1950年2月，药政工作由专区卫生科负责。1951年7月，专区卫生科医政股配备药政干事1名。此后，全区的药政管理工作，一直隶属行署卫生局的医政(业务)科。1983年元月，行署卫生局增设药政科，配科长、办事员各1人。1984年4月机构改革，撤销药政科，1988年得以恢复。1986年后，来安、天长、全椒、定远、凤阳、嘉山6县相继成立药品检验所。天长、定远2县药检所独立核算，开展部分药品检验工作；其余4县均不能开展检验，仅从事一般药政管理。滁州市未成立药品检验所，其业务由市卫生局业务股负责。1986至1992年，全区共配备专、兼职药品监督员31名，药品检查员293名。一、医院制剂管理
从50年代初或在建院开诊时，地、县医院和区、乡卫生院均开始加工和配制一些外用的油膏剂、洗剂、搽剂、酊水剂，内服的合剂、糖浆剂、片剂、中药丸、散、膏剂等。50年代中期，地区一院开始生产大型输液制剂，由于当时生产设备简陋，没有必要的质量检验，在临床应用时，热原反应时有发生。“文化大革命”期间，各医疗单位的制剂生产停止。
1978年以后，全区医疗卫生单位的制剂生产，特别是灭菌制剂的生产，进入新的发展阶段。到1985年，有地区一院，地区二院，天长、全椒、定远、凤阳、嘉山县医院等21个医疗单位生产大型输液制剂。1985年5月下旬至6月上旬，全区开展药政工作大检查。检查中发现少部分卫生院使用国家不准使用的一次性蒸馏水和离子交换树脂处理的离子交换水生产的大型输液制剂，根据《药品管理法》的规定，及时责成他们停止生产。有些医院的制剂室虽有专业技术人员负责，有一定的生产条件和实践经验，但在生产场地、环境、房屋设施、生产设备配套、水电汽供应检验等方面，仍有差距。地区药品检验所根据《药品管理法》的规定和安徽省卫生厅下达的《医院制剂室应当具备的条件》，及时督促整顿和完善。来安县医院于1987年建成3500平方米的制剂楼，地区二院在原制剂室的基础上加以装修，地区一院、凤阳县医院、天长县医院均重新建造了制剂楼，定远县医院、全椒县医院在原制剂室的基础上进行了扩建和改建。至1992年，上述7家制剂室的房屋设施、生产工艺、技术人员素质、质量检验、净化设备等都基本达到医院制剂规范的要求。
二、医药市场管理
建国前，滁县地区医药市场均由私人经营。建国后至1956年，全区城乡医药市场私人从业仍居主导地位，医药市场管理工作由各县工商业联合会行使职权。
1956年后，医药市场开始由医药公司(医药采购供应站)经营，地区有二级站，县有三级站、四级站，在城乡形成网络。市场游医、药贩，由各县卫生局、工商局、医药公司共同管理。医药经营企业和医院药房、调剂室的药品质量，由地区卫生局、医药公司每年组织检查。
1980年以后，随着医药市场的开放，一些伪劣药品潜入市场。1984至1985年，地区药品检验所先后在药品经营单位和卫生医疗单位查获一批伪劣中药材，有省明文禁止使用的一轮贝母、伪品白花蛇、伪品冬虫夏草、紫云英种子充当沙苑子、假红参(实为剧毒中药材商陆)等，查获后销毁。1985年5月下旬至6月上旬，行署卫生局医政科、地区医药公司质检科和地区药品检验所对全区7个县(市)共58个地、县(市)、区、乡的卫生医疗单位、药品生产企业、药品经营企业和集体、个体药店(铺)的药品使用、麻醉药品和剧毒药品的使用与管理、药品供应和药品质量管理等进行全面检查。由福建省晋江地区以及山东省、河南省流入本区的假药、劣药共100多个品种，购价达8．42万元。假药销毁工作分别在各县(市)城集市，并在公安、检察、司法、卫生部门监督下进行。
1986年，滁县地区行政公署成立由医药、卫生、工商、物价等部门参加的医药市场管理领导小组，常务副专员宣甲炎任组长，负责全区医药市场的管理工作。各市、县也相应成立医药市场管理领导组织。在整顿医药市场的同时，利用电视、广播、报纸等工具，大力宣传《药品管理法》，及时查处“乱行医，乱卖药”等不法行为，保持医药市场的良好秩序。
三、特殊药品管理
从1950年11月份起，贯彻执行国务院颁发的《关于麻醉药品临时登记处理办法的通令》，对社会上公、私机构或个人存留的麻醉药品，限期登记收购或上交医疗单位使用。1978年以后，国家对麻醉药品、医疗用毒性药品、精神药品、放射性药品等发布一系列管理办法，本区在执行中制定出相应的管理措施。医疗单位购用麻醉、精神药品实行用卡制度，由地区卫生局药政科专人负责办理，满5年后，重新审核换发卡证。地区卫生局发卡后，由地区医药二级站按限量供应。天长、定远由所在县医药公司供应；凤阳由蚌埠市医药二级站供应。各级医疗单位普遍建立麻醉药品专人负责、专柜专锁、专用帐册、专用处方、专册登记等管理制度。各县卫生局每年对经营、使用单位进行一到两次检查，地区卫生局每年组织一次调查和检查，及时处理检查中发现的问题。