清朝是在镇压明末农民大起义的基础上建立起来的。明末清初持续了几十年的战争，特别是统治阶级的镇压农民起义过程中，那种对反抗者一概“剿灭”、“杀绝”的野蛮做法，使社会经济遭到严重的摧残。到处是流亡的人丁，残破的屋宇，以及荒芜的田地。江南省（包括今安徽、江苏）也因屡经变乱，“男妇罹于杀掠，庐舍遭于焚毁”，结果“桑柘之木伐以为薪，养蚕之人与食俱竭，而丝与杼皆废矣”。庐州、安庆两府是江南省的传统产粮地区，但其中不少州县，都因战乱而破坏严重，许多良田被抛荒。
清朝初年安徽部分州县田亩情况表
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另外象颍州府（相当于今阜阳地区）属的阜阳县，原额田地18793．45顷，荒地10926．59顷，荒田比例也高达58％。
土地的大量抛荒，造成两种严重后果：一是“地荒民逃，赋税不充”；二是“饥民逃兵，啸聚为乱”。安置流民，保证赋课，进而巩固新的封建统治，这是清朝统治者大力推行屯垦的基本出发点。
一、清初的屯垦
清初“无地可税”的窘境，使刚上台的清统治者把屯田视为“养兵裕国之本”，各地驻军皆实行屯田。“开国之初，每佐领拨壮丁10名、牛4头、于旷土屯田。至是，准州县卫所荒地无主者，分给流民及官兵屯种”。“如力不能垦，官给牛具籽种或量假屯资，次年纳半，三年全纳”(《清史稿》卷120，《食货志一》)。
顺治元年（1644年），遣御史巡视屯田。顺治三年，定屯田官制，卫设守备一，兼管屯田，又有千总、百总分别管理，改卫军为屯丁。顺治十年，清朝政府设立兴屯道厅，推行屯田垦荒。“直省设开屯道厅等官，专管兴屯事宜，督垦荒田”。按清政府的规划，江南省属于重点兴屯地区。凤庐淮徐兴屯道驻泗州，所辖庐寿兴屯厅，驻寿州（今寿县）；凤萧兴屯厅，驻灵璧（今灵璧县）；淮徐兴屯厅，驻海州（今江苏东海县）。
清政府规定，应募参加兴屯的屯民，都单独进行编制，并设立屯官、屯长等职，然后统于兴厅，再统于兴屯道，自成一套体系，组织是相当严密的。要推行屯田，政府必须控制一批土地。清政府规定：凡“无主荒地”，“俱作官地”，听兴屯道厅开垦。当时，凡属兴屯地区，几乎所有荒地都被拨归兴屯道厅。如霍山县“原额田地塘山4061顷6亩1分，内无主荒田地塘山1510顷55亩2厘，奉文拨入兴屯”。
二、屯田租额和报垦情况
康熙六年（1667年），定江浙等省分驻投诚官兵屯田，人给荒田50亩，待支饷本，其眷属者众，亩数量递加”。
由于参加兴屯的人员，情况各不相同，所以清政府在收取屯租时，也区别不等。第一种是自备牛种参加兴屯的。头一年政府课取收获物的十分之一，第二第三年收三分之一，三年之后，便将原领屯地永为己业；第二种为官助牛种者。头三年，政府一律课征收获物的三分之一或二分之一，“三年之后，准为世业”。至于所借牛种等屯本银两，“次年缴还一半，三年照数全纳”。第三种，“民无工本，愿行承种者，给以雇值”，实行“民间计工授值”的办法，所收作物，“除十分之一以给屯长，其余尽收入官，以偿屯本”。
兴屯垦荒弊端较多。“屯租数倍民粮”。农民种荒田，一般都三年后起科，而兴屯田地第二年就得缴纳籽粒。政府为了取得“屯租”，不断驱迫农民耕种屯地，在残酷的封建剥削下，屯田农民根本无法维持再生产。屯民毫无屯垦的积极性，人们视兴屯如畏途。泗州原有水沉无主古荒田地508．99顷，兴屯垦时，“兴屯道厅追比屯息急迫，屯民刘三省等朦胧报荒作熟”，顺治十七年（1660年），又将这批荒田的税粮“刊入由单，一例升科”。从此，泗州百姓就平白故地额外增加了10580余两银子的赋税负担，直到康熙初年还未豁免。又如筹划牛种屯本。按清政府规定，用于兴屯的牛种银两是“不得拿司库饷银”的，只能由地方衙门从“脏罚及空缺廪俸裁扣工食等银”中取得，这在数量上就十分有限，而且因为不是常额，还很不稳定。可是屯本银的实际支出量都十分庞杂。凤庐淮徐兴屯道，顺治十年创置时，议定从江南省官员的赃罚银两中拨得35000两，以供道厅官员俸饷和购买牛种之需。据该属官员报称：“至原议动支赃罚银三万五千两给买牛种，特从凤荒六万六千五百三十七顷零起见，今又加以庐、淮、徐之荒，计八万三千二十六顷零，数更过于凤属，则前项银两势必不能分济”。另外，因为兴屯道地域扩大，屯地增多，原定设置的屯道1员，同知2员也不够了，需要相应增添，这样又增加了一批开支。
