一、废黄河水系治理
宿县地区历史上水、旱、蝗灾害频繁，尤以水灾为重。特别是砀、萧两县，以公元1128年黄河决口南徙至清咸丰五年（1855年），黄河又于铜瓦厢决口北徙，其间700多年流经此处及灵璧北部地区。黄河在金、元之际溢决频繁，河道紊乱。明万历五年（1577年），黄河在砀山崔家道口溃决，下流至浊河向东到九里山西分两股，一出大孤山，在九里山北至境山以北会运河南下徐州，是为正流；一出九里山南为支流，经小浮桥到大浮桥（至徐州城东北）南会正流。当时为截断丰（县）、沛（县）间的秦沟旧道，在砀山、丰县界建一大坝，沿河修建大堤，使黄河入崔家口以下新河道。清康熙间，又在砀山毛城铺和徐州大谷山等地修建减水坝，河患稍减。万历四十年（1612年）大孤山九里北黄河正流淤塞，全部河水由九里山南经小浮桥东北会运。清咸丰五年（1855年），堤溃河南兰考县北的铜瓦厢后，黄河归故道，在本区砀、萧北部留下了高出地面5至9米，宽1至10多公里的废黄河。境内其他河道，也因黄河北移而变成间歇性和季节性的河道。由于废黄河高出地面，仅能排滩地之水。抗日战争前夕，废黄河南堤阎公庄决口，滩地北部之水，由此漫流堤南，致使萧县利民沟西岸及岱湖所有农田，皆受洪涝灾害。建国后，于1949年冬治理桂公沟并堵阎公堤。1975年冬，挑挖废黄河蓄水工程，沿岸建大小抽水站7处，在三大家材北建控制闸，设计灌溉农田6万亩。
二、濉河水系治理
濉河是本区历史较久，流经面积较大的河流之一。黄河溃堤南徙后，为历代黄河决口的主要溢洪道。明天启、崇祯年间，黄河两次决口，黄水夺濉入淮，在本区泗县境内的孟山至小河口一段，泥沙淤积，河床几为平地。乾隆二十二年（1757年）钦差吏部侍郎裘日修与安徽巡抚高晋等会勘宿(州)、灵（璧）、虹（县）积水情形等，办理疏浚事宜，后决定就濉溪口两旁冲出河形，挑治成河口。在虹县（今泗县境）境内开挖谢家沟，引濉入汴（老汴河）亦曰借汴引濉。开挖虹灵沟、荀家沟。虹灵沟上起谓桥，下迄长直沟，长约20公里。上承濉水，下通老汴河。采取一河一堤形式，西面开河东岸筑堤，至今西岸无堤，荀家沟上自老鹳脖，下至泗县城，长约20公里。清光绪三十四年（1908年）为防止濉水南趋，在灵璧浍圹沟南马场筑石磙水坝一道。民国4年（1915年）冬至次年春，安徽督军倪嗣冲决定治濉，宿、灵、泗三县出民12万名。民国6年（1917年）总长100余公里的河段疏浚工程全部告竣，做土方700多万立方米，同年12月，又疏浚灵璧境内浍塘沟至霸王城一段长10余公里，做土方21万多立方米。至民国8年（1919年）告竣，共耗银元150余万元。是时，灵璧境内的凤河、岳河改道向北流入濉河。此后20多年没有对濉河进行治理，致使河床淤积，堤防残破，到民国36年（1947年），濉河口因受洪泽湖倒灌的影响，在魏咀以下，淤浅尤为严重。灵璧织了民工60 000多人，调配干部1 000多人，组织了13个大队，93个中队，共完成土方47万多立方米，5月中旬，全区普降暴雨。新、老濉河水位猛涨，但由于此时濉河的治理工作已提早数十天完成通水，渲泄迅速，使本区200多万亩易涝农田免遭渍滞之灾。午季，宿、灵、萧边的老汪湖低洼地区小麦亦获得丰收。1953年冬，宿、灵两县治淮总队合并为治淮委员会第二施工总队。1954年冬，本区再次对濉河进行治理，总队设在泗县八里桥，施工段上自邢庄下至小韩庄，长35公里。1955年春，治淮委员会第二施工总队对法塘沟至邢庄一段进行疏浚，共组织宿、灵、泗三县民工57 000多人，两月内，完成土方214万多立方米，午收前，该期工程结束。1956年春，淮委第二施工总队又对灵璧浍塘沟至宿县时村段实施疏浚工程，对该河段进行拓宽挖深，培堤改造，直到1964年，虽多次组织宿、灵、泗三县民工对老濉河进行清淤疏浚，但因新濉河治理标准偏低，每逢汛期，萧、濉等地来水迅猛，往往在灵璧、泗县境内漫滩引洪，泗县与泗洪县交界处的重岗山等地百余平方公里面积内来水倾入老濉河，常导致两岸沟口倒灌积涝成灾。1965年夏，连续暴雨使上游洪水占领河槽，并超出地面高度，使下游积水不但得不到排泄，反而造成顶托倒灌，使灵璧、泗县以及宿县苗安、时村等地的部分农作物受淹而绝收。