一、窑河航道
窑河是淮河支流，源于定远县西部丘陵，上游的洛河、沛河、青洛河等在定远县炉桥汇合后注入高塘湖，再向北24公里至窑河闸，全长95公里，流域面积为1500平方公里。窑河枯水期最浅处水深1米、宽20米。窑河闸向北至新城口入淮段(长8公里)，又称灰沟子，1984年经人工疏浚后水深2米，可通航100吨级船舶；河底高程13米、河底宽30米，两岸回堤为21.5～22米，此段河床原来面窄水深，100吨级对连划子可到炉桥（定远县境内），由于民国27年（1938年）黄水夺淮，大量泥沙沉积窑河，抬高了窑河水位，形成了现在的高塘湖，并出现了十八嘴浅滩，高塘湖内最低高程为14米，再加上现在的上窑节制闸影响，目前仅上窑以北7.5公里河道可常年通航，年货运量平均为5万吨。装卸货的地点主要在窑河闸下，上窑所产缸、石灰、石料等在此上船出港。进港主要有煤炭和粮食。由于上窑闸拦腰切断窑河，水运中断，1980年窑河闸以上水面开始网箱养鱼(虾)。
二、茨淮新河航道
茨淮新河是淮河流域的一条人工河，西起茨河铺经阜阳、利辛、蒙城、凤台、淮南至怀远县荆山南端流入淮河，全长135公里，是防洪、排涝、灌溉和航运等综合利用的大型治淮骨干工程。1971年冬开挖，1984年5月1日全线竣工通航，为国家五级航道。茨淮新河可截引茨河、西淝河洪，分泄颍河洪水，减轻淮河负担，扩大西淝河出路。茨淮新河航道底宽125～250米，枯水期水深1.5米，航道水位平衡，可常年通航300吨级客货轮和1000吨级拖队。航道底部平整，无浅滩，航道设施齐全。茨淮新河流经潘集区境内约9公里，是淮南市北部通向上海、江苏等地的又一条重要运输通道。
三、泥河和黑河航道
泥河和黑河同源，均系淮河上的支流，北为黑河，南为泥河。黑河上游水系颇为紊乱，凤台县米集以上源流与西淝河、渚大沟十字交叉，米集以东分为两个支流，向东流至古路岗后再转向东南，与泥河在苏家嘴汇合。1950年前经怀远县王嘴孜入淮河，1951年后由于农田水利灌溉需要，水利部门在尹家沟等地建起了尹家沟闸和青年闸两座节制闸，泥河和黑河因此改道尹家沟流入河河。泥河全长66公里，黑河全长25公里，两河流域面积640平方公里。泥河自刘隆集以上36公里河面宽5～10米，深1.5～2米。刘隆集以下河面渐宽，最宽处达2公里。建国前，由于没有治理，黑河河床地势较高，洪水期往往漫岸流入泥河，致使两河间湖地一片汪洋，而在旱年又常出现断流现象。在尹家沟节制闸建成前，正常水位时25吨以下船舶可经泥河进入淮河口直达田集。1973年建闸后，泥、黑河上又先后建起田集滚水坝和6座跨河桥梁、4道跨河电缆、2座跨河渡槽、10道拦河水坝，致使整个河道断航，现在两河主要是用于灌溉农田，防旱排涝。
四、架河航道
架河源于凤台县界沟集南，向东南经丁家集、石家集南，再经胡家庙南转东北至芦沟，又向南行经涂郢子入淮河，全长28公里，其中流经架河乡境内6公里，流域面积284平方公里。洪水时架河南通西淝河，东通泥、黑二河。由于闸坝碍航，为季节性航道。
五、东淝河航道
东淝河源于肥西县将军岭北麓，经瓦埠湖至东津渡，再经寿县北门，由新开的河道流入淮河。从淮河唐山乡大桥至寿县北门约12公里，是淮南市谢家集区与寿县的界河。东淝河经瓦埠湖南行93公里可达合肥市西郊的董铺。
1950年水利部门会同航运部门开挖了寿县至淮河长约12公里的新河，既扩大了东淝河排涝能力，又改善了通航条件。1952年水利部门在入淮河口上游2.5公里处的寿县境内建五里节制闸，闸上下游水面持平时，闸孔可勉强过船，否则物资需翻越堤坝才能进入寿县。1966年为解决五里闸物资运输翻坎问题，由省交通厅港航工程队施工，建成高低轮式升船机，设计过坝船舶吨位为30吨。1979升船机上游轨道基础下沉，多次发生脱轨事故，1980年封存停用。东淝河的水运物资又恢复到1966年前需翻坝接运的状态。