滁县地区现有内河航道398公里，其中全年通航330公里。属天然河流325公里，工河流73公里。航道水深在0．3—0．6米的18公里，0．6—1米的43．2公里，1—1.5米的336．8公里。凤阳、嘉山境内的淮河长81公里，北岸与五河县和江苏省泗洪县为界。注入淮河的支流主要有定远县境内的青洛河，流经高塘湖入淮凤阳县境内的天河，流经马湖入淮；发源于凤阳山北麓的濠河从临淮关入淮，小溪河经花园湖入淮；流经定远、凤阳、嘉山3县的池河，经女山湖在旧县镇附近入淮；嘉山县境的七里湖也在旧县镇附近入淮。全椒、滁州、来安境内的滁河94公里航道，南岸与江苏省的六合、江浦和本省的和县、巢湖为界注入滁河的支流，北岸有管坝河、马厂河、襄河、清流河、来安河、皂河、雷官河，江苏省六合县的八百河；南岸有仙祟河、朱家山河、马叉河、驷马山干渠，其中朱家山河、驷马山干渠和马叉河，是人工开挖的排洪河道。天长县境内诸河注入高邮湖，主要有铜龙河，杨村河、白塔河、王桥河、秦楠河。解放前，航道淤塞严重，浅滩障碍比较多，大多只能季节通航，丰水时可以通行10吨左右的木帆船。码头多是自然坡岸。
建国后的50年代，各地不断组织船民和沿河农民挖浅清淤。60年代末和70年代初结合农田水利建设，先后人工开挖了新白塔河、新来安河和驷马山干渠，机械疏浚了池河女山湖航道，治理了新白塔河入高邮湖口门，还修建了明光、临淮关、三叉河、全椒、汊河集等一批港口；70年代末到80年代，用机械和人工先后疏浚了清流河、皂河、铜龙河、秦楠河、王桥河，以及女山湖入淮航道，提高了各航道的通航能力。同时，航运管理工作逐步加强，1952年起，先后建立专区和天长、全椒、明光、临淮关、柳巷、汊河集航运和理机构，在女山湖、高邮湖的白塔河口门设立浮动航标，配置航监船舶，以保证各个航道安全畅通。
一、滁河水系诸航道
(一)滁河航道
滁河是全椒、滁州、来安三县市与含山、和县、江浦、六合县的界河，滁县地区处于河北岸。发源于肥东县粱园附近的丘陵，与长江平行东流，经肥东、巢湖、全椒、含山、和县、滁州、来安，以及江苏省的江浦、六合县，在大河口入河。自全椒县的晋集至大河口入江处为178公里，是可通航道，其中安徽省滁县地区境内为94公里，江苏省境内为84公里。
滁河航道在治理以前处于自然状态，自古河镇以下的河道平均比降为0．025％，底宽一般在10—30米之间。下游河道弯曲，浅滩等障碍物比较多。为了蓄水灌溉，多年来筑起的龙王坝、金家坝、张堡坝、老龙坝等土坝，水冲淤河，冲毁再筑，年复一年，河底愈淤愈高。50年代，30吨木船尚可驶抵古河镇，60年代只能抵赤镇，缩短25公里。据新编《全椒县志》记载，1958、1959、1964、1965、1966、1967年，都是百日不下透雨，滁河干涸，张家堡以上断流，船舶停航。1967年起在浦口设抽水机站抽引江水经朱家山河入滁河抗旱。
滁河干道上有7个节制闸，其中襄河入滁河处的有三汊河节制闸。晋集节制闸在全椒县境内，清流河入滁河处的汊河集节制闸在来安县境内；三汊弯、红山窑、划子口三个节制闸在江苏省六合县境，乌江节制闸在和县的乌江入滁河处。除晋集、划子口两个节制闸外，红山窑、三汊弯、汊河集、三汊河、乌江五个节制闸旁都建有船闸。
滁河干流上的五个船闸，即乌扛船闸、襄河口船闸，汊河集船闸，三汊河船闸，红山窑船闸。其中滁县地区境内的有汊河集闸和三汊河闸，三投河船闸1972年建成，投资122万元；汊河集船闸1974年建成，投资110万元。两船闸的长度都是100米，门宽都是10．84米。
