市境水域面积90.5平方公里。淮河淮南段自凤台峡山口至怀远县新城口，全长81公里，河道平均宽度400米，水域面积32.4平方公里，占全市水域总面积35.8%，是全市工农业生产、生活用水重要水源。
淮河淮南段划分为3个类型河段：凤台峡山口至淮南化工总厂河段，无较大污染源，水质受上游入境水质影响；船塘孜至胡大涧河段，受淮南化工总厂、安徽造纸厂、皖淮化工厂等工业废水及生活污水影响，水质较差；青年闸至怀远新城口河段，无较大污染源，又经10多公里河段水体自净，污染程度有所缓解，主要是有机物污染。
一、酸碱度
1979～1990年历年监测平均值不超标，但局部河段超标。安徽造纸厂断面PH值最高达10.5，超过国家地面水三级标准（6.5～8.5）限值，为碱性废水重污染断面。
二、化学耗氧量
年均值增大。1986年，安徽造纸厂断面监测，最大值达132.2毫克／升，超过国家标准21倍，历年平均值超标率为25%。
三、氨氮
浓度逐年增高，年均值超标率100%。1989年丰水期，船塘孜断面最大值为30毫克／升，标准为0.5毫克／升，超过国家规定标准59倍。
四、挥发酚
年均值超标率为33%，最大值出现在船塘孜和安徽造纸厂断面。