1958年前，全市各项水利工程，实行无偿供(排)水，一切费用全从国家水利事业费中供给。1958年，开始征收水费，实行有偿供(排)水。但由于主导思想还是“国家拿钱，农民种田”，只讲供水，不讲经济效益，亏损仍然严重。中共中央十一届三中全会后，全市各级水利管理单位，贯彻水利部提出“把水利工作着重点转移到管理上来”和“加强经营管理，讲究经济效益”的方针，转变思想，冲破框框，管理工作从单一生产型转变到综合经营型，从不讲究投入与产出转变到以提高经济效益为中心的轨道。认真实行有偿供(排)水，高效率利用水资源，改变水利建设不计成本的状况，推动了水利经费的良性循环。在综合开发方面，充分利用水土、设备、人力、技术优势，发展多种经营，以水养副，以副服务于水利，促使水利建设事业不断地向前发展。
用水调度
淠河灌区供水调度合肥市引淠灌溉工程为淠河总干渠，控制运用由安徽省淠史杭灌溉工程管理总局(以下简称总局)掌握。为使总局预先作好安排调度，市辖3县和市郊区每年年初，将本县(区)引淠灌区的内塘、库蓄水、种植计划、需要供水量等情况，书面向市水利局报送，市局汇总向总局申报年度用水计划。总局根据各灌区报送的计划通盘考虑，分配年用水指标。市境内的各干渠、分干渠管理单位根据总局分配年供水指标，对本灌区统一调度，按灌溉面积分配供水量。肥西灌区，由淠河总干渠的淠河分局、潜南干渠、双河分干渠、小蜀山分干渠和大蜀山分干渠管理所掌握调度(大蜀山分干渠包括郊区部分灌溉面积)；长丰县灌区，由瓦东干渠管理所和滁河干渠管理所掌握调度；肥东灌区由滁河干渠管理所掌握调度。各管理单位均建有灌区管理委员会，每年召开一次配水调度会议，制订一些规章制度，交由管理单位具体贯彻执行。
小蜀山分干渠为了加强用水管理，改变灌区放水时上游淹、下游干和收费难的状况，由管委会制订了放水规定，把无控制的“长流水”改为有控制的间断性放水。即：渠道畅通的放，渠道淤塞的不放；交清水费的放，欠水费的不放。
沿渠反调节水库对淠河灌区供水亦起重要的作用。这些水库都设有专门管理机构，汛期尽量吞进渠道上游及区间地面径流，减轻洪水对下游压力；灌溉用水高峰期间，渠水不足时，吐出库水以满足灌区用水需求。这些长藤结瓜式的反调节水库发挥着重要的调节作用，有效地提高了引淠灌溉工程效益。
提灌供水调度合肥市提水灌区大体分为3大片，即提巢灌区、提两湖(瓦埠、高塘)灌区和驷马山提灌区。这3片属大型灌区，跨区乡跨村，地形错综复杂。水利关系到用水户的切身利益，矛盾多，易发生水利纠纷，同时也与供水单位经营成本密切相关。大型灌区提水灌溉为各县(区)水利部门和行政领导所重视。
肥东县撮镇电灌站灌区31万亩，每当灌溉期间，专管与群管紧密配合，分工负责。供水由电灌站负责，水入渠道后由区、乡管委会委员负责调度。
长丰县两湖(瓦埠、高塘)灌区，每年由管委会制订一年供水规定：先下游后上游，先友邻后自己；水源紧张轮灌，水源宽松普灌。该县由于执行以上规定，多年来一直能保持灌区计划用水、节约用水、团结用水。
肥西县丙子电灌站与灌区社队签订供水合同，年年能满足灌区需水要求，年年能收回全部水费。
塘坝水库供水调度1958年公社化前，田间灌溉以户(后以队)为单位轮灌，燃香计时，按塘份定香数，限香不限田。在轮灌中采取“先急后缓，先高后低，先远后近”办法，供应不同作物和不同田坵用水。1958年后，蓄、提、引水等工程兴建渐多，调节了灌区内的塘坝、水库蓄水。为了发挥相互调节配合作用，在灌区内的塘坝用水，先用活水，后用死水；先用低塘，后用高塘；先用大塘，后用小塘，再用库水。水库用水，先提灌，后自流。水管部门负责水源调配，按计划适时供水，区、乡村干部负责渠道配水，做好管水、接水工作，并护好渠道，防止破坝跑水。
水费征收
1958年前，合肥市所有国家管理的水利工程，全部实行无偿供(排)水，其工程维修养护、人员工资等费用，统由国家水利事业费中支出。1958年7月，安徽省人民委员会(以下简称省人委)《关于灌(排)区水费征收和使用意见》下达后，开始征收水费。但不久，中共安徽省委书记在肥西县三级干部大会上宣布：水利工程建成后，三年不收水(电)费。有偿供(排)水仅收费两年，又停止实行，仍维持“国家出钱，农民种田”的局面。1962年9月，省人委又发一个关于灌(排)区征收水费的通知，恢复征收水电费。
