一、中医
中医是祖国的传统医学，为数千年来中华民族在与疾病作斗争中所积累的经验结晶。寿地古为通都大邑，名医代出。中华人民共和国成立前后，寿县城乡约有中医300余名(不含中药品、药材产制销售者)，著名老中医有陶枕秋、金金山、周德甫、徐冠军、石昆甫、张永安、尹硕辅、邹叔瑚、甘泽新、孙仰桥等20余人，或在城镇挂牌开诊，或居乡宅坐堂治病，时重医德，虽风雨晨昏，无违出诊；对内、外、儿、妇各科，临床经验丰富，并多有验方纪录。1951年，张永安、尹硕辅应聘为六安地区人民医院中医师；其后，徐冠军、孙仰桥应聘为寿县县医院中医师。
为培育中医后继人才，1955年，寿县人民政府选送刘仲鍼等11人前往省中医进修学校学习；次年，县卫生部门举办针灸训练班，学习期三个月，参加者70余人；与此同时，组织老中医带徒传学。1960年，除派往省中医进修学校部分人员先后学成归来外，并有10余中医学徒出师(仍有75名在随师学习中)。
“文化大革命”中，寿县大部分在职老中医遭受冲击，孙仰桥被迫悬梁自尽。这场劫难给中医事业带来不可弥补的损失，年老者退，青壮者避，中医人员锐减。直至1977年，安徽省举办招收中医入学统考，始恢复新生力量的培育。
1983年，寿县中医院的成立，为弘扬中华传统医药技术，培养更多的中医人才奠定了基础。1987年，全县共有中医人员110名，其中主治医师1名，中医师19名，中医士47名，药剂师3名，药剂士14名，药剂员27名。各区镇医院均设有中医部。
寿县中医院主治医师吴靖寰，擅长治中风后遗症，以针灸治白癜风，以自制“五色膏”敷治丝虫，颇有疗效；医师冯崇环善治乙型肝炎、糖尿病等。二人均有论著问世，在群众中享有较高的声誉。
二、西医
清光绪十三年(公元1887年)德国传教士贝特利来寿县正阳关传基督教义，间有施药行医，由是西医传入此地。民国14年(公元1925年)时，寿县基督教会所办春华医院以较为简单的器械，作下腹部开刀，是为寿县有外科手术之始。 中华人民共和国成立后，西医发展迅速，逐步取代中医成为医疗之主流。 1960年以前的寿县县医院，仅设内、外两科，只能治疗常见病，化验只限于痢疾、血丝虫、寄生虫等常规检测，外科仅能治疗普通疮疡。1962年以后数年，人力、设备日益充实，增至内、外、儿、妇、口腔、五官、骨、放射9科，添设了X光室、手术室，扩充了化验室，能进行上腹部手术、剖腹分娩手术、骨折定位接复手术。
1976年以来，县医院医疗技术与设备进一步得到提高与充实，可以进行胃、肠、脾、肾、阑尾等切除手术，脾、肾静脉吻合手术、乳腺癌根治手术、截肢植骨手术，胆与泌尿系统结石取出手术，睾丸、膀胱修补手术等高难度大型手术；可以有效地进行药物中毒急救，胸腹水处理与心血管系统、神经系统等疑难病症的治疗。 1980年前后，县医院陆续添置了超声波心电图仪、纤维胃镜、心电监护仪、高倍显微镜，“B”型超声波仪等较先进设备，使恶性肿瘤、冠心病及其他器质性病症能够早期获得确诊，而便于及时治疗。
从寿县县医院治疗效果看，现有水平较之30年前有较大幅度的提高，如下表：

近十年来，县内各区(镇)乡医院、卫生院的技术力量不断充实、更新。中、西医内、外、儿、妇各科的医疗水平持续提高，区医院已能施行中等难度的各种手术，方便了农村病员，减轻了县医院部分负担。
三、中西医结合
寿县医药界发扬学术民主，推陈出新。30余年来，致力于探索中西医相结合的医疗方法，此种医术，群众称之为“新医”。“新医”在不断总结经验与临床实践中，取得了一定的进展。1951年以来，县内先后实行中西医联诊、会诊的医院、卫生院不下50个。1958年，县成立西医学习中医领导小组，以促进中西医相结合，取长补短。各区以区卫生院为中心，成立学委会；各公社以医协小组为单位成立学习小组，分散自学，集中听课、讨论；学委会请当地名老中医讲授中医基础理论，结合临床观察加以阐述；并组织专人从事研究中、西药品、药材性能异同，针灸与西药并用等课题。 1979年以来，县、区医院用“新医”疗法，对阑尾炎、小儿麻痹后遗症、胃病、十二指肠球部溃疡、慢性肝炎等二十多种疾病的治疗，有显著效果。