城市医院管理
1949年1月，合肥省市级医院尚在筹组中，城市医院管理主要任务是对私立医院、诊所医务人员进行政治思想教育，组织义诊，开展防疫注射等。1950年后，合肥城市医院逐渐增多。城市医院管理主要任务是贯彻卫生工作四大方针，明确医院的服务方向，并组织学习和推广苏联保护性医疗制度，用巴甫诺夫的高级神经活动学说来阐述医疗理论，指导临床诊疗，整顿和建立医院的管理制度。1953年，合肥市城市医院管理的任务是在城市医院中推行科主任负责制，并对各医院床位使用率、周转率、患者治愈率、病死率、平均床位工作日等业务指标作出规定，逐步健全各项规章制度。1957年，根据中央提出的医院工作应该城乡兼顾，扩大门诊，举办简易病床，扩大预防，以医院为中心，对地方和工矿卫生工作进行指导的方针，合肥市卫生主管部门将各医院门诊改实行上午、下午、晚上三班门诊制。1959年1月，合肥市将各医疗预防机构划分为一、二、三级，省市综合医院为一级医疗机构，区级综合医院为二级医疗机构，各基层医疗单位为三级医疗机构。同时实行逐级转诊、转院制度。1960年8月，城市实行人民公社化，合肥市按城市公社区划，将医疗机构划分为东市、西市、南市和北市4个医疗协作区。协作区内以街道委员会(生产队)为单位，再划分为128个医疗预防点，实行就近就医。“文化大革命”开始后，这一制度一度被废止。1972年，合肥市恢复三级医疗网：市级各类医院、职工医院、各区医院(门诊部)、防疫站为一级医疗机构，区以下及工厂、学校、机关的门诊部为二级医疗机构，其他基层医务(卫生)室、街道防治站、大队卫生室为三级医疗机构。实行逐级签订医疗合约，建立转诊转院关系。党的十一届三中全会后，根据卫生部关于集中力量，逐项解决，先抓恢复整顿，后抓改革提高的方针，合肥市城市医院管理以抓恢复、重建卫生医疗保健机构，恢复医院正常工作秩序为重点，并逐步推行以岗位责任制为中心的各项规章制度和各项技术操作规程，致力扭转医院在“文化大革命”中造成的混乱局面。1979年，根据全国医院工作条例(试行草案)和综合医院组织编制原则(试行草案)，合肥市卫生主管部门对各医院实行定员定编。1982年，合肥市卫生主管部门在城市医院管理工作中，结合贯彻实施《医院工作制度》和《医院工作人员职责》，在各医院开展医德医风教育，对各级各类卫生机构技术人员进行技术考核和职称评定。1983年，成立合肥市医院管理学会。该学会成立后，举办多期医院院长培训班，并组织对社会主义医院特点、发展规律、人才培训、质量管理、技术管理、门诊管理、病房管理、病案管理、后勤管理、设备管理以及医院隔离消毒等各类问题开展研究与探讨。
1983年12月，合肥市卫生局组织开展创建文明医院活动。在创建活动中，全市各级医院把医德医风教育作为思想政治工作的重要内容，不少单位还制定了文明公约、医务人员守则、医务人员行为规范、文明用语，开展“假如我是一个病人”的讨论，促进了医院的文明建设。1985年，合肥市有15家医院被评为全省卫生系统文明医院。
开业医务人员管理
1949年，合肥市开业医务人员管理办法规定，凡有正式学历，符合从医条件的人员允许其开业行医。凡在本市已开业多年而无正式学历的个体行医人员，须经政审考核备案后才允许继续行医。1951年统计，全市开业个体行医人员有西医师21人，中医师29人，西医士56人，中医土33人，牙医1人，化验生1人，卫生员1人。当年，合肥市医务工作者协会成立，个体开业医务人员被全部吸收为会员。市政府卫生事务所通过医协会对个体开业医务人员进行管理，组织个体开业医务人员学习政治、业务，动员和鼓励个体开业医务人员深入群众，开展防病治病。