滁河干流上有闸桥两座，公路桥6座，铁路桥3座。闸桥是来安县的汊河集闸桥和六合县的三汊湾闸桥；公路桥是全椒县连结含山县的古河桥，江浦县境的晓桥，六合县城的龙津桥和大王庙桥，来安县连结六合县的头桥，以及六合县的红山窑桥；铁路桥有江浦县境内津浦铁路两座桥、六合县境内南京至冶山铁路桥。
劝马山干渠上，有和县的乌江桥及乌江附近的红旗桥、团结桥、前进桥、幸福桥。
(二)来安河航道
来安县境的来安河，现在分为老来安河和新来安河两条，老来安河是条古河，新来安河是1971年开挖的人工河。
老来安河老来安河，简称老来河，古名来安水，又名沙河，是自然河流。发源于县境西北的马岭山，迤逦而南，合诸涧水，经宝山西，尖山东，过县城东，有高官、尤尾水自西注入，至洪家桥有双坝水注入，过板桥有大小涧水自徐家沟注入，在小河口流入清流河，全长70．2公里。其中来城经水口至小河口30公里可以通行10吨左右的驳船。由于年久不浚，河床淤高，长期以来，来城至水口只能通行大头划子船，水口至小河口也只能季节通行10吨左右的木船。60年代，在小河口建筑滚水坝，抬高水位，便利农田灌溉，水运中断。
新来安河新来安河是一条人工河，1971年开挖。沿老来河的走向裁弯取直，拓宽挖深，1975年4月完工。治理整顿后的新来安河全长33．6公里，其中水口至陈沟河入清流河段17．5公里。河底宽30—50米，河底标高(吴淞零点，下同)3．50米。水位受汊河闸控制，正常水深1．5米以上，可常年通行50吨以上的船舶，因农田灌溉需要，枯水干旱季节即难保正常水位，只能通行20吨左右的驳船。来城至水口段16．1公里，分3段，河底高程分别为9．50米和17．2米，河底宽15米，不能通航。
新来河上的建筑物，有对河桥和水口闸桥。对河桥位于来安城东1公里处，是滁州至天长公路的跨河桥；水口闸桥，是“104”国道的跨河闸桥。闸上正常水位14米。
新来河有“五．七”、王郢、吴渡、大魏庄、河北、徐庄、丰庄、营官、农场、陈沟10个渡口。
(三)皂河航道
皂河又名竹河，是来安县和江苏六合县的界河，全长28公里，流域面积640．60平方公里。该河在竹镇以上有两个源头：一条发源于来安、天长两县界的三山，经过龙港、均铺桥，会合西北诸山水，为竹镇东河；一条发源于六合县西北丁家衡的冷泉，经青龙涧，会西龙泉，东陵泉，流入西大跳的竹镇西河。两河会合后，经竹镇、三汊河至皂河口人滁河。皂河口至独山段由于历年山水冲刷，河面较宽，河槽陡直，斜坡极少。沿河农民经常筑坝蓄水，往往水大坝毁，淤塞河床，因而常年水深只在0．7米左右，一年只有三、四月能够通航船舶，运量少，年进出物资在1万吨左右。主要运出粮食和农副产品。
皂河航段有真家渡、独山渡、向阳渡、三汊河渡四道渡口，由六合、来安两县乡村经营。渡船是水泥质划子，每次能渡人10多名。
皂河有两个港口：一个是独山港，在皂河中游的右岸，自然岸坡，岸线长300米，年出口砂石2万吨左右。另一个是竹程港，在独山港对面，岸线长200米，有栈桥六座。栈桥为石砌墙，上铺空心预制板，长12米，宽3．5米。
(四)襄河航道
襄河是滁河中游的主要支流，发源于石臼山，出黄栗树向南偏东流至白酒乡，转向正东至全椒县城又转向东南，过襄河节制闸，在三汊河流入群河。全长74公里，流域面积720平方公里，河道纵坡0．1％至0．5%。可通航段39公里，上游的大马厂至襄河闸25公里，枯水季节水深0．6米，航道宽10米，曲率半径150米，可通行10吨船舶。下游从襄河闸至三汊河14公里，常年水深1．4米，可以通行100吨左右的船舶。