在1965年2月，宿县专区水利部门就根据“苏皖边界水利问题处理意见的报告”编制了“新濉河及老濉河下游改道扩大初步设计及总概算”实行洪涝分治，老濉河与新濉河同时调尾(即老濉河改道工程），将老濉河643平方公里的来水与新濉河分开自成体系。1966年春，新濉河下游调尾入溧河洼，治理后的新濉河，可利用灌溉农田10余万亩。于新濉河北岸小韩庄开引河至洪庄将老濉河改道，成二河三堤状平进入溧河洼。从此，使灵、泗两县的排水条件均得到一定程度的改善。1970冬至1971年春，随着新汴河排涝引洪骨干工程的结束，又对老濉河进行了疏浚培堤，使其输水能力达到三年一遇50％以上的治理标准。近20年中，新、老濉河均未发生较大的险情，沿岸原来怕涝易渍的农田，如今在一般情况下均可获得较好收成。
在对新老濉河治理的同时，也对其主要支流大沙河、利民河、洪河、减河、毛河、蒋河、岱河、龙河、湘西河、斜河、欧河、奎河、拖尾河、过料河、民利河等10余条河道也进行了综合治理。
（一）奎河
奎河发源于江苏省徐州市奎山脚下，北自伊桥流入本区宿县境内，经杨庄、口子门、栏杆、柏山、刁山、时村等地，在草坝汇入濉河为宿县北部的一条主要引洪河道。建国前，奎河河床弯曲狭窄，堤防残破，每逢汛期，上游山洪倾泄，水流湍急，险情丛生。建国后，于1951年和1956年两次对奎河进行分段治理，但标准偏低，河道断面仅达三年一遇排涝标准的35％—40％。从60年代起，上游徐州市的工业废水大量排入奎河，使原来清澈的河水变得乌浊腥臭，鱼虾不生，小草不长，两岸居民的癌症发病率远远高于其他地区，成为本区的一条害河。1985年以来，经与江苏有关部门会商决定，首先解决两岸居民的人畜用水问题，目前正在落实中。
（二）大沙河
大沙河发源于砀山县王寨，在杜桥流入萧县，经马常庄、朱解庄、张楼至瓦子口入岱河，现已改入萧濉新河。大沙河系天然河流，由黄河决口冲刷而成。1974年，按十年一遇标准治理大沙河马常庄至瓦子口段，并把利民沟从董庄桥截流，改道向南经马井至朱解庄入大沙河，主要支流有北湘西河及利民沟上段。大沙河集水面积30 000多平方公里，是本区萧、砀境内的一条重要河流。1973年，在利民沟改道，建马井控制闸一座。在大沙河上建孙庄闸及三座桥。
（三）洪河、减河、洪减河
洪河又名洪沟河，发源于砀山县毛城铺，经河南永城县在何寨西北林场流入萧县，至崔口与减河汇流，以下称洪减河。康熙十九年(1681年），为降低黄河水位，分流黄水，在砀境毛城铺建减水大石闸。乾隆二年（1738年）复修。康熙三十三年（1695年）建闸北石坝，以泄涨水，由坝下入小神湖，而后入洪河。乾隆二十三年（1749年）与嘉庆六年（1802年）各疏浚一次。民国21年（1932年）底至次年春又先后治理了洪河和洪减河。建国后，动员砀、萧两县民工于1954年和1964年两次疏浚洪河。
发源于砀、永边界的减河，又称减水河，历史上为减煞黄水，降低黄河水位，对减河进行了多次治理。减河在毛桥西流入萧境，下游至崔口与洪河汇流，入洪减河。清乾隆二十三年疏浚减河，嘉庆十一年（1807年）再次疏浚。民国22年和民国23年又进行治理。中华人民共和国建立后，在1957年和1965年先后两次对减河进行治理。历史上每逢汛期，永、萧两县常因永城县马沟水入减河泄洪而发生水利纠纷。
洪河与减河在萧县周集汇合后称洪减河，流至萧境刘楼处又入濉溪县境，在忡楼入萧濉新河，1957年按三年一遇标准进行治理，1975年，大搞淮海河网化工程时，将申河、毛河之水汇入洪减河，致使水系紊乱，宣泄不畅。1984年，经省水利厅批准，动员萧县十万民工，疏浚洪减河及减河下游，在22.4公里长的河流上，濉溪境内占7.2公里，完成土方约200万立方米。濉溪县有关区、乡为萧县出境民工提供了施工方便，经此次治理后，改善了萧县境内40多万亩除涝状况。
（四）小黄河，一段称新河。原小黄河两头分水，在灵璧境内，南入港河，北入老濉河，河线迂回曲折，由孟浅向北经吴集转东至诸马、王集，复向北流至杨俭汇入老濉河。集水面积大，地势平缓，由于老濉河中段负担过重，河床淤浅，中道阻塞，汛期积水南下，常泛滥成灾。泗县屏山以北新集，瓦坊一带成为有名的易涝地区，清光绪间曾动议将小黄河改道由新关出口，后因中法战争而搁置。民国5年(1916年）疏浚老濉河，民国22年治理小黄河，但治理都不够彻底。汛期，上游来水占领濉河河槽，小黄河水更难排出，洪涝相仍。为了减轻小黄河流域的洪涝灾害，1952年，国家投资5万元，组织民工治理小黄河，将小黄河改道，由新关入老濉河，名为新建沟。1955年又进行濉河支流的除涝工程，小黄河上起小王集，下至新关进行整修，并将大祁以下来水分别调入孟沟与民利河，排涝条件始有改善。1974年冬，本区泗县进一步调整沟河水系，又将小王集以西的来水调入民利河，小黄河再次改道，扩大治理，新河线穿泗（县）、睢（宁）公路迳直东下新关入老濉河。其刘圩闸以西至周圩成二河三堤形式，达三年一遇的治理标准。