同年，市卫生主管部门批准49名个体开业医生组成7家联合诊所。自1955年开始，有少数非公立医疗机构的中医被陆续吸收参加国家医疗机构工作。此后，个体行医人员逐年减少。至1957年，全市个体开业医务人员仅有83人。1968年后，合肥市开业医生联合诊所被全部取消。1981年，省卫生厅颁发《安徽省个体开业医生试行管理办法》后，合肥市城市街道防治站开始发展。1985年12月，《合肥市社会办医和个体行医管理细则(试行)》开始实施。至1985年底，合肥市计有经审核批准的开业医务人员12人(含郊区开业医务人员2人)。
药政管理
药品行业管理1951年，合肥市人民政府卫生事务所根据《华东管理医疗药品器材宣传品暂行办法》，制定合肥市《药商管理暂行规则》和《开业药事人员登记暂行规则》，明确将掺杂之药、与规定成份不符之药、含量不足之药、失效变质之药、假冒之药等，列为取缔禁售禁用药品范围。1952年，合肥市共查禁伪劣中西药(材)品300余种1000余斤，并集中于段家祠堂广场当众焚毁。
1953年，合肥市卫生主管部门依据《华东管理药业摊贩试行细则》和《安徽省摊贩管理暂行办法》，颁行《管理药业摊贩实施细则》，规定无固定场所药业摊贩，需申请经市卫生科审核发证，方可经营，使先前存在的药业摊贩随意游动，管理混乱的状况得到治理。1956年，全市药房(店)实行公私合营后，规定除药商外，任何摊商、摊贩、寄售商、烟杂店、合作社、百货店及私人均不得经营药品。1985年，合肥市卫生局按国家新颁布的《药品管理法》，对全市药品经营企业进行检查整顿。当年，全市有43家药品经营企业通过验收，准予继续生产、经营药品。
药品宣传管理1951年，合肥市卫生主管部门依据《华东管理医疗药品器材宣传暂行办法》，审查一批外地药商的广告宣传，取缔夸大药效，欺骗群众的幻灯片7张，广告牌3种，张贴广告2种，报纸广告3期，有线广播宣传1次，暂准宣传销售的药品11种。1957年，合肥市卫生局对外地来合肥登发药品广告作出规定：凡外地医疗药品需在合肥市刊登广告的，需凭当地卫生行政部门批准文件，广告内容不应有夸大疗效的涵义。此后，合肥市药品宣传管理，重点是贯彻落实国家卫生部的有关规定。即：1963年，卫生部颁发的《关于药政管理的若干规定》、1978年7月国务院批转卫生部颁发的《药政管理条例(试行)》以及1982年2月国务院颁发的《广告管理暂行条例》等。1983年后，凡外地药厂来合肥市召开新药、特药新闻发布会，市卫生局均派员参加，实行监督管理。
药品质量监督1960年4月7日，合肥市卫生局组织对江淮制药厂进行药品质量检查。1964年10月，合肥市从省、市级医疗单位抽调32名药剂人员，组成4个检查组，对18个医疗单位、11个医药经营单位的药品质量进行检查。1972年和1978年，合肥市两次组织开展全市性药品质量大检查。1982～1985年，合肥市围绕清理已被国家卫生部明文淘汰的127种药品进行检查，先后查获伪劣中药材10种1710公斤，价值6.4万元。1985年7月，合肥市卫生局、工商局、医药工业公司联合组织专业技术人员37人，组成10个小组，对全市91个医疗单位进行药品质量检查，在20个单位清查出晋江假药25种17434盒，价值3.37万元。是年7月24日，合肥市在市体育场召开“贯彻《药品法》，销毁伪劣药品大会”，会后当众销毁伪劣中西药品35种，价值6.74万元。继此次销毁伪劣药品大会后，肥东、肥西县和郊区，共清查销毁晋江假药、淘汰、变质失效药品320种，价值2.79万元。当年，合肥市医药公司自行清查销毁淘汰、报废药品129种，总价值达20.7万元。麻醉药品管理