水费标准全市不统一，没有进行成本核算，由各县(区)根据水利部、省、地(市)有关规定，结合本县(区)实际情况自行决定。
提水灌溉：1966年前，全市均按田亩包干计算。肥西县每亩2.00元。长丰县按作物计征，中稻每亩1.5～2.0元，晚稻每亩1.0～1.5元；旱作物以灌次计，每次每亩0.5元。肥东县电费按实用量另收；水费分站级不同，每亩分别收0.25～0.35元。郊区每亩收1.5～2.5元。1967～1982年，各县(区)水费标准多变，征收形式亦多变。肥西县1967年后按水量计算，每立方米4.4～8厘；1971年后按亩包干，每亩2.0元，提水扬程达22米以上的，每亩加0.5元；1973年后按实用电费、机械折旧、基本水费3项相加计征，每亩0.30～0.50元；1976年后以台时计费加基本水费，每亩0.60元。长丰县按水量计征，每立方米4.4～8.0厘。郊区、肥东按亩包干，郊区每亩1.2～1.5元；肥东电费除外，每亩仍收0.35元。
1982年后，全市普遍实行承包合同，每亩包干5.O～5.5元，肥东、郊区每亩4.5～5.5元。
自流灌区，开始基本上按亩计征水费，各县(区)征收标准不一。1961～1970年，每亩0.6～0.8元。1971年，每亩1.0元。1972年，其他县(区)仍按每亩1.0元标准，肥西县每亩折收稻谷6.5公斤。1973～1982年，各县(区)均为1.2元。
1982年7月，安徽省人民政府规定灌溉水费采用基本水费加按实供水量收费的办法征收，淠史杭灌区管理总局根据灌区很多渠系建筑物不配套，不具备按供水量计征条件，没有执行省政府规定。1983年，为了加强管理，提高水的经济效益，总局与各县(区)实行合同供水(即确定每县(区)田亩数，每亩供水数)计量征收水费。肥西县境：总局每立方米收水费1.1厘；该县1983、1984两年每亩收水费2.4元，1985年每亩3.3元，1988年每亩收4.5元。长丰县境：总局每立方米收水费6厘；该县根据本县各灌区不同情况，确定不同的收费标准，双墩区每亩配水700立方米，亩收费4.2元；杨庙区每亩配水600立方米，亩收费3.6元；下塘区每亩配水550立方米，亩收费3.3元；朱巷区每亩配水500立方米，亩收费3.3元。肥东县境：总局每立方米收水费4厘，该县每亩收1.O元(电费另收)。郊区境：总局每立方米收水费1.5厘，该区农业每亩收1.5元，蔬菜地每亩收3.0元。淠河灌区提水：肥西县农业每亩收0.3～0.5元，工业城市生活用水每立方米收费2分；郊区工业收1.5分，生活用水按水厂总产值2%征收。
圩区收费：排涝费每亩包干收费1.0元，不退不补。圩堤管理费：1982年前每亩统收0.2元；1982年后每亩收0.5元。
征收办法1970年前，以水利部门自收为主。每年用水结束后，水利管理部门与社队将用水量、田亩数核实，计算出水费数额，管委会审定，由社队征收后交水管部门。根据这种办法，长丰县采用午季预交一部份，秋季结清。
1970年，有的县实行财政部门随公粮代收。
水费按以上办法征收，各地存在不同程度的拖欠。肥西县1962、1963两年实收水费38.5万元，占应收任务44.4%。长丰县累计欠468.9万元，占应交数50.1%。肥东县1969～1985年，应交1828万元，只收696万元，占应交38%。郊区由于各社队水费帐目混乱，拖欠数目大，致使工程日常养护维修、人员工资无法维持，郊区区公所于1964年下达《认真清理郊区社队拖欠水电费的通知》，清理水费，后又受“文化大革命”无政府主义干扰，收费更为困难。
1982年后，电力排灌区执行国家规定，用户先交费后提水，杜绝了拖欠国家水电费的弊病。有的实行工程管理单体与区、乡订立承包合同，使供水收费两方便。肥西县丙子电灌站与用水单位签订水电费承包合同，每亩包干5.O～5.5元。淠河自流灌区水费由区代收或包收，从水费中提成2%作为区、乡手续费。
