一、航道淮河是贯穿本县东西的主要河流。境内流程95.2公里，流域484平方公里。经蚌埠东郊入县境，途经4区1镇16乡，抵浮山。过柳巷、盱眙入洪泽湖。淮河年平均宽度300—400米，水深为13米；汛期平均水面400—600米，水深18.5米；冬季平均水面200米左右，水深为12米。一年四季都可通航，是个天然的好航道。
北淝河属于淮河水系。本县境内流程12公里，全在沫河口区境内。在北淝河治理工程流域规划中，将上游窑集以上流域面积600平方公里划入涡河水系，而将澥河流域面积890平方公里和本县浍河地区流域面积562平方公里划入北淝河水系，作为北淝河灌溉区。县境内部分可通10吨以下的小木船和挂机船。
浍河为漴潼河水系主要支流。从固镇县九湾合澥河入县境内，由园宅集向东至五河北店子进漴潼河。县内流程43.8公里，流域557平方公里。浍河流至西坝口，另一支流经旧县湾分洪闸控制入淮，船舶通过船闸可往来。浍河航道宽度30米，常年能通行10吨左右木帆船。汛期可行驶30—50吨挂桨机。航道内杂草多，浅滩多，影响航行。1957年7月，本县水运社对钟阳等渡浍河槽疏浚清理，开拓航道200米，宽30米，深1米。翌年8月，对钟阳集至四陈一段浍河槽进行疏浚，开拓航道长1.8万米，宽14米。1963年，对园宅集、沙湾、管家渡3处浅滩施工疏浚，计开拓航道500米，宽30米，深1米。1983年7月25日始，省疏浚工程队从钟阳集渡到北店子一段又进行一次疏浚。由于固镇节制闸的堵塞和浍河航道滩多偏浅，影响大批物资的中转运输，浍河港口航道还必须进一步治理。
沱河亦为漴潼河水系一大支流。沱河由固镇县濠城北流入县境，抵胡集向南与沱湖交汇，到五河北店子合浍入漴潼河。境内沱河上游水位15.8—16.2米，下游与浍河相同。正常情况沱河仅有少数渔民捕捞和零星运输，胡集供销社曾包1只船进货运输。近年来由于北店控制闸阻塞和汽车运输业的发展，沱河航道很少利用。

漴潼河系1952年内外分流时沿漴河及潼河故道新开航道。从五河北店子受浍沱二水合而为一，经杨庵东入江苏窑河到泊冈进洪泽湖。1978年后有私营小轮船通航，流程20公里。该河一般只起滞洪作用，暂无运输业务。
淮河可通行大小轮船和拖船，上达蚌埠、阜阳至河南省，下至上海、江苏各地。其他河流皆可通行吨位大小不同的木船和挂机船。建国前后，水路交通运输是本县主要交通动脉，80年代以后，公路增多，汽车运输业发展，航道的运输作用逐渐减弱。
二、港口码头
五河港轮船码头1950年始建有木架栈桥。1953年，置趸船与栈桥相接。1973年10月，省拨款30万元以扩建外河口轮船码头。东为客码头，为悬岸式，水泥地坪，南北长120米，宽10米，设有雨棚900平方米，百吨驳泊位1位，泊位置水泥趸船1条，长24米，宽8米。西为货码头，为顺河悬岸式，水泥地坪，东西长155米，宽15米。其上建有两台固定式吊机、9个货台，可供堆货1000吨。泊位为百吨驳4位。年吞吐量为20万吨。是年，港口疏浚投资15万元，挖长70米、宽60米客运船坞1个。
新集站轮船码头1953年投资0.8万元，始建宽8米台阶码头。翌年，被大水冲塌。1958年，投资1.1万元重建趸船浮动码头。1978年，投资1.1万元，在新集新街南堤外，建起1个宽10米的水泥块石台阶码头。设置了航运站和趸船，有船1000多吨。该站为沿淮乡镇重要港口之一。
沫河口站轮船码头1958年设置趸船，建成浮动码头。该港有船近100只，4000吨左右。亦为沿淮乡镇重要港口之一。是年，还建成小溪、王嘴趸船浮动码头各1处。
自建国后至1985年，对港口码头建设计投资共88.25万元。县境内建成1个港口、4个客运码头、10个停靠站，保证了主要航线的正常运营。五河港己有拖队9个，约5000吨，挂机150只，约7000吨，合计1.2万吨，从而保证了货物迅速运出和集散。
三、工具
木船本县木船分木帆船和无帆木船两种。木船的种类甚多，其特点亦不尽相同。常见的木船有五河县建造的划船，分单桅双桅两种。头窄后宽，稳定性好。载重10—15吨，夏季运输，冬季用于捕鱼。有怀远建造的良划，亦分单桅和双桅。上窄下宽，稳定性好，吃水浅，载重为10吨，适用于内河航行。有灵璧县建造的双棹船，中间有瓦形楼，吃水浅，有风扬帆，无风划桨，航速较快。载重6—8吨，适用于浅水小河航行。有江苏省太州建造的关驳船。船形窄，口小肚大，不易装卸，重载不稳。1956年改形，载重8—10吨。有江苏金湖建造的鱼鹰船。形长而窄，不易装卸，载重8—10吨，不宜淮河航行。