三、撤卫并屯
清朝政府推行屯田，本来目的是制止流民，加速荒田开垦，结果不但耕种屯地的农民因租繁重，不断大批逃亡，甚至连原来在民地上的农民，也因受摊派屯租的牵连，无法继续生产而离开土地。所谓“重垦令而田益荒”、“是使国用匮而益匮”。这是当初建议实行屯田的官员所没有料到的。
顺治七年（1650年）八月，首先户部提出：“故明卫所军丁，有城守领运之责，故屯田征派较民地稍轻，今军丁既裁，凡无运粮各卫所屯田地亩，供应照州县民田统一则例，一体起解”。不久，都御史魏裔介建议：“除运粮卫所及边防卫所不裁外，其余尽行归并相邻州县官有司管理”。此后，御史陈紫芝提议“裁并屯卫”，“以屯务属州县”，如此“则钱粮可稽，地亩可核，逃盗可清”。
裁撤卫所，将屯地赋税归入所在州县征收的办法，从顺治年间已开始推行。但是，由于各地屯卫情况很不一致，所以实施时困难重重，安徽、江苏、浙江、江西、湖北五省的军屯多有繁重的漕运任务，其中也有屯地归并于州县征收。安徽、江苏二省经江南总督麻勒吉的题请，于康熙十一年（1672年）“裁卫归县，卫所钱粮就近并县征解”。
雍正二年（1724年），并内地屯卫于州县，裁都司以下官，惟带运之屯与边卫无州县可归者如故。雍正九年，令屯卫田亩，可典与军户，不得私典于民。
屯丁银摊入地粮。清政府在推行摊丁入地时，曾根据不同情况，将屯丁银摊入田地。安徽省是按归并的州县进行均摊。屯丁，分别为驾运屯丁和当差屯丁。驾运屯丁指专司漕运的屯军，他们“领种屯田，驾运不纳丁银”，真正承担丁银的是当差屯丁。到乾隆初年为止，安徽省多数卫所已归并到所在州县，其丁银亦各按所在州县屯地，分别匀摊。
清政府在裁卫并屯后，又调整屯地赋税科则，实行屯丁银摊入地粮，使明代以来军户和民户、军地和民地之间的差异，事实上趋向泯灭。在清代的《赋役全书》中，仍保留有屯地、屯丁的名目，这主要是因为在税则税目上，还多少有些区别。如雍正二年，安徽有屯田1185559亩，缴屯银40506两、屯粮4482石；乾隆十八年（1753年），安徽有屯田1185686亩，缴屯银45860两、屯粮373石；乾隆三十一年，安徽有屯田4221190亩，缴屯银109933两、屯粮99917石；嘉庆时（1796～1820年），安徽有屯田4168650亩。光绪十三年（1887年），安徽有屯田4170289亩，占全省总耕地面积41114341亩的十分之一多一点。
当顺治、康熙年间各省纷纷裁卫撤所的时候，与漕运有关的卫所都仍然保留了下来，并不断勾签军丁，清理屯地，以确保漕运的需要。安徽的漕运卫所中，屯地的分配有三种形式：一是按丁配田，如安庆卫每丁派给田520余亩，作为上下两运之用；二是以船摊田，就是按照运粮的漕船额，每艘配给一定数量的屯地，以帮贴运漕军丁。每艘运船匀摊田亩的数额，在各卫所间很不相同。如宣州卫，每船摊田亩数1422亩。滁州卫，每船摊田亩数285亩。建阳卫，每船摊田亩数1422亩；三是江南的江淮、兴武二卫，原编屯丁、运户两项。其屯丁照亩纳粮，额供兵饷，运丁给以行月钱粮，屯田免给。既不按丁给田，也不以船摊田，而是将屯地的租课补贴运军。如六安卫，“原额屯田187顷38亩8分4毫零，内运丁自种田172顷78亩9分4厘9毫，民人执业田田14顷59亩8分5厘5毫，每亩征津银2分，共银562两1钱6分4厘零，旗丁自行收取济运”。
