1958年，合肥工业大学、安徽大学、安徽医学院结合教学工作，相继建立化学教研室，进行化学研究工作，并对外开展化学方面的定性定量分析业务。60年代中期，无机化学、有机化学、分析化学、物理化学、高分子化学等化学分支学科的专业队伍初具规模，并取得一批有相当水平的科研成果。“文化大革命”中化学研究工作一度中断，仅在应用方面取得一些进展。1978年，全国科学大会召开后，化学科研队伍迅速壮大，中国科技大学、合肥工业大学、安徽大学等一批高等院校积极开展与国内外同行的学术交流，引进使用国外的先进仪器设备，使合肥的化学研究得到前所未有的大发展。
合肥化学科研力量，主要集中于高等院校、科研院所和一些大、中型化工企业。40年来，在化学基础理论研究和应用化学研究方面都取得了一批重要的科研成果。
基础研究
中国科技大学温元凯的“键参数函数及其应用”、近代化学系的“聚合羟基氧化铝研制”获1978年全国科学大会奖；“有机分子结构与性能间的定量关系”等获中国科学院科学大会奖；“化学键及离子极化”等一批成果获安徽省科学大会奖。
中国科技大学近代化学系的“化学键能与分子热稳定性的研究”，从化学动力学的观点出发，吸收物理有机化学与量子化学中的某些概念，提出了化学键均裂的“劈裂——更变模型”，对电子效应等进行了定量处理，采用了与国外不同的方法研究化学键能的变化规律，对于了解分子热稳定性有重要意义。
马兴孝的“激光分离同位素的实验及理论研究”，利用多原子在强红外场中发生同位素选择性多光子离解，进行激光分离同位素，同时提出该动力过程的系统理论，所得的条件和公式以解极的形式简洁地概括了激光分离同位素中选择激发、误激发、激光态反应、热反应、能量转移等过程的矛盾和制约关系，对方案设计和实验结果的分析具有指导意义，获1980年度中国科学院重大科技成果一等奖。
近代化学系的“取向高分子材料研究”，完成了单向拉伸结晶高聚物极图测定和单向拉伸聚偏氟乙烯取向结构研究，同时还建立了单轴取向函数的严格计算方法，取向函数计算和极图打印均采用TRS—80微型计算机。
李健民的“3d轨道理论及其应用”，创立了以非自由度作为标度的径向波函数理论，并利用这个理论于配位场理论计算，使得配位场理论从一个定性的理论有可能变为定量的可以预言的理论，可用于固体物理、化学、生物、地学等学科，获1987年度中国科学院科技进步二等奖。
应用化学研究
中国科技大学近代化学系“以矾泥为原材料新型净水剂的研制和生产”等一批成果获得1978年度中国科学院科学大会奖。
中国科技大学近代化学系关于“稀土汽车尾气净化催化剂的研究”，对稀土复合氧化物的合成、催化性质进行了研究。研制了具有钙钛矿结构的若干含稀土锰系催化剂，可用于柴油机、内燃机尾气、电厂及化工厂尾气的净化及回收能量。利用稀土化合物代替了贵金属作为各种催化剂，在理论和应用上都具有重要意义。
近代化学系钱生球研制成功的“多维营养油”，以菜籽油与米糠油为原料，在人为控制条件下，采取油酯重整使菜籽油和米糠油的脂肪酸在甘油酯的位置上进行交换，从而使原来的分子结构发生改变，保留了菜籽油和米糠油的优点，又克服了它们的缺点，其芥酸含量明显降低，脂肪酸组成接近联合国粮农组织和世界卫生组织所推荐的最佳比值，同时原料油中的同位素被巧妙地保留下来，为人们增添一种比较理想的食用油，对我国粮油的深度加工具有重要意义，获中国科学院1983年度重大科技成果一等奖。
近代化学系与航天工业部第42所协作完成的“燃烧铝滴直径分布和显微密度分析的研究”，应用自行设计的近距摄影装置、激光阴影照相、彩色纹影照相、扫描电镜和显微密度分析手段，根据不同的显微光密度分析曲线形状和扫描电镜结果，提出铝滴燃烧模型，对提高固体复合推进剂中铝的燃烧效率和减少二相流损失，以及配方中氧化剂粒度的选配具有指导作用，该成果获中国科学院1983年重大科技成果二等奖。
中国科技大学近代化学系于1984年研制成功“螯聚电解质凝集剂”。该凝集剂是根据某些聚合物中的氮杂链结构，可提供氮上孤对电子而形成配键的性质，选用一些具有“空外轨道”的无机离子作为螯聚的中心离子研制而成，经安徽丝绸厂、苏州线厂等4个厂进行印染污水处理试验其脱色效率为90～98％，COD去除率40～800％。