据统计，本县清末船民208户，民国17年（1928年）登记船民680户。1952年4月，登记木帆船293只。1956年成立水运合作社。翌年，淮光社有船94只，载重1465.5吨；浍光社有船74只，载重4515吨；漴光社有船39只，载重305吨；先进社有船42只，载重303吨；公私合营船队有船28只，载重995.5吨。1958年4个水运社合并为水运高级社，有运输帆船262只，载重2573吨；捕鱼船158只，载重356吨。
木船的操作，建国后亦在不断革新。1958年8月水运社船厂为木帆船安装明轮拨水推进器，时速平均6公里，运输效率提高50％以上。改装15条天平式麻板，比前效率提高2倍。是年，还建造出一只40吨位的大木船，这在本县造船史上还是首例。
机动船宣统元年（1909年），正阳关赵备五、胡渊如在蚌埠成立利淮轮船公司，客轮途经五河各站，本县首次出现机动船。民国8年（1919年），县劝学所购远江客轮1只，开航于五河至临淮一段，为本县有机动船之始。翌年，凌惠民、邓春芳、赵志作合购华顺号、福太号小客轮于淮河航道对开。建国后，途经本县的双沟至蚌埠航线，就有客轮9号、10号、勤俭、三八、淮光、淮伟、淮大等于淮河航运来往。1958年，水运社成立造船厂，翌年制成拖轮2只。1972年造出17米长水泥拖船1只。1976年生产出挂机船，获交通部铜制奖章1枚。这种挂机船，将木帆船或水泥驳尾部安装1—2台12匹马力柴油机和一二个挂桨机，靠机械动力航行。载重一般15—80吨，目前载重40吨的居多。现已普遍推广。造船厂自行设计制造的机驳船，船体为钢板和钢筋水泥制成。舱口大，稳定性好，有货舱、机舱、驾驶室。载重一般40—100吨，适应较大河湖运输。还有一种拖轮，身短头高尾低。前上部为驾驶室，后底部为轮机部。马力大，航速快，液压控舵，机械起锚，装有三色指示灯的125匹马力柴油机，为当今航行中主要牵引动力。70年代本县仅有机动船舶28只，载重972.83吨。1985年，全县已有拖轮8艘，驳船79只，载重4530吨；挂机船123只，载重3333吨。还有乡村挂机船156只，安装195型柴油机184台，载重5761.5吨。
四、运输
客运清末，本县帆船运输均为客货兼运，始有远江号小轮客运。民国初首有合股经营小轮客运。福太号、华顺号每日由五河至临淮往返1次。抗日战争爆发后，两小客轮被国民党军队拉差装运军火，从此淮河客运中断。
1949年9月8日，蚌埠至柳巷航线，途经长淮卫、沫河口、十里程、临北、毛滩（今大新）、新集、安淮、小溪、五河、朱顶、黄盆窑等站，每日对开1班，先后有淮光、淮伟等7只大轮正常航行。遇逢年过节另有加班。1959年，水运公司将船厂自造的拖船改造后命名为先锋号客轮，客运于从五河到固镇的浍河航线。时逾年余，因浍河冬季水位枯竭、夏季杂草丛生，通行不畅而停航。1978年后，实行开放搞活，有私营挂机小轮从杨庵到浍南管家渡开辟新航道经营客运。有时从杨庵开到五河北店子，时行时止，班次不定。
货运清末，淮河为皖苏北境货运大动脉。民国初期津浦铁路通车后，改变淮河货运旧秩序，减少了货运量。但本县货运仍以水路为主。建国后，随着社会主义事业的发展，本县货运任务一直较为繁重。1952年，仅木帆船货运量达4.36万吨，周转量达345.8万吨公里。1978年后，经济改革不断深入，开放搞活日趋扩展，货运量在逐步增大。1985年河内航程159公里，拖驳轮运货量达12.5万吨，周转量3349万吨公里。木帆船运货量达2.9万吨，周转量1576万吨公里。合计运货量15.4万吨，周转量4925万吨公里。分别比1952年增加2.5倍、13.28倍。港口货物吞吐量，1966年进口9.8万吨，出口5.7万吨。最高年份1973年进口89.8万吨，出口11万吨。1985年，由于陆路交通发展，港口货物吞吐已有减少。是年，进口7.17万吨，出口9.98万吨。