一、水生动物
本区属中国江河平原区江淮亚区系，以中国江淮平原区鱼类为主，古代第三纪区系鱼类次之。现有鱼类品种16科67种，其中鲤科为主，共39种，占58.2%，锹科类各4种占17.9%；其它各科共16种，占23.9%。主养品种为鲢、鳙、青、草、鲤、鲫、团头鲂等。近年引进新品种有白鲫、异育银鲫、高背鲫、罗非鱼、革胡子鲶、加州鲈鱼、淡水白鲳等7种。
除鱼以外，其它水生动物品种有29种，分属于两栖类、爬行类、软体动物、哺乳类、甲壳类。其中经济价值高的养殖品种有中华鳖、中华绒蝥蟹、水獭、克氏蝥虾、沼虾、白米虾、三角帆蚌、褶纹冠蚌。引进品种有罗氏沼虾、古巴牛蛙、美国青蛙等。
二、水生植物
本区水生植物种类达42种，其中水生经济植物有藕、菱、芦苇、荠白、席草、荸荠、芡实、蒲草等。