襄河有两条支流：一条在东侧，发源于谭墩的溪流，在全椒城附近汇入襄河；一条在西侧，发源于赵店，在全椒县城上游处汇入襄河。这两条小河都不能通航。
襄河节制闸于1959年修建，位于全椒县城附近的襄河中游，共6孔，未建船闸。合肥至浦口公路通过闸桥。1960年．又在襄河水闸下200米处的右侧修建一座阶梯式码头。1969至1974年根治滁河，改善了襄河的通航条件，于1973年冬，又在襄河闸东侧，建直立式和阶梯式码头各一座，长60米，三个泊位，1975年竣工。包括站房280平方米等生产、生活设施，共投资4.4万元。1977年建270平方米的侯船室。1984年进行扩建，投资3.7万元，在原码头东侧建半斜坡货运码头，两个泊位；一个客运码头。岸线长45米，年吞吐能力10万吨以上。
（五）清流河航道
清流河是滁州市境内的唯一通航河流。有两个源头：一是皇甫山脉诸山水，在珠龙汇合，流至沙河集入清流河；二是嘉山县南部山区的盈福河、广福河、百道河、张铺郢河，在盈福寺汇合，流至沙河集入清流河。出自嘉山县境内的诸河实为涧水。广福河出自嘉山县西南的牛院子山地，流25公里至滁县境，再南流5公里半与张八岭涧水汇合，再东南流与百道河汇合。百道河源于嘉山县的嘉山集北小霹雳尖以西，流经小张郢南与广福河汇合，再西流又与盈福河汇合，在沙河集汇入清流河。张铺郢河源自来安县龙王山西，流至大毛村附近转向南流，入滁境称二道河注入清流河。清流河与津浦铁路平行流向东南，在滁城有上马河注入。上马河亦称天河，发源于清流山脉，韦应物诗《滁州西涧》诗即指此。
清流河在沙河集以上多是山区重丘，支流名河实涧，丰水时水流湍急，枯水时多能足涉。沙河集以下至滁城20公里为上游，多属岗丘，河道弯曲，河面狭窄，存水量小，不能通航。滁城至乌衣长21公里为中游，河势较平缓，枯水时水深0．5米左右，航道宽10米，能通航5至10吨小船，丰水时50吨船舶可以达滁城。乌衣至汊河集长20公里，多平原圩区，存水量大，枯水时水深保持1米，航道宽20米，可以常年通行30吨以上的船舶。
清流河属自然航道，长久不治。1956年起基于农田灌溉需要，先后在其支流上的上马河修城西水库，在沙河集西岸支流上修沙河集水库，在东岸的支流二道河上修独山水库。这三个水库的总库容为1．8亿立方米。同时，在二道河的源头来安县境修练子山水库，在嘉山县境内的二道河上修燕子湾水库。这样，清流河水量更少，通航不易。1969年，滁县专区革命委员会和滁县革命委员会，倡导疏浚河床，拓宽河道，但后来未能施工。1975年，安徽省交通厅拨款35万元进行人工疏浚，由于重农轻航，没有很好结合，中途停办。1980年冬，省交通厅批准进行机械疏浚，并派省疏浚五队的两艘挖泥船进入施工地段，又因种种原因，挖泥船调走，疏浚未成。1984年，王郁昭省长批准滁州市人民政府的报告，由省交通厅投资26万元，疏浚伏家湾以上7．38公里的航道。挖泥船于6月9日开始作业，1985年4月19日结束，共挖土方167088立方米，把航道底拓宽到15米，边坡1：3，水深保持1．5米以上。同时又投资23万元继续疏浚滁州水文站至贾湾3．07公里河道，共挖土方约15万立方米，航道底宽拓为15米，边坡1：3，水探保持1．5米以上。至此，伏家湾至滁城11公里航道可以常年通行50至100吨级的船舶。
清流河沿岸有滁城和乌衣两个港口。滁城的港口原在老五孔桥下游附近，自然岸坡。1970年，在新五孔桥下游100米处修建台阶式码头，由于河道淤塞严重，船舶难以停泊，没有发挥效益。1989年，在清流桥下游100米处修建新港，挖掘船坞，可以停泊100吨级的船舶。1965年曾投资5千元修建乌衣港，货运码头岸线长15米，码头前沿水深1.5米。
