水库安全、充分发挥工程效益的具体工作。大、中型水库根据设计标准，首先确定防洪水位和兴利水位，报上级管理部门批准后执行。董铺水库汛限水位由省水利厅确定下达。县管理水库的汛限水位由县水利局批准下达；乡、村管理水库的汛限水位，由县水利部门与乡、村政府商定批准下达。全市所有水库除董铺水库无灌溉任务外，其余均以灌溉为主。各水库灌区都建有管理委员会，水库灌溉用水计划每年由管理委员会决定，水库专管人员具体执行。
水库管理经费：国营水库一切经费原由国家拨款，1970年征收水费后，正常维修养护经费、管理人员工资从水费中支出，自负盈亏；大修、加固、扩建经费仍由国家拨款补助。乡、村管水库经费完全从水费中支出；遇有大修等乡、村无力承担，但又非办不可的，国家给予资助(有的采取贷款方式解决)。
引淠灌区管理
合肥市引淠灌溉工程，由淠河总干渠引入境内。从总干渠引出的，有潜南、瓦东、滁河3大干渠和双河、小蜀山、大蜀山3条分干渠。7条渠道于1966年先后竣工通水后，分别成立了8个管理所(滁河干渠分上、下段两个管理所，大蜀山分干渠分郊区、肥西两个管理所)。在各渠道建立管理所的同时，还分别通过选举建立了各灌区管理委员会，其成员由管理所和所在县(区)、乡领导人组成。管理委员会是灌区最高决策机构，正常情况下，每年两次全委例会，听取管理所工作汇报，制定管理规章制度，组织渠道清淤、维修和保护等事宜；遇到特殊情况，管委会可以随时召开。
各渠道工程管理实行专管与群管相结合的管理体制。各管理所为国家所设专管机构，负责渠道、涵闸、沿渠反调节水库等工程设施管理，各管理所下设管理段，按管理所各项规定，具体执行各段管理工作。灌区支渠口以下工程，跨县(区)、乡万亩以上的由管理所管理；万亩以下的由所在乡、村管理。各支渠配专职管水员1～2名，报酬由受益社、队负担，管理所对乡管水员给予固定工资补贴。
县(区)对所管渠道颁布了一系列规章制度，其中：
一、渠道两岸护堤范围，填方段以坡脚外20～30米为界，挖方段以堆土坡脚为界，在此界限内，不准放牧、不准取土、不准葬坟、不准垦植、不准砍伐树木。
二、堤身绿化，由各管理段提供树苗，就近队(村民组)负责栽、管，收益三、七分成。
三、管理段管理人员每2～4天沿渠巡查一次，作巡查记录，建观测卡片。
四、各涵闸等建筑物定期检修，小修由管理段负责，大修由管理所负责。
对于上述规章，肥西县严格贯彻执行。1966年，高刘公社管委主任擅自在淠河总干渠高老圩填方段开口放水，致使部分堤防溃决，影响大堤安全，该县监察委员会给予撤销其职务处分，通报全县以告诫他人。
由于各管理所严格遵守规章制度，认真管理，各渠道在1966年前一直都保持着良好的状态。
1966年“文化大革命”后，整个灌区管理工作呈松懈状态，规章制度遭破坏，堤防垦植、取土烧窑、挖坑埋坟、放牧牲畜、涵闸被撬、树木被砍伐等现象时有发生。滁河干渠将军岭至三十头闸间的107座放水口，90%的闸门被撬坏。小蜀山分干渠被一农民开缺放水，酿成堤溃，淹没部分农田，冲毁桥梁1座。
1978年后这一现象逐步有所扭转。农业实行家庭联产承包制后，对于如何管好灌区显得束手无策。淠河总干渠堤上树木被砍210万株，堤防被垦396亩。肥西县小庙乡沿渠生产队(现村民组)将护堤地54亩分给农民作承包田。
1981年，淠史杭灌区管理总局根据国务院水利部“把水利工作重点转移到加强管理上来，首先加强对现有工程的管理”的指示精神，颁发了《淠史杭灌区管理暂行办法》。为贯彻水利部指示精神和淠史杭总局管理办法，市、县(区)相继颁发了一系列通告、通令。肥西县查处了淠河总干渠、潜南干渠两处切岭护坡预制板被扒和绿化被破坏的案件；长丰县处理了双墩农民殴打工程管理人员的事件；肥东县处理了众兴乡霞光村擅自决堤建涵，造成溃堤毁坏农田事件。县(区)、乡负责人带头到各堤防填坑、平坟、铲除种植物和责令砍伐树木者补栽树苗。通过一系列举措，灌区管理工作逐渐走向正常。
