新构造运动是指晚第三纪以来的地质构造活动，它与地震活动的关系比地质历史上其它时期的构造运动更为密切。安徽区域内新构造运动是在以断裂和岩浆活动为主的燕山运动的基础上，地壳进一步的发展和演化而形成的。
新构造运动遗迹在全省较为普遍，形式也多种多样，大致可归纳为大面积的沉降运动、大面积的上升运动、断裂活动及其相伴的岩浆活动、温泉出露、地震活动等。
一、大面积的沉降运动
从现代地形来看，安徽北部地区地势低平，河渠纵横交错，属华北平原的东南缘。根据新第三、第四系的沉积，现代地貌水系特征及近代地形变测量等方面资料的综合分析，皖北地区在新构造时期处于沉降过程之中，但沉降幅度和方式均表现出明显的区域性差异。
【沉降幅度的差异】
从新第三系和第四系的沉积等厚度线分析，皖北地区在新构造时期的沉降幅度总体上存在着东西、南北的差异。北部的淮北地区沉降幅度大，一般在几百米至千米，南部的合肥盆地沉降幅度小，仅几十米至几百米。这两个地区都具有西部沉降幅度大、东部沉降幅度小的特点，在皖北地区的西北部界首—亳县一带，最大沉降幅度达千米以上。
【沉降方式的差异】
在新构造运动期间，淮北地区持续沉降，普遍接受了新第三系至第四系的沉积。合肥盆地在新构造运动早期（晚第三纪）普遍上升，一般缺失新第三系的沉积。第四纪时，合肥盆地轻微下降，第四系的沉积厚度一般在几十米左右。根据对现代地貌水系、地形变测量资料的分析研究，淮北地区在整体沉降过程中，存在着近代的由西北向东南的掀斜运动，具体表现在：皖北地区在新构造运动早期和挽近时期，沉降运动的方式发生了变异，沉降中心由过去的西北部迁至现今的东南部靠淮河一线。沿淮河发育了众多的湖泊、沼泽和洼地，淮河以北的支流大多从西北平行流向淮河，呈现出现代地形西北高、东南低的大趋势。淮河在长淮卫和浮山集一段（长70公里）低于海平面的河槽有10处，最深达-14.4米。从1953年至1980年，淮北地区的西北部界首至亳县一带上升了约30毫米，东南部靠淮河的五河—蚌埠一带下沉了约30毫米。
合肥盆地在挽近时期的沉降运动方式也发生了一些变化，在大的轻微沉降的背景上出现了盆地中部的拱曲，形成拗沟密布的准平原，成为现代长江、淮河两大水系的分水岭，整个盆地表现出向西北方向退复的特征。
二、大面积的上升运动
安徽总的地貌特征是南部高，北部低，呈阶梯状过渡。南部的大别山区和皖南山区大面积的整体抬升，主要表现在多级夷平面和阶地、成层岩溶，深切河谷及新第三系和第四系地层缺失或不发育等几个方面。在整体上升的内部，同样存在上升幅度和方式的地区性差异。
【上升运动的间歇性】
大别山区和皖南山区普遍发育了4—5级夷平面和3—4级阶地及成层岩溶现象。上述两地区在整体上升的过程中至少存在着几次较大的稳定时期，表现出间歇性的特征。
安徽沿江地区在上升运动中也表现出间歇性，除局部山麓地区有新第三系堆积外，一般都缺失其沉积，第四系的沉积也很薄，且多分布在低洼的盆地内。该区广泛存在标高为100—200米的夷平面及3—4级阶地及成层岩溶现象。沿江地区在间歇性抬升过程中，除了受地球自转偏向力的影响外，还存在着自北向南的掀斜运动，表现在长江水系和河谷在形态上具有明显的不对称。目前的河床紧靠南岸的基岩丘陵，北岸的河漫滩的宽度往往比南岸宽几倍至几十倍，北岸的湖泊也多于南岸。北岸阶地的堆积物一般比南岸保存得好，阶地面也比南岸要大。
【上升幅度的差异】
大别山和皖南山区在整体上升过程中，因受其内部及边缘的老断裂新活动的影响，造成了各块体上升幅度的不一致，其明显特征是呈阶梯状地貌，由隆起的中心（即现代水系分水岭的部位）向北依次由中山过渡到低山丘陵、丘陵平原。
三、断裂活动
