清光绪三十三年（1907年）淮南港口出现第一艘客货轮船，属正阳关利淮河工轮船有限公司所有。轮船经营正阳关至马头集（江苏淮阴地区）航线，1次载客70人，停靠洛河港口。民国4年（1915年）大通煤矿为外运煤炭，购买拖轮2艘、驳船20艘，揭开了淮南水运史上轮船运输的历史。到30年代初，在淮南参加运输有十几家轮船运输公司，多数以从事客运和煤炭运输为主，公司地址大多设在蚌埠。抗日战争爆发后，日本侵略军搜罗在淮河支流上的船只，集中在田家庵建立内河轮船公司（地址设在蚌埠），主要从事煤炭和其它军需物资的运输，为侵华日军服务。日本投降后，外逃的轮船主陆续归来，集资创办轮运公司，淮南铁路局购买5艘轮船成立轮运所，与蚌埠铁路相衔接进行水陆联运。与此同时，长淮轮船公票处共计9艘轮船投入水路营运业务。
中华人民共和国成立后，淮南原有的轮船全部收归省淮河航运局统一调度。淮南港口设有调度室，由蚌埠淮河航运管理局统一指挥。1963年淮南市轮渡所成立，上级调拨3艘40马力（29.4千瓦）木质轮船，投入轮运。1970年，市航运公司采取“轮木结合”方式，计有每艘40马力（29.4千瓦）的4艘轮船参加轮运。1978年底，省淮河运输船队撤销，所属轮、驳船分散到蚌埠、淮南等地市，淮南市接收客轮7艘1048客座、拖轮16艘1805马力（1307.7千瓦）、驳船120艘1916载重吨、挂机船460艘10982马力（8071.8千瓦），成立15个队，有正式职工1048名。至此淮南共有轮驳船603艘30031载重吨12977马力（9538千瓦）。
中共十一届三中全会后，轮运业贯彻“对内搞活、对外开放”和“有路大家行车，有水大家行船”的方针政策，国营、集体、个体经营一起上，促进了航运轮运业的发展。截至1990年，全市共有航运企业19家，船舶1596艘110849载重吨24514千瓦，其中专业运输企业拥有1571艘107924载重吨24145千瓦，社会厂矿拥有船舶25艘1975载重吨369千瓦。