县内畜禽疫病较多，常见病有牛瘟、牛气肿疽、牛炭疽和肺疫；马传染性贫血（也称“三号病”)、马鼻疽；猪瘟、猪水泡病（也称“一号病”）、猪丹毒和肺炎；鸡瘟、鸡霍乱；兔瘟等。从1952年起，我县贯彻“以防为主，防治结合”的方针，积极开展防疫保畜运动，设立基层防治网，实行群防群治。是年，县成立畜牧兽医工作协会，有会员60人。1953年各区分别成立分会，会员增至125人。同时组织防疫大队，每年春、秋两季自带行李、药品，深入农村，进行防疫注射，取得良好的效果。1954年，注射牛炭疽疫苗的2.2万头，注射牛气肿疽疫苗的1.45万头。1955年，县成立7个兽医联合诊所，对全县的畜禽疫病进行防治。1958年，全县成立17个公社兽医院、149个治疗室，除按期对畜禽注射疫苗外，还积极采用单方、草药治疗疫病畜禽。
70年代，随着科学技术的普及和发展，我县采用中西医结合法防治畜禽疫病。经过多年综合防治，烈性传染病牛气肿疽、马鼻疽等基本消灭。1980年，为防止畜禽传染病从外地传入本地，县家畜检疫站配备检疫人员，负责牲畜交易检疫、铁路运输牲畜检疫，发现病源，立即进行隔离、消毒或焚尸深埋。经过连续几年的检疫与防治，至1984年，猪的“一号病”、马的“三号病”已基本得到控制，获安徽省1984年畜病防治三等奖。
1985年，有县兽医院1个，区、镇兽医院10个，乡兽医院69个，专业人员362人，其中兽医师3人，助理兽医师11人，技术员19人。拥有电冰箱17台、1500立升冷藏箱1台、普勒妊娠诊断仪1台、激光治疗机1台，固定资产、流动资金150万元。疫病防治由过去季节防疫改为常年防疫，提高注射密度，并在南京农学院指导下，自行生产禽霍乱疫苗和兔瘟疫苗。蒋湖兽医院还用激光治疗机进行畜禽疫病防治，收到较好的效果。