新构造时期安徽省断裂活动有两种情况：一是老断裂的继承性活动，但性质发生了变化，在一定程度上反映了老断裂具有的区域性或深成性。二是产生新的断裂，即具有新生性，但这种断裂在规模上一般较小，并且是断断续续地出现。上两种情况中，以老断裂的继承性活动为主，主要有北北东、北东、北西、北西西向四组。这些断裂常分布在断块与断块之间，或山区与平原的交接地带，对全省现代地貌水系发育、晚新生代的沉积、岩浆活动、温泉分布、地震活动及新构造分区均起重要作用。
新构造时期的活动断裂，特别是具有继承性活动的深大断裂，它们在三度空间上的展布、结构演化、活动历史、活动方式、活动速率及运动性质等方面都是极其复杂的。一条断裂在不同地段也往往具有不同的活动性，但是在晚新生代构造应力场的统一作用下，上述断裂系统中不同走向的断裂具有一定的活动方式，即郯—庐断裂带以西的北北东向断裂以右旋剪切挤压为主，北西西及北西向断裂具有左旋张扭活动性质，郯—庐断裂带以东的北东向断裂具有右旋挤压性质。
郯—庐断裂带是斜贯中国东部大陆一条规模巨大。分割了不同大地构造单元的构造活动带，在新构造运动期间活动十分强烈。展露在安徽的郯—庐断裂带南段在新构造时期的构造活动主要表现在显著的地貌水系特征、卫星影象特征、控制新生代盆地的发育及岩浆活动、多处出露第四纪断层等几个方面。
四、岩浆活动
新构造时期，安徽境内岩浆活动以玄武岩喷溢为主，伴随着一些岩脉和次山岩的侵入，主要分布于皖东北地区嘉山、来安、天长三县，现有的火山口共有八处，其中女山、团山、小横山、鲁山、小嘉山、中嘉山六处较为典型。
从玄武岩的喷发韵律及岩相特征分析，存在着两个较长的喷发间断，可划为三个喷发旋回，每个旋回又有多次喷发的特点，喷发期主要在中新世和上新世。
从玄武岩的分布特征分析，皖东地区和邻省主要呈北西和北北东向两个条带展布，分别受北西和北北东向断裂活动的控制，其中以北西向带条为主。玄武岩的喷发方式为裂隙——中心式。
女山火山口，不同于邻近地区的中—上新世火山锥，具有完整的火山锥体、发育的羊尾沟、碱性的玄武岩成分（碧玄岩）、缺乏塌陷构造和次火山岩相侵入体等特征，时代属早更新世。
五、温泉
安徽境内温泉出露点有27个，其中21个点的位置较为确切，17个点的资料较为完整。温泉的地域上的分布，多集中在大别山、皖南山区及沿江巢县—含山一带，在成因上是深循环地下水受地热及岩浆残留高温热液活动的影响，并通过断裂带上升溢出。全省温泉的地质环境特征，一是循其深大断裂派生的断层或破碎带出露，如庐江县东汤池、舒城县西汤池等；二是和燕山期（晚期为主）岩浆岩及脉岩关系密切，如黄山温泉位于花岗岩体内，沿北西向断裂破碎带溢出。舒城县西汤池、山七里河、岳西县黄尾河等温泉出露于燕山早期或晚期花岗岩中；三是多在断裂构造的复合部位出露，如和县香泉、巢县半汤等温泉；四是新构造上升区温泉数量较多，如大别山和皖南山区的温泉。
六、构造应力场
根据晚第三纪以来，安徽境内断裂活动性质及组合关系、震源机制解特征和地应力测量成果的综合分析，全省晚新生代构造应力场大致以郯—庐断裂带为界分为北部和南部两个大区。北部区主压应力方向为北东东—南西西（或北东—南西），南部区为北西西—南东东（或北西—南东）方向。北部区表现为北北东向断裂的右旋剪切挤压，北西、北西西向断裂的左旋张扭运动，南部地区主要是北东向断裂的右旋挤压逆冲。
全省37个震源机制解的统计分析表明，现代构造应力场继承了晚新生代构造应力场的主要特点，以水平挤压为主，主压应力轴仰角为29°±16°。在肥中断裂以北的皖北地区主压应力轴优势方位为北东78°，这一地区以南，主压应力轴以北西55°为优势取向。在金寨、霍山、巢县、桐城一带存在着上述两种应力场的转化过渡地带，这里发生的地震主压应力轴有两种取向，有时北东东，有时北西西方向。
全省现代构造应力场的背景是挽近时期太平洋板块和菲律宾板块对中国东部大陆的共同作用。这两大板块对中国东部大陆作用的分界线大约在北纬31°左右，在安徽即是金寨、霍山、巢县、桐城一带。