1949年，合肥市在肃清鸦片烟毒的同时，对麻醉药品实行管制。1951年，合肥市政府抄转中央卫生、内务两部《关于罂栗壳的管理处理问题的通知》，明确规定“罂栗壳为麻醉药品，在一般情况下，不准贩运、流通”。1952年，市卫生科作出规定，任何医疗单位购用麻醉药品，须经县以上卫生行政部门审批，各医疗单位应建立麻醉药品使用证书、印鉴卡、以及麻醉药品使用登记报告等规章制度，由市卫生科对医疗单位消耗麻醉药品进行监督。同年12月，市政府规定，凡未取得医师资格者，无麻醉药品使用权。1961年，市卫生局发出《关于加强麻醉药品使用管理，严格配售手续的通知》，进一步堵塞在麻醉药品方面可能出现的漏洞。1962年，市卫生主管部门对全市医疗单位使用麻醉药品进行检查整顿，停止部分医疗单位的麻醉药品使用权，查封了部分违规贮存的杜冷丁等麻醉药品。1979年，国务院颁布新的《麻醉药品管理条例》和《管理细则》，市卫生局根据该条例和细则规定，对麻醉药品采取三条管理措施：1．麻醉药品一律由合肥市医药公司经销，必须购用的，须经市卫生局批准后按一定手续和相应级别限量购买。为解除晚期癌症病人疼痛而使用麻醉品的，经医疗单位确诊后，由市卫生局核发“晚期癌症病人麻醉药品专用卡”，该卡在癌症病人死亡后即上交；2．规定允许购用麻醉品而一年内未继续购用者，查明原因后，撤销登记；3．对吸毒成瘾者，责令到指定医院戒除。1985年，肥西县卫生局查处一起非法销售、非法使用麻醉药品案件，追回杜冷丁724支、吗啡针567支、磷酸可待因片2961粒，对有关责任人按《条例》进行了处理。
毒药与限制性剧药管理
1953年4月，合肥市人民政府卫生科发出《关于中药商售剧毒药品的通知》，规定中药商出售35种毒性中药，须凭中医师签名盖章的处方，并在限期内出售。采购毒性中药须有县以上单位证明。同年7月，合肥市政府颁布《关于管理剧毒中药药品的几项规定(草案)》，对毒性中药药品范围、用量和处方的保管及毒性药品保管、使用登记等，作出具体规定。1965年4月，合肥市又颁发《合肥市加强毒性中药管理的补充规定》，将毒药、限制性剧药分为三类进行控制管理。1972年，市卫生局作出规定，农村“赤脚医生”和厂矿、学校、机关、团体等部门的医生，可根据患者病情需要，使用二、三类毒药和限制性剧药。1979年，卫生部、国家医药管理总局重新制定并下达《医疗用毒药、限制性剧药管理规定》，将西药、中药及成药中的毒药及限制药均分为两类进行管理，合肥市对毒药和限制性剧药管理，均按该规定执行。
医院药剂管理
50年代，合肥市各医疗单位药剂部门，对采购、保管、调剂、分装、配方、使用麻醉药品及剧毒药品，均订有详细的管理制度、检查制度、配方复核制度、差错登记制度、操作规程、出入库验收、定期清点检查、库存药品质量与有效期药物管理等制度。1964年6月，卫生部颁发《关于医院药剂工作的若干规定(草案)》，将药剂工作列为药品质量检查范围。1981年4月，卫生部下达《医院药剂工作条例》，1983年2月，安徽省卫生厅颁发《关于医疗单位配制大输液的几点规定》、《安徽省医院制剂管理办法》和《安徽省医院输液配制操作规程》。据此，1983年，合肥市卫生局组织对医院制剂室制剂生产，进行验收和评比。检查验收的重点是：制剂室卫生条件、制剂操作间的布局、工艺流程、人员条件、药品质检条件、制剂品种等。至当年9月，合肥市卫生局共完成对全市12所医院制剂室的检查和验收。1985年，合肥市卫生局根据所辖各医院基本用药种类，编制《合肥市医院用药目录》，使各医院医疗用药名称、标写等逐渐达到统一。