现灌区各渠道工程管理采取层层承包责任制方式：管理所对堤防、渠道、涵闸、反调节水库等设施，制定出管理条例和质量标准，承包给段，段再承包到人。管理工作与经济挂钩，优奖劣罚，奖罚分明。
圩堤管理
合肥市圩区濒临巢湖及南淝河、派河、丰乐河等河流下游地带。
建国前，圩董(圩总、总首事、总执事)为一圩首领，下设圩长(执事、首事、片长、段长)若干人，小甲(掌事)若干人。圩董负一圩之责，圩长按排灌渠系或圩堤处所，分片分段负责，小甲具体负责一圩排灌安排、设施维修、日常巡逻和通信联络等工作。为加强管理，各圩所订乡规民约条款有三：
一、圩董平时负责安排圩堤整修等工作。堤防出现危急情况时，直接下达调度令由小甲传达各圩长。各圩长执行调度令，再调度其他有关人员。违背调令者，若堤防出险，即将此人抛入水中堵口(严厉惩罚之意)。
二、人、畜毁堤者，除令责任人修复外，并罚请酒，以酬谢圩董、圩长、小甲等人。
三、排涝防洪抢险不力、修圩不符合质量要求和违犯有关章程者，当众鸣放爆竹，以示改正错误。
建国后，改革圩董制，建立新的管理机构，吸收民约有积极意义的条款，制定新的管理措施。建国初期，大圩以地方政府负责人为核心，成立圩堤管理委员会，设专职主任1人，会计1人；小圩管委会主任由行政村长兼任，设不脱产会计1人。大圩管委会主任、会计为国家水利系统在编人员，其他不脱产管理人员和小圩所有不脱产管理人员，经济报酬由自己应交的护堤管理费中抵销，不足数由全圩贴补。
1963年后，肥东县成立圩堤管理所，肥西县成立丰乐、义城两圩堤管理所。1978年义城圩堤管理所划归郊区管辖后，肥西又成立派河圩堤管理所。圩堤管理所是圩区最高管理机构，由各县(区)水利局派出，为水利事业单位。
圩堤管理所成立后，建立了“三包”、“八不准”制度。
“三包”：堤段包给村管，设施包给专人维修，涵闸斗门包给专人看管。
“八不准”：一、不准在堤上搭盖建筑物；二、不准在堤上取土；三、不准在堤脚下挖掘沤粪池；四、不准在堤上种植作物；五、不准铲堤上护坡草皮；六、不准在堤上挖蔗、薯窑；七、不准在堤上拴、牧牲畜；八、不准在堤上搬动各种防洪设施。
1966年“文化大革命”开始，传统的护堤规约和管理制度被打乱，堤上违章建筑、取土、扒石、种植、放牧等现象每天可见。
由于多年失修，1980年洪水使堤防多处溃决。
肥西县颁发《关于保护堤防设施安全的布告》后，查处了滨湖公社农民盗扒3000吨护堤石事件，丰乐镇查处了在堤上违章建房事件。通过两宗事件查处，杜绝了违章事件的发生。肥东县、郊区除颁发一系列护堤规章制度外，进一步调整了管理组织。肥东县圩堤管理所原由撮镇区领导，在工程业务方面因与水利部门联系不便，改归县水利局直接领导。郊区除有区圩堤管理所负责业务工作外，各乡(镇)还建有行政管理组织，有称圩堤管理委员会，有称水利大队。行政管理组织与圩堤管理所密切配合，管理工作协调一致。
机电排灌管理
管理机构50年代初，合肥市仅辖郊区。市、区两级无排灌管理机构。在郊区建成的夹心庵机灌站和方桥、北门电灌站，统由省农林厅水利局直接管理。
1958年，肥东、肥西两县划人合肥市辖，市始建水利局，内设工程管理科。原由省水利厅(1953年，省水利局改为省水利厅)管理的方桥、北门等电灌站，移交给市水利局工管科管理。肥西县原抽水机站撤销后又新建机电排灌中心管理站，肥东县原抽水机站撤销后新设机电管理股，亦由市局工管科对口管理。1963年肥东、肥西两县划回原地区，市水利局撤销，郊区成立水利科，内设工程管理股，统管郊区机电排灌站。