综合经营
60年代前期，合肥市机电排灌系统因具有一定的技术力量和设备优势，普遍开展代农民加工农副产品业务，既方便了群众，又增加了本单位收入。1966年肥西县，12个国营排灌站综合经营总产值33.38万元，盈利17.67万元。1962年肥东县各电力排灌站用水利工程周边土地种植作物40亩，收粮2.25万公斤，渔业收入1.5万元，饲养生猪73头，家禽3200只，植树21.5万株。1966年前，肥西兴集电灌站利用周边地种植，年收粮1.5万公斤，油料1000公斤，并发展养殖业，做到粮、油、肉、禽、蛋、鱼自给有余，既改善了职工生活，又增加了单位收入。
1966年“文化大革命”后，农副产品加工被视为“不务正业”，综合经营业务几乎停顿，收入锐减。1978年肥西县综合经营产值下降到2.04万元，为1966年的6%。原来各水利工程周边、堤防栽植的林木，有些被砍伐，原来已垦植的作物不少被群众侵占。在养殖方面，全市17座中型水库，养殖使用率只占47%。有些管理单位虽然根据各自的条件和能力，开展过林木栽植、排灌机械修造、水泥预制构件制造、水产养殖等项目，但在1966～1981年，管理单位心中无数，缩手缩脚，只图守业，不图发展，使许多可用的水、土资源没有充分利用起来。有的单位虽然利用了一部份，但没有把它放在适当位置来抓，有的经营无方而收场，有的因处理不当而夭折，有的没有拓展销路，产品滞销而中止。郊区方桥电灌站，原建有排灌机械修造厂，开展闸门启闭机、电机、水泵修造、电氧焊加工等项目，年盈余4万余元，但由于批判“不务正业”，1974年厂基本停办。其余各单位境况也大致相似。
1981年后，随着水利工作着重点的转移，在“加强经营管理，讲究经济效益”和“全面服务，转轨变型”等一系列方针、政策指导下，水电部总结了水利管理工作中抓好“两个支柱”(水费征收、综合经营)和“一把钥匙”(落实经营管理责任制)的经验，提出核心是加强水利管理，确保工程安全，巩固和发展现有水利管理，利用水、土资源的优势，加强对水、土资源的经营管理，充分发挥工程设施的经济效益，增加收入，并开展各类综合经营项目。由此，全市各水利管理单位对搞好工程管理和开展综合经营有了比较明确的方向。“两个支柱”克服了管理单位的因循守旧和消极畏难情绪，“一把钥匙”解除了各级领导和管理职工的思想禁锢。肥西县水利工程队和潜南干渠管理所经营水泥预制构件、涵管、桁条，电机修配厂生产50～100千伏变压器；潭冲、大官塘水库经营渔业生产；丰东、四合圩管理所和孤山管理所开采砂、石，兼营水运；江夏、刘河电灌站经营粮油加工；县水利局规划设计室开展有偿技术服务。据1985年统计，全县水利管理单位多种经营收入53.3万元，成本支出40.46万元，上交税金0.59万元，盈利12.25万元。
1982年后，各水利工程管理单位开展种植、养殖、运输、建筑、代农加工、预制构件、大坝灌浆和机电安装等项目，截至1985年底止，获纯利94.8l万元。
肥东县众兴水库渔业生产，年捕捞量在1.5万公斤以上；龙塘电灌站粮油加工、机泵修理，年盈利2.3万元；秦桥电灌站粮油加工，年盈利1.0万元；撮八电灌站多种经营，年盈利11.7万元；县水利建筑安装公司承建各项水利工程安装，1982年盈利1.5万元，1984年，达12万元。全县1982年盈利27.8万元，1988年盈利33.8万元。
郊区方桥电力排灌站，1981年开展闸门启闭机生产，涵管镀锌，五金加工，电机、水泵修理等项目，1981～1988年统计，年均产值5.45万元，成本支出3.60万元，盈利1.85万元。北门电灌站，1982年成立建筑安装工程队，1984年开办描图、晒图服务部，1985年开办汽车修配厂，并开展车床对外加工等业务，年均收入纯利润2.65万元左右。
郊区南郊灌溉管理所，1982年将大小汽车7辆承包到人，开展汽车运输，1983年开办烟酒门市部，1984年开办汽车修理门市部。3年开办3种经营项目，由于技术力量不足，经营管理不善，3年收入20.08万元，支出20.62万元，亏损0.54万元。