军丁执业田和民人执业田。屯田属于官田，由国家分配给卫所军丁承种，明清之际社会动乱，军逃地荒，不少屯地事实上落入民人手中。所以，从当时的实际领有情况看，可分为军丁执业田和民人执业田两种。如安庆卫有各丁执业田107．76顷，附甲闲丁执业田177．02顷，附甲民人执业田184．31顷等。
屯田的田赋负担。新安、宣州二卫屯田，不论军民管佃执业，每亩征津贴银8分。建阳卫民典屯田，每亩征津银1钱2分。庐州卫屯田，每亩征津银6分。泗州卫屯田，无论军民执业，坐落泗州者，每亩征津银1分。坐落天长、来安各州县者，每亩征津银1分1厘6毫。典出运田，按钱粮1分，征津银2分5厘。
纳粮地和无粮地。屯地的租赋也比民地复杂，除了因田地肥瘠不等，屯租额有高有低外，还分为纳粮地和无粮地。纳粮地是指缴纳租课津贴漕运军丁出运外，要另向国家出办钱粮的屯地。泗州卫屯地，户丁每缴正赋钱粮一分，就要征收津贴运丁银三四分不等，遇到漕船翻造的年份，还要“加倍”收取。无粮地可不向国家缴纳钱粮。
四、屯地经管和屯租征收
屯地的经管和租粮银的征收方式，也不完全相同：
由军丁直接经管，其中包括屯丁自种和招佃收租两类。由屯丁自行耕种军田，各地都有。招佃收租，也十分普遍，如江南建阳卫，其屯田历“系本丁自执，招佃耕种”，便是最明显的例子。此类由军丁直接经管的屯地，不管是本丁自种，或招佃收租，他们的漕运经费都归军丁自行筹划，卫所或地方官员一般不另加干预。
卫所经管，即由卫所官员负责收取所属屯地的租粮或租银，然后再津贴给各承运漕粮的军丁。江南江安粮道所属各卫所，多采取此种形式。
州县衙门代管。在清初裁卫并屯中，不少漕运屯地亦因管理方便，先后并入州县。这样，运丁的经费开销，也统归州县衙门从征得的屯租中拨给。
当然，上面三种形式，中间也常有变化。如江南泗州卫运田津银，亦“向系各丁自行收取”，后来因“私相授受”，不断出现“争多较少”的纠纷。乾隆三十九年（1774年），改由“官为征收”，并调整津银数以减少矛盾。
根据：《户部漕运全书》卷三五《屯田坐落》中，可知安徽省各漕运卫所屯田数和屯地分布区域。
清初安徽省漕运卫所屯田数和屯地分布区域表
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五、屯地的侵占和清屯归运
清朝政府为了保证漕运的正常进行，十分注意控制屯田。所谓“屯政以田为主，有田则有粮，有粮则丁银由此出，运费亦由此济”。清政府虽曾多次下令进行清查屯地的侵占迷失，但这种情况仍然越来越严重，清初江南都司所辖原额屯田地荡21956顷零，康熙二十二年（1683年）呈报时，只剩实在田地2361．23顷。在众多的失额田地中，有1100余顷是属于被黄河淹没或因修筑堤防而占去的。乾隆中期以后，黄河堤岸失修，两淮地区经常决堤闹水，大片屯地遭淹不堪耕种。
典卖屯地的情况几乎在所有卫所都严重存在。庐州卫，额设屯田2087顷，而被屯丁私典的却有1511顷，竟多达一半以上。因此，从乾隆时候起，清政府曾多次在各漕运卫所推行“清屯归运”活动，勒令屯丁将私相典卖与民人的屯地，一律交价回赎。考虑到屯丁无力回赎，有时采取动拨官帑的办法，协济屯丁回赎屯田。如乾隆五十三年（1788年），拨款60700余两，赎回庐州卫上则田404顷等等，这种拨款需从赎回屯地的田租内扣抵，一般分六年回缴归库。其实回赎的庐州卫屯地，只不过是该屯出典田土的四分之一，剩下四分之三的屯地，即因“典价既多”而无法回赎。
六、加重课征津银
清政府无法真正实行清屯归运，而屯地盗典私卖有增无已，于是采取课征津银的办法，以限制民人受典屯地。向民人执业的屯地课取津银以免除回赎的做法，在雍正和乾隆初已有此例。把屯地加津免赎的则例扩及到一般典卖的屯地中去，那是乾隆中期以后的事。据嘉庆《怀远县志》记载：“运田本系运丁自行收纲银济运，后军佃私典盗卖，屡奉清屯而运丁无力赎回归运，乾隆二十九年（1764年）遂议运田每亩加津贴银一分，三十年奉文科征”。如江淮卫，于州县归并省卫快丁屯田额征钱粮内，每银1两、米1石，各征津银1钱。