清流河沿岸渡口较多，尚存的有滁州市境的曹家渡、马家埠渡、伏家湾渡、乌衣渡；来安县境的新华渡、费渡、和平渡、莹东渡、毛渡、三王渡、小河口渡。
二、淮河水系诸航道
(一)淮河航道
淮河是滁县地区最大的河流，它绕凤阳、嘉山两县北部而过。在凤阳境内共40公里，沿河有十里程、临淮关、黄湾、枣巷等港口码头；嘉山县境共41公里，沿河有浮山、柳巷、太平等港口码头。在淮河的航道中，有泊岗引河，是1952年底由滁县专署组织凤阳、定远、肥东、全椒，滁县、来安、炳辉，盱眙和嘉山等九县民工共9万人及其它人员开挖，1953年5月竣工。从泊岗南至阚台子长7．35公里，河底挖宽达262米。引河工程完工后，原经双沟的老淮河两端诸死建船闸，五河以下的支流经开挖的引河直接注入洪泽湖，航道缩短4．5公里。
(二)池河航道
池河水位受洪泽湖水位控制，兼受丘陵地带影响。明光至红山头67公里是池河下游，河宽300米左右(不包括女山湖湖面宽度)，水深1.5米以上，可以常年通航。明光以上至定远县境的三河集28公里是池河中游，浅滩标高为12米(黄海基面，下同)，航宽15至29米，一般每年只有8个月可以通行30吨以下的小船，三和集以上132公里是池河上游，不能通航。1958年曾组织池河中下游的船民和群众对马岗至梅市4．2公里的航道进行疏浚，挖掉4处浅滩。
1969年冬，省革命委虽会交通局港航工程处先后派疏浚四队的3条挖泥船，对女山湖航道进行疏浚，沿着船民习惯航道，开挖1条20米宽、底部标高11米的航槽，使48公里湖区航道在枯水季节保持水深1米至1．5米，百吨级的船舶可以常年通航。疏浚工程于1973年完工。
1980年，女山湖节制闸和翻水站完工。在修建船闸的同时，于1981年5月对船闸的上、下游引航道进行人工开挖。省港航工程处也于1981年派疏浚6队的疏浚船对旧县闸至红山头7公里航道上的浅滩进行疏浚。总长为2．5万米，平均浚深1米，完成土方50余万立方米，使明光以下河道，枯水时能保持水深1.5米，大大改善了航道条件。
(三)濠河航道
濠河经殷涧乡、亮岗乡、城东乡，在临淮关注入淮河，全长29公里。其中林桥至临淮关18公里河道曾经通行小船。濠河流经丘陵、岗地，河道多年不治，淤塞严重。1958年冬大炼钢铁时，为了把大洪山上的铁矿石运下来，在临淮关附近的太平桥旁筑坝挡水，把河道水位抬高，矿石陆运至林桥码头装船，运至太平桥翻坝，转运入淮河。1959年春停运。从此，濠河上的航运基本断绝。
三、高邮湖水系诸航道
(一)白塔河航道
老白塔河，由于长久不治，加之经常筑坝拦水，水大坝倒，河淤增高，流水迂回，河道弯多，到1957年，石梁至汊涧一段，河底高程已增淤5至7米，大王庙至石梁一段增淤4至5米；汊涧以东至郭家大桥一段，就有10多个浅滩和坝基，枯水露出水面形如孤岛，洪水时潜入水中成为暗洲，有碍通航。1980年，组织千余民工，开控沂湖口门经沂湖闸向南的入湖水道，原来由大王庙入湖的航道口门废弃。1981和1982年，航运部门投资19万元对沂湖口门至县城北三汊河一线21．5公里的河道拓宽浚深，共挖土方114万多立方米。治理后的老白塔河，因两头节制闸胸墙板高度所限，除丰水期影响正常通航外，其余时间可以通行40—50吨级的驳船。
