1958年8月29日，中共中央作出《关于在农村建立人民公社问题的决议》，当时本地区高级农业生产合作社刚刚建立不久，还未来得及巩固和完善，就有人盲目接受。跑步进入共产主义“左”的口号，一哄而起大办人民公社。不到三个月，全地区所有高级农业生产合作社或合并、或扩大，改建成96个人民公社，实现了人民公社化。人民公社建立之初，一些人因受“左”的思想影响，认为公社规模越大公有化程度越高越好，因而一味强调“一大二公”，即规模大，公有制。实际工作中采取数个高级社并为一个人民公社，除生产资料全部归人民公社所有外，连高级社时期允许社员保留的自留地和家庭副业也全部收归公有。是年8月，定远县率先建成八一人民公社，9月，全县的34个乡镇153个高级社改建成22个人民公社。来安县在不到1个月时间里，以大集镇为中心，将全县98个高级社改建成14个人民公社。滁县则一个县为一个人民公社，后因规模过大和体制问题，又划为8个人民公社。生产大队的规模亦相应较大，有的地方甚至摘小队并大队，小庄并大庄。1960年以后，规模过大的人民公社、生产大队，都因地制宜适当缩小了规模。1961年全地区的人民公社由1060年的94个划分为226个，每个公社平均农户由1960年的4745户17595人，减少到1080户7292人；生产大队由1960年的676个划分为1645个，每个生产大队的农户由1060年的平均659户2447人减少到273户1002人。之后，随着行政区划的变更和实际需要，人民公社也有增有减，但变化不大。1983年，全地区共有人民公社251个，生产大队2170个，生产队23802个。
人民公社成立后，实行“政社合一”体制，人民公社成为工农商学兵五位一体，农林牧副渔综合经营的集体经济组织和基层政权机构。人民公社的权力机构是公社社员代表大会、生产大队和生产队社员大会。人民公社的管理机构是各级代表大会选举产生的管理委员会。
人民公社的经营管理方式经过几次较大的变化。1958年秋至1961年，在人民公社建立初期，理论上公社是“政社合一”的领导机构，生产大队是统一核算的分配单位，生产队是直接组织生产的基层单位。但在实际工作中却出现了偏差，实行的是以公社为单位统一经营，统一管理，统一分配，公社负责制定农业生产的主要指标和发展各项事业的计划，交生产队实施，公社有权随时无偿抽调大队和生产队的财物和劳力，进行生产大协作。为了适应“大跃进”的需要，人民公社普遍实行“军事化”，劳动力编成营、连、排。1958年底，所有生产队办起大食堂，社员生活实行伙食供给制，吃饭不要钱。开始吃饭不定量，浪费很大。后来因为粮食渐少，又由大队按人定量供给粮食，生产队确定伙食标准。1959年，因“左”的错误危害，生产队卖了过头粮，农民口粮严重不足，以致一人一天只有几两粮食，不得不搞“瓜菜代”，农民生活发生严重困难。严重挫伤了农民生产积极性，造成农业生产大幅度下降。1961年全地区粮食总产量由1957年的9.48亿公斤下降到4.04亿公斤，还低于1949年4.18亿公斤的生产水平。
1961年，本区在贯彻执行中共中央制定的《农村人民公社工作条例》(草案)，通称“六十条”的过程中，进行整风整社，纠正了一些“左”的错误，认真贯彻落实“三级所有，队为基础”的管理体制，明确了公社、大队、生产队的产权关系，对土地、耕畜、大农具和劳动力实行四固定，明确规定生产队是基本核算单位，由生产队直接组织生产，直接组织收益分配，实行生产队独立核算，自负盈亏。是年3月，贯彻执行中共安徽省委《关于推行“包产到队、定产到田、责任到人”办法的意见》(通称“责任田”)，全地区立即行动，责任田很快由点到面推广开来。仅两、三个月时间，全地区20163个生产队，实行“责任田”的就有14550个，占72.2%，天长、全椒、嘉山三县实行“责任田”的生产队达90%以上。“责任田”亦称“包产到户”，其具体做法是:公社包产到生产队，生产队实行“定产到田，责任到人，以户计算，超产奖励，减产赔偿”。同时，各地还按照生产队耕地面积的5～7%的标准给社员划分了自留地，并允许社员开垦相当于自留地面积的荒地种庄稼。山区还划给社员一定数量的自留山；允许社员经营少量的家庭副业；有的地方还开放了集市贸易市场。实行责任田调动了农民生产积极性，很快恢复和发展了农业生产，稳定了农村形势，农民誉之为“救命田”。“责任田”还使市场渐趋活跃，供应改善，有力地促进了城乡经济状况的好转。1962年初，“责任田”被当作“犯了方向性错误”、“单干风”受到批判。是年3月20日，中共安徽省委作出《关于改正“责任田”办法的决议》。滁县地区根据省委决定精神，开始改正责任田。由于“责任田”办法深得人心，改正“责任田”引起群众和干部思想上的困惑，多数人希望多搞几年，所以改正“责任田”工作进展并不顺利。是年4月，全地区改掉4096个生产队，约占实行“方任田”生产队总数的30%，其余分两批于1963年秋后全部改掉。此后，农业生产经营管理和收益分配仍以生产队为基本核算单位进行。
“文化大革命”期间，农业学大寨运动受到严重干扰和破坏，大搞所谓“大批资本主义，大干社会主义”，片面强调“以粮为纲”，排斥多种经营和家庭副业，再次把农业经营管理引向斜路。一些地方试图将以生产队为基本核算单位改为以大队为核算单位，但由于农民的抵制，进展缓慢，只有少数大队实行以大队核算。但不久，绝大多数又恢复以生产队为核算单位。这一时期，一些生产队还推行大寨式的政治评工记分方法，把每个劳动者的所谓政治表现作为计算劳动报酬的依据；有的地方根本不记社员出勤和劳动情况，三个月评一次工分，有的甚至半年至一年才评一次工分，采取自报工分，大家评议，群众称之为“大概工”。这种评工记分方法破坏了按劳取酬的分配原则，造成“上工人等人，干活人看人”的消极局面，劳动效率很低。但也有些生产队实行死分死记，或者底分活评的记分方法。有的地方还把社员的自留地、开荒地再次收归集体所有，对社员的家庭副业采取种种限制措施；有的地方还关闭了集贸市场，把这些极左行动称为“割资本主义尾巴”。在生产上摘瞎指挥和摆花架子，挫伤了群众的生产积极性。1971年贯彻全国北方农业会议精神以后，这种局面逐步得到扭转。在口粮分配方面，实行基本口粮和劳动工分粮相结合的分配形式，其比例为“人七劳三”，即基本口粮占七成，劳动工分粮占三成。
1983年，根据中共中央文件精神，全地区进行农村人民公社改革工作。农村人民公社全部改社为乡，实行党、政、企分设，行政上乡设人民政府，生产大队改为村民委员会，生产队改为村民小组。