本区道教历史较长，但始见于记载却晚至唐朝。迄今所知境内建成最早的道教寺观是位于今全椒县草庵乡的神山寺，大约建成于唐大历年间(766～779年)。
东晋时曾有道士居隐琅琊山中，建玉皇殿，遗有铜像一尊，古钟一具，清代晚期遗失。
唐代全椒山中道士来滁，“居恒焚香，扫地而归，务以玄嘿化民”。建中四年(783年)，滁州刺史韦应物曾写诗赞其道士：“今朝郡斋冷，忽念山中客，涧底束荆薪，归来煮白石。遥持一瓢酒，远慰风雨夕，落叶满空山，何处寻行迹。”
宋代有很多道士居此山中，政和七年(1117年)曾将丰山上的“光孝禅寺”改为“神霄玉清万寿宫。”
南宋乾道年间(1165—1173年)，有“知命道人”着黄道服，结青巾，项带数珠，手提蓑笠，上写“知命先生遇仙得术”字样，与晋陵胡俦相遇，片刻出门而不见。后有一兵至，与知命道人相似，持吕纯阳写的青轴，上有苏子容丞相题款，是南京顾子敦刻本，后置天庆观。
南宋淳熙年间(1174—1189年)，王中勤曾为“道正”，管理滁州的道士活动。他戒行峻洁，人尊仰之。宋、元、明时期，境内道教发展较为繁盛，这一时期建成的道教寺观主要有：元至治二年(1322年)道士王永模在今凤阳县临淮镇建成“通真观”，此道观元末毁于战火，于明洪武六年(1373年)由道士王兰谷重建。明万历年间(1573～1619年)天长知县冯维岳在县城西门外建成元妙观，并于观内设道会司，专门管理道教事务。此外，境内历代所建的道观还有位于滁州城内的真武观和位于琅琊山中的玉皇殿(又称无梁殿)、碧霞元君殿、天后宫、玄帝行宫等。
明代期间，滁州设有道家管理机构“道正司”，设在古梓潼观。“天妃顶”得以更名“碧霞元君殿”，为众道人祭坛的场所。黄草洼有“幻空道人”结草居之。龙蟠山有“槐花洞仙”修炼。玉皇殿得以重新筑建。玄帝行宫有众道士捐奉修建的石屋焚香炉。
清代康熙年间，部分道观、宫、殿得以修复，部分颓倒荒废。
民国以后，境内住道院修行的“全真道”道士很少，多数为“正一道”在家道士。他们与普通百姓一样，有家室，主要从事民间的斋醮、画符，或兼作“堪舆”(阴阳先生)为人家择地定向、看风水。建国初期，全区共有道士、道姑83人，其中来安5人、全椒28人、凤阳7人、肥东43人。解放后随着人民群众物质文化生活水平提高，原有的几名道士、道姑均先后还俗，道教活动停止。