新白塔河是1957年起分期逐年开挖的。上游的石梁桥东河底高程为5米，下游新白塔河口门以上河底高程为4米以上。高邮湖最低的蓄水位是5米，县城以东最小通航水深只有0．9米左右，天旱不能引水灌溉，航运也因而受阻。新河口门外关门滩又是水下工程，人工无法治理，虽然每年组织人工清航扒线，但年扒年淤，收效甚微。每逢旱季枯水，船舶运输不得不翻驳过载，增加中转费用，影响效益。1972年冬，省航运部门派员勘测，认为上游有水库调蓄，关门滩并非流砂淤成，乃因湖面东北强风，浪推泥沙所造成，遂确定以抛筑石堤挡淤。1973年，省航运局投资9万元，县财政拨款5万元，抛石整治工程于年底完成，效果很好，航道因此畅通。
(二)沂龙河航道
沂龙河位于天长县北，是一条人工河，它北起龙岗与铜龙河汇合处，南入沂湖，长6公里。原来，铜龙河治理后，龙岗出湖口门水道淤塞，洪水不能渲泄，旱时不能引灌，水运受阻。为此，1978年由省航运部门投资8万元，县组织5千余民工，开挖龙岗经龙集至沂湖的河道，底宽15米，河底高程为3米，水下边坡1：2，当年夏完工。同时又治理了沂湖西的杨村河，沂湖东季桥河，沟通沂湖四周水道。1981年，把沂湖水排干，组织民工浚深一段湖底水道，使30吨的航舶在正常水位时通行于沂湖至沂龙河和铜龙河。
(三)铜龙河航道
铜龙河亦名铜城河，古为沛水河，也称北山河。该河两源头都来自江苏省盱眙县境的大小云山地带，一源从泥沛湾入境，一源从葛庄附近入境，二水至铜城镇汇合，向东流经龙岗，入百家荡沿西堤至小关北注入高邮湖，全长23.28公里。航道底宽15至20米，铜城至龙岗的河底高程2．5至3米，龙岗至小关北河底高程3至3．3米，最小通航水深1．7米，可以常年通行80—100吨级的驳船。
(四)泰楠河航道
秦楠河是天长县东部与江苏高邮县的一条界河，源出横山偏东北流，汇金集、官桥、司徒诸水，蜿蜒注入高邮湖。由于久失治理，河道弯曲，航槽积淤，菱塘以北入湖口门受强风浪推砂所致，至五成尖7公里形成“关门滩”，积淤高程达4．5米左右，长期碍航，丰水时只通行20吨左右的木船，正常水期仅能通过载重10吨以下的小船。1973年，天长、高邮两县商定共同治理，裁弯挖直，拓宽浚深。天长县共挖土方148万多立方米，使秦楠至入湖口门由19．5公里缩短为13．5公里。1985年10月，省航运局决定投资12．30万元，对入湖口门进行机械疏浚。1986年8月，省机械疏浚公司派吸泥船施工，9月完成，开挖了入湖航槽1983米，底宽30米，水下边坡1：2，河底高程3．3米，计挖土方5．7万多立方米。
(五)川桥河航道
川桥河发源于六合县境的糍粑墩一带，由西南流向东北，注入川桥水库后至县城附近接入新白塔河。从水库至新白塔河长12．5公里，是县城东门港区的通航河道。底宽30米，河底高程2．5米，最小通航水深2．5米，可以常年通行千吨船队。
四、主要渡口
滁县地区在各自然河道和湖面上有一批渡口，多自然岸坡，渡船为小木船。50年代各地兴修水利，挖河开渠建水库，渡口增多，全区49个大中型水库中都有渡口，有固定的专门渡船。60年代起，逐步改造主要公路上的渡口。最早建设的是在嘉山县明光镇池河上的下渡口，扩建坡岸，增设汽车轮渡，由公路部门专管。以后明光池河公路桥建成，轮渡废用。80年代起，先后在临淮关、全椒官渡和嘉山县柳巷，设置汽车轮渡。1987年，滁县地区行政公署颁布了《滁县地区乡镇渡运管理实施细则》，对渡运依法实施规范管理。经过整顿，培训了渡工，把木渡船全部更新为全省统一标准的船型，并且把渡运工作纳入所在乡的统一管理中，乡镇政府与县交通局、航运管理站齐抓共管。至1992年，全区207个渡口全部更换为钢质船；渡工个个经过培训，基本上杜绝用破船、木盆和年老残疾人摆渡的现象。
(一)临淮关渡口
