一、管理机构
始建于1958年的安徽肥料厂是第二个五年计划期间国务院决定在全国布点兴建，设备由我国自行设计制造的中型氮肥生产企业。筹建期厂筹备处属省管，1965年9月建成投产，属全民所有制国营企业，1969年转由市经委管理，行业管理归口省化工厅。
进入60年代后，一批小型氮肥厂、橡胶厂、化工厂、制药厂先后建成投产，到70年代初，市内已有16个化工企业，分别隶属于市工业局、南京军区后勤部、安徽生产建设兵团、淮南矿务局等。多数企业归省化工厅行业管理。
1972年3月，市化学工业局成立。化工局直接管理和行业管理的企业有市东风化肥厂、南京军区南农化肥厂、安徽省建设兵团化肥厂、市电化厂、市东风化工厂、市有机化工厂、市第一橡胶厂、第二橡胶厂、第三橡胶厂、市第一制药厂、第二制药厂、第三制药厂和淮南化肥厂。属于淮南矿务局管理的有矿务局化工厂和矿务局合成材料厂。
1981年，国家开始推行经济体制改革，市化工局一分为三，分别组建了市化学工业公司、市橡胶工业公司、市医药管理局，制药厂划归医药系统。是时，属化学公司管理的企业有市东风化肥厂、南农化肥厂（1975年划归地方）、前进化肥厂（原兵团化肥厂，1975年划归地方）、有机化工厂、东风化工厂、电化厂。行管企业有淮南化工总厂、凤台化肥厂、凤台磷矿。属市橡胶公司管辖的企业有市第一橡胶厂、淮南橡胶管带厂（原二胶厂）、第三橡胶厂、第四橡胶厂、第五橡胶厂。行管企业有淮南橡胶制品厂。上述企业在行业管理上仍属于省化工厅。
1990年底，全市计有化工企业13家（原东风、南农、前进3家小氮肥厂已合并为皖淮化工厂），其中省属1个、市属9个、淮南矿务局属3个。
二、领导制度
1958～1965年，淮南化工企业实行的是党委领导下的厂长负责制，企业的一切重大事项由党委集体讨论决定，然后交由厂长负责组织实施，厂长具有生产指挥权和行政管理权，但无经营决策权，也不负经营责任。
1966年，“文化大革命”开始，企业管理规章受到破坏，党委一度处于瘫痪状态。1968年市革命委员会成立后，各化工企业也相继成立革命委员会，取代企业党委、厂长而行使领导权力。1972年后，企业实行“党的一元化领导”，由党委包揽一切，书记主持企业全面工作，企业重大事项由党委集体决定，集体负责。
1984年后，推行经济体制改革。6月，市东风化肥厂在全市率先试行厂长负责制，厂长真正拥有了经营决策权、人事任免权、生产指挥权和行政管理权。此后，这种制度在化工系统全面推开。到1990年，市化工企业全部实行了厂长负责制。
三、所有制形式
化工企业主要有全民所有制和集体所有制两种类型，在固定资产量、生产规模和经济效益方面，全民所有制化工企业均占据主体地位。1972年市化工局成立时，所管理（含行管）的14个化工厂全部为全民所有制。此后，由于国家的大力提倡以及国营化工企业兴办多种经营、安置职工亲属就业的需要，一批集体所有制企业先后建立。到1990年，化工行业的集体所有制企业主要有市泉山化工厂，市第四、第五橡胶厂，市前进塑料彩印厂，淮南化工总厂建安公司等12个，固定资产合计2982.7万元，职工2694人。