建国初期，市环境卫生工作主要由矿务局矿工医院卫生科和卫生工作队负责。1951年，九龙岗、大通、八公山3个火车站建立起交通检疫站。1953年初，矿区卫生工作队撤销，各矿相继成立卫生科和井口保健站，负责矿区环境卫生。5月1日，市防疫站成立，负责全市环境卫生管理。1964年，市委、市人委号召全市人民大力开展治理环境、消灭蚊蝇和搞好粪便管理为内容的爱国卫生活动。1971年后，市、区爱国卫生运动组织先后建立，相继发动30多万人次大搞群众性爱国卫生运动。仅大通、田家庵两区就填平坑洼500余处，疏通污水沟400余条，清除垃圾3000多架车；全市新建厕所10所，维修厕所74所，维修、改建下水道6条。全市4个区增加了11名消毒员，共消毒厕所5856次，消毒污水沟139693米，消毒污水塘54456平方米，投放“DDT”1812公斤，“六六六”1775公斤，“DDV”120.5公斤。1972年8月，市防疫站对淮河淮南段丰水期、枯水期及工业废水排放口水质进行了3次采样分析，采集水样108份，获得分析数据1296个；采集工业废水排放口污染水样30份，获得分析数据180个。从分析数据可看出：由于大量的工业废水排入淮河，使淮河水质受到不同程度的污染，个别毒物指标在5个段面点中均检出。
1973年12月，市防疫站再次对淮河水进行了采样检验分析，同时增加了有机物污染指标的检验。在检验的毒物指标中，检到含氰化物水样24份，其中2份水样浓度超过国家标准。含酚水样12份，其中1份水样浓度超过国家标准。通过观察淮南化肥厂污水排放口上游4个采样点的水质状况，发现部分有害物质超标。为加强对环境污染的监测与治理，1975年，市防疫站成立了环境保护办公室，开展了环境污染情况调查。通过调查发现，全市每年向大气排放有毒有害气体达5亿多立方米，每天向淮河排放工业、生活废水140万吨，其中约有25万吨工业、生活废水含有大量的氰化物、酚、汞、铬、碱、苯等有害物质。淮南发电厂每天从烟囱排出粉尘300余吨；淮南化肥厂每小时向大气排放硝酸尾气5.4万立方米；加上工业锅炉及千家万户生活用煤排出的有害气体，造成市境上空烟雾不断，尤以谢家集和田家庵区为重。1973～1976年，由于淮河淮南段水质受到严重污染，鱼类的年捕获量已从1963年的16.6万公斤下降到1976年的1.45万公斤。至1976年后几乎无鱼可捕。1975年市防疫站对淮河水淮南段枯水期水质进行调查，共采集水样30份，获得分析数据420个，70年代后期至80年代初，市防疫站环境卫生科在做好淮河水监测的同时，经常对大气污染情况进行监测。尤其是对大气中二氧化碳、悬浮颗粒和可吸入颗粒物等项目的监测，1986～1987年，通过采样，获得二氧化硫样品480个，滤膜25份。1986年对全市浴池、理发、旅馆业1411名服务人员进行了一次卫生健康检查。1987年，对市第一、二自来水厂净水工艺流程效果，包括混凝反应时间、反应时流连、流量；沉淀时间、流速；清水库停留时间、流连；冲水强度、砂层膨胀率、砂不均匀系数、沉淀指数等项进行逐一测试，获得数据3000多个。按照《公共场所卫生管理条例》，1988年，公共场所工作人员全部实行持《健康证》上岗，先后举办2期公共场所单位负责人及市公共场所卫生监督员参加的学习班，完成了对35家市管公共场所2400名从业人员的健康检查，查出“五病”患者122人，全部予以调离岗位。同年10月至12月，对全市国营及私营企业化妆品经营市场进行调查和抽检，结果表明：全市市场上销售的化妆品品种共168个，其中抽检了74个品种，19个品种不合格。1989年9月，为加强对“二副”疫情监测，选择了5个监测点进行采样，采集57份标本均未检出霍乱弧菌，同时撰写了《淮河水污染状况回顾分析》上报省、市有关部门。1990年，为进一步加强对公共场所卫生监督管理，对市管的33家公共场所进行了气温、湿度、噪音、照明和空气微生物指标监测、评价；同时对3家化妆品生产厂家的33个产品进行采样检验。