此渡口古已有之。原来渡船是当地居民集资建造，固定渡工，渡工赖收取过渡费维持生计。建国后，在临淮成立渡运合作社，仍是几条木质渡船，只能渡人，不能渡车。80年代以后机动车辆增多，在临淮关不能渡淮，必须绕道几十公里到五河县城渡淮，再折返临淮关对岸。乃筹资购置机动渡船，扩大经营，并成立临淮关渡运公司。现有载重38吨的渡船3艘。
(二)全椒官渡
位于全椒到和县公路的滁河上。明朝万历年间曾用2艘木船架成浮桥，全椒、和州各负一半，故称官渡。民国期间，修建滁县至巢县公路，经过此渡，但只有人渡，不能通车。1984年，全椒县官渡乡与和县石杨乡商定，联合集资20万元，设置汽车轮渡。1985年先修筑两岸码头，1986年在淮南造船厂建造40匹马力的机动渡船，载重25吨，3月份开渡营运。渡口现有8名渡工，每天过往汽车20多辆次和大量小型机动车，平均日收入150—200元。从此，全椒至马鞍山可以不绕道南京，公路里程缩短近70公里。
(三)泊岗轮渡
嘉山县泊岗乡原来在淮河南岸，与柳巷乡连片，1951年治理淮河，西从大柳巷，东至阚台子挖了一条7公里长新淮河，使泊岗乡处于淮河北岸，与柳巷乡隔河相望。1953年两乡间设渡，只能渡人，汽车开不进去。1989年，泊岗乡和柳巷乡共同集资购置机动渡船，两岸辟修水泥坡岸码头，1990年完成。设钢质机动渡船，载重28吨，从此，沟通两岸汽车交通。
除上述主要渡口外，清流河上来安县有渡口13处，滁河上有渡口13处；皂河上有渡口4处，天长县境内渡口有44处，嘉山县有渡口32处。凤阳县境内有渡口12处；定远县境内有渡口1处；全椒县境内有渡口41处；水库有渡口29处。
五、港口和码头
50年代初，全区各航道上的港口，多是自然岸坡码头，仅临淮港、明光港、天长港修有部分石砌台阶式码头。60年代，新修了嘉山县柳巷新港。70年代，随着滁河、白塔河和女山湖航道的治理，先后兴建了天长东门港、全椒县全椒港、三汊河港和嘉山县明光新港，扩建了临淮关港。80年代，移址新建了滁州港、明光港，同时修建嘉山县港和来安县的汊河新港。并开挖了一些港口的船塘，增加装卸和安全设施，修建仓库和货场，全区港口条件得到很大改善。
1992年，明光，临淮关、天长、三汊河港口的码头长度为562米，仓库420平方米，堆场13745平方米。主要港口的年吞吐量为139．2万吨。
1992年，各港口货物吞吐主要数据如下：
明光港：货物吞吐量65.32万吨，其中出口物资64．75吨。
柳巷港：货物吞吐量14485吨，其中进口物资5250吨，出口物资235吨。
临淮关港：货物吞吐量8．25万吨。1984年曾达25万吨，后明显下降。1982年客运量曾达17万人次。以后也大幅度下降，1985年，客运停办。临淮关港是滁县地区境内淮河上的最大港口，东起濠河入淮口，西至火车站附近的新码头，全长1700米。建有客货码头、客运站房、贷场，是公、铁、水联运的主要中转港。临淮关港以下有：黄湾码头，距临淮关8公里，是客轮停靠点，临准至小溪公路于此经过；枣巷码头，位于黄湾下游20公里处，花园湖在附近入淮，是客轮停靠点；浮山港距五河池下游19公里处，是淮河最后一个峡口，大宗物资和大批治淮劳力的中转点；柳巷港，位于浮山下游8公里的淮河左岸泊岗乡境，是蚌埠至大柳巷客运航线的终点；太平港，位于小柳巷下游15公里处，柳巷航运站曾在此设立分站。
天长港：年货物吞吐量12．77万吨
全椒县各港口(含县城、三汊河、古河、赤镇、官渡等港)：年货物吞吐量27．1万吨。
滁州港：年吞吐量10．5万吨，(含乌衣港货物吞吐量1．85万吨)。