到了乾隆三十九年，清政府在又一次“清屯归运”后，发现典卖之风并无丝毫抑制，于是决定实行从重加津，即在原征津银外，再加征津银，目的是“以襄运务，以示惩儆”。如宣州卫屯田，每亩原征津银0．056两，从重加津银0．024两，共征津0．08两，从重数占30％；长淮卫屯田，每亩原征津银0．0112两，从重加津银0．0068两，共征津银0．018两，从重数占37％；又每亩原征津银0．0087两，从重加津银0．0073两，共征津银0．016两，从重数占45．6％；属徐州卫的萧县、砀山县的屯田，每亩原征津银0．05两，从重加津银0．02两，共征津银0．07两，从重数占28．6％；凤阳正卫屯田，每亩原征津银0．037两，从重加津银0．015两，共征津银0．052两，从重数占29％；又每亩原征津银0．02两，从重加津银0．015两，共征津银0．035两，从重数占43％。从安徽这四个卫所中，可以看到，从重加征津银的比例是不小的，有三个卫所，加重比例在30～45％之间，何况它们都属长江以北，土质比较瘠薄的地区。在原来已征课银的基础上，再加征如此大的比例，可见清代屯田军民生活艰苦，所受惨重剥削超过了农民。甚至难以维持生计，出现屯田军士“畏惧军役”、“捏作丁尽户绝”，纷纷逃避军屯剥削。
清政府向民人执业的屯地，普遍加课津银和从重加津，原为确保漕运，阻止屯地的民地化。但是，这个措施本身表明它已承认民人可以拥有屯地，为民人典卖屯地取得了合法的地位，加速了屯地向民地的转化。道光四年（1824年），黄河泛滥，运道受阻，清政府被迫用海路运送漕粮，到了咸丰元年（1851年），南漕已全改海运。为漕运而设的卫所及其屯地，已经失却了意义。光绪二十八年（1902年），清廷下谕：各省屯田地亩，令各屯户报官税契，听其管业，将屯饷改为丁粮，统归州县经收，如有盗卖和私售者，亦许据实报明，完纳正供，不究既往。于是漕运屯田和一般屯田一样，完成了它的使命，与民地同归于一。
七、清末的垦荒活动
屯田民地化以后，因急需粮食，安徽地区也进行了一些垦荒活动。
同治元年（1862年），因急需军粮，凤、颍等地所属戍兵，就垦殖邻近废田，并推广到其他地方。同治十一年，御史黄锡彤请设“苏皖屯营，选湘淮散勇，垦沿江地”（《清史稿》卷120，《食货志一》）。
江淮地区，经太平天国革命后，农业生产荒芜已久。光禄少卿郑锡瀛建议：“宜广屯田，养兵以节费”。于是曾国藩在安徽部署开荒。在临淮（今凤阳县东北）设立屯垦总局，在凤阳、定远各设分局。并发出兴办屯垦告示，号召农民垦荒，对垦荒者实行一系列优惠政策。如贷给耕牛、农具、种子、资金，贷款还可以分期偿还。农民参加垦荒种植，官收的田租先少后多：第一年，官收田租十分之三；第二年十分之四；第三年田已成熟，即行平分。并允许本地和外省农民来安徽屯垦。一时间，安徽省的垦殖活动十分兴旺发达。如：
广德州：“田地荒芜，招来客民开垦改藉，湖北人居四，河南人居三，江北人居其一，浙江人居其一，他省及土著共得其一”。
泾县：“同治初年，有创议令楚南北之挈室来佃此土者，于是趾踵相接，蔽江而至。至由择其屋之完好者踞而宅之，田之腴美者播而获之，不数年，客即十倍于主”。
全椒：“咸丰乱后，客商星散，土著什不存三、四，田多而人少。故数十年来，邻县如合肥、潜山等客民，多侵入其间，或佃田、或垦山”。
滁州：“大乱之后，土著不存三、四，大率光州，安庆之人挈室而来开垦荒土”。
贵池：“移入之农民，约占全县70％。其中以桐城、庐江二藉者为多，约占全移民80％。其余如怀宁、湖北各县者，亦均有之”。
宣城：“移入之外籍农民，估计约有90％，其中以两湖籍占最多数，皖北次之”。
同治以来新的垦殖活动，使各州县“田赋渐有起色”，“良田尽僻”，“十数年来，日新月盛”，安徽的农业迅速得到恢复和发展。