一、县境江段航道
县境江段航道全长58.45公里，水流平缓，水面平均比降为0.17％，可常年通航。流速一般是上游段大于下游段，狭段大于宽段。
县境江段时宽时狭，江流一放一收，单一江段与分汊江段相间出现。单一江段面窄水深，河床与岸坡比较稳定，每隔一段距离，在江道转折处，便出现山丘或矶头临江，或枕于河道一侧，或在两侧对峙，形成难以冲刷的节制点。在节制点附近，江道最深最窄。节制点过后，河道展宽，沙洲罗列，形成分汊江道。县境江段上游的小孤山节制点处，江宽约800米左右，水深在30米以上，在太子矶、东流等分汊江段宽4～5公里。大轮码头至雷港口，因对江马当矶影响，北岸沉沙淤积，枯水期出现浅滩。雷港至巩固一线，因对江太子矶折流，水向北岸冲刷，江岸严重崩塌。南面乃演成天心洲。水流受天心洲阻隔，分东西水道，西水道又被江心滩分隔为左右两槽，右槽沿天心洲左侧为中洪期之主航道。近年来江心滩与天心洲左侧已淤积相连，左槽为主航道。
二、华阳河水系航道
华阳河水系源远流长，水域辽阔，航道纵横。1956年以前，是省内水运较发达的地带。20吨木帆船从长江进入华阳河，向南可常年穿过泊湖直达太湖、宿松及湖北黄梅等县。6月至9月可通行载重百吨的轮驳船。向东由宝塔河穿武昌湖，经皖河，可直达安庆。通航里程共315公里，年运量17万吨。1956年，华阳、杨湾两节制闸建成后，水系内船舶不能直达长江。内湖水位又控制很低，航道浅滩浅段增多，通航里程缩短。由宝塔河通安庆的入江航道又被宝塔河下游筑成的东隔堤隔断，致使大批货物弃水从陆，年运量3万吨，水运业务日渐清淡，原往来太湖、宿松、望江3县的7000多吨位的专业运输船舶，有96％流入长江，仅留下少数小吨位船只维持水系内的短途运输。华阳河水系在县境航道主要有华阳河、宝塔河、杨湾新河、泊湖。
华阳河航道八两缺至华阳河口，全长35.40公里。河道规则、顺直，枯水期最低水深1.2米，通航条件较好，河口有华阳节制闸。
宝塔河航道自吉水东北流经县城至东隔堤，全长20公里。每年4月至9月可通小轮船，枯水期可通3～5吨小木船。
杨湾新河航道从八两缺至新河外口，全长8.45公里。中洪水期小轮和木船可抵杨湾闸。
泊湖航道环湖通航里程共169公里，水位受杨湾、华阳节制闸控制。中洪水期可行20～30吨轮船，落水期仅通3～5吨小船。
三、武昌湖水系航道
武昌湖水系跨怀、望2县，连接武昌、青草、焦赛3湖和津潭、新坝、泥塘、幸福、新漳5条河流，原是怀宁南部和望江北部地区货物进出口的主要水上通道。50年代初，经武昌湖和津潭河年货运量达10万余吨。枯水期可通行小木船，中洪期可通轮船。安庆至徐桥137公里内湖航线，即经皖河、武昌湖、宝塔河进入华阳河。后因东隔堤和皖河闸碍航中断。
幸福河航道上起武昌湖，流经北庙、刁口，下抵皖河闸，全长22公里，丰水期可通10吨船舶。冬季水枯不能通航。
津潭河航道上自石牌，经老沟、九华、同丰至刁口汇入大河，全长21公里(县境内16.07公里)。丰水期可通行10吨船舶。80年代初在九华段筑堤养鱼，通航里程缩短。
新坝河航道上自石牌，经新坝、大墩、杨术沟、汪洋、金埂、张家墩汇入幸福河，全长13.66公里，丰水期能通行10吨船舶。
泥塘沟河航道从朝天闸、官庄渡、鲁家滩、石隆庙至汪洋，汇入新坝河，全长32公里。解放初，丰水期可通10吨船，1957年后拦河桥增多，水位下降，不能通航。
新漳河航道1974年人工开挖的排水渠道，上自赛口，下至漳湖闸注入长江，全长12公里。