1980年，合肥市水利局恢复建制，后肥东、肥西两县复划入市辖。1983年，合肥市辖肥东、肥西、长丰三县和一个郊区、三个市区。水利部门为管理对口，市成立机电排灌管理站，三县一郊(区)分别成立县(区)机电排灌中心管理站，直接领导本县(区)基层机电排灌管理站。机电排灌管理形成“上有挂靠，下有对口”的市、县(区)、基层站三级管理体制。
管理方法合肥市机电排灌管理，按管理体制不同，分为三种类型：一、国家设置的国营站：二、主要设备产权属国家，由区营的国有区营站；三、乡、村自营站。
市机电排灌管理站主要掌握国家有关机电排灌方针政策的贯彻执行，制定管理方略，研究、应用、推广先进管理技术，促进全市机电排灌管理水平的不断提高。
县(区)中心管理站直接领导基层国营站，按照国家有关规定，对各站八项技术经济指标(设备完好率、能源单耗、用水定额、排灌成本、单位功率效益、渠水利用系数、自给率和灌区产量)进行检查督促。同时对工程、机务、财务、排灌抽水等业务给予技术指导。
国有区营站(撤区后为乡营)，由区(乡)水利站(组)管理，自行经营核算，遇大修或大项开支，国家给予适当维修补贴。
乡、村自营站，系群众自筹自建为主、国家给予补助为辅的小型站，由乡、村自管自营。
国营机电排灌站于50年代初创建时，采取以师带徒和亦工亦农的半脱产方式，培养了一批柴(汽)油机、锅驼机(曾使用一时期)司机，同时从基层干部中选派一批人从事机电排灌管理工作。1956年，肥东、肥西、郊区各派10人去省水利电工培训班，接受农用电管理技术培训。依靠这30名电工骨干，接力式的培训机电职工。
50年代末、60年代初，各机电排灌站为提高排灌能力，都制定了一套操作规程和管理制度，发挥了工程效益。但是由于管理经验不足，不少站问题很多，经营亏本。
1963年，根据中央农业部、水电部《关于开展灌区清查整顿工作的指示》，肥西县在兴集电灌站进行清查整顿试点，取得经验后，于1964年在全县机电排灌站清查整顿，发现全县机泵不配套的占装机总容量30%，影响8.6万亩农田受益。由于制度不健全，责任不明确，水电费普遍收不上来。1962、1963两年所收水费只占当年应收额44.4%，机电设备维修养护费、管理人员工资，绝大部分由国家补贴。同时机泵出故障、烧坏变压器等情况时有发生。肥东县、郊区情况大致与肥西县相似。
1965年，根据安徽省《农田排灌机电设备管理办法》，各县(区)针对清查整顿中暴露的问题制订配套方案，落实排灌面积，贯彻水费合理负担政策，认真按照机电排灌站管理八项技术经济指标进行监督，建立管理、保养、维修岗位责任制。采取以上措施后，生产和管理工作较为正常，管理技术水平也有所提高。
“文化大革命”期间，由于各级体制多变，同时受极左思潮影响，又加上一些人的重建轻管，致使一些机电工程遭受不同程度的损坏，削弱了抗御自然灾害的能力。
1980年后，机电排灌管理机构相继恢复，“文化大革命”期间，生产无计划，作业无定额，管理无要求，经济无核算，技术管理无人问的状态有所扭转，管理工作渐次走上正常轨道。
1981年，根据水利部《把水利工作的着重点转移到管理上来》战略决策，全市机电排灌战线进一步肃清管理工作中“左”的思想影响，按机电排灌站管理八项技术经济指标加强监督，明确向各站提出“生产有指标，经济有核算，消耗有定额，安全有措施，劳动有制度”的具体要求，建立管理、保养、维修岗位责任制。
1981年后，针对机泵效率低、能源消耗大、运行费用高等情况，肥东县将撮镇一级站部分小功率机泵更换为大功率机泵。更新改造后，由原出水量23立方米／秒增加到30立方米／秒，与二、三级站供需水量相适应。长丰县对庄墓电灌站更换机泵，改建机房。改造后，北一站机电功率减少340千瓦，而出水量却从8立方米／秒增加到9.3立方米／秒，年可节约电能269万度。