（五）拖尾河
拖尾河源于宿县柏山，经李庄闸、黄泥沟运料河口、浍塘沟口下注入濉河。由于拖尾河上游承低山丘陵来水，又流经老汪湖低洼区，每至汛期水势增长迅速，常在下游灵璧境外，造成泛滥。清乾隆十九年（1754年）春，灵璧知县贡震呈请疏浚河道，奉准后于当年十二月十六日动工，征用民夫8 000余人，自老汪湖湖滨三叉河起，东南至陵子湖约6 000余丈的河段历时4个多月，耗银1 500余两。民国21年（1932年），灵璧县水利工程委员会拟订“拖尾河整治工程计划”，经安徽省建设厅核准，次年动工疏浚河道。1951年5月，在濉河综合治理工程开始后，灵壁县政府组织民工2.49万人，修筑拖尾河（道）堤，上自张桥下至濉河口长16.6公里的河堤加高至3.2米，堤顶加高至4米，共做土方114.5万立方米，时仅一月即告竣，经受往了1954年较大洪水的考验。1955年11月，按照治淮委员会规划设计，投资48万多元，按三年一遇标准，对上自老汪湖小李庄闸，下至浍塘沟入濉河口一段进行疏浚，由治淮委员会第二施工总队组织施工，共动员宿、灵两县民工17 000余人（其中宿县民工9 000人），利用老河道加以疏浚，12月底完工，做土方125万立方米，经多次治理，基本上解决了拖尾河的水患，且有利于老汪湖涝洪区放水，每年可减少受涝面积3.6万亩。
三、新汴河水利工程
隋以前，本区砀山、萧县为古汴水流经之地。古汴水自河南荥阳上承黄河来水，东经虞城夏邑，又经砀山故城北，萧县东南北流，在彭城郡（今徐州）之（南）东北角与泗水会。唐白居易有“汴、泗交流郡城角”诗。隋大业元年(605年)，凿通济渠，使汴水，“别而东南入于淮于是汴水（故道）竭”。通济渠从浚仪（今开封）东，与原汴水故道分途，经陈留、雍邱（今杞县）、宋城（今商丘）、永城、宿州、灵璧、夏邱（今泗县）至清口入淮。唐宋时，经埇桥的汴水为京师至东南的主要槽运要道。经汴水调进的粮食，从初时的20万担，至宋太宗太平兴国达300万担，后又增至800万担。所以（宋史》称“汴河乃建国之本”。后来，宋室南迁，汴河已不为运道所经，逐渐荒于疏浚而淤没。
1966年，为彻底解决本区的行洪排涝问题及保证河南客水的畅通下泄，开始新汴河大型水利工程的综合治理，从而使本区濉河河水和内水高低分排，洪涝分开，消除上下游的治水矛盾，减轻平原地区的内涝灾害。
新汴河主干从宿州市戚岭子截引沱河，向东至祁家北汇老濉河引河，至宿县蒿沟借道北沱河，抵芦湾折向东南，于灵璧县城西穿越泗、永公路，沿界洪新河向东，于岳河口西进入泗县，过徐家岗入江苏泗洪县再折向东南汇入洪泽湖溧河洼。全长135.8公里，本区境内长128.1公里。1966年10月，新汴河开工时，成立工程指挥部统一领导施工，全区九县各建立一个施工总队，专区成立一个直属总队，工程历时5年，先后共动员民工近百万人，于1970年春全面结束，工程艰巨的泗县与泗洪县交界处的徐家岗切岭，在6公里长的工程段上，抽调各县精干民工在此集中施工。为整个新汴河工程的咽喉部位，最大切岭深度达18.5米，新汴河本干工程土方8270多万立方米，影响地区处理工程土方990万立方米，其配套工程和影响本区处理工程共做混凝土92 800多立方米，砌石81 700多立方米，用（桥）钢筋2 460多吨，水泥26 100多吨，木材92 800多立方米，调用铁架人力车80 000多辆，20匹马力柴油拉坡机470部。共投入劳动工日4 788万多个，工程总投资8 220多万元，为建国后本区历史上最大的水利骨干工程。
新汴河作为一条以引洪为主的人工河道，其间无区间汇流入域，两岸筑堤漫滩排水，设计标准采用5年一遇排涝、20年一遇防洪。50年一遇校核，设计流量5年为900立方米／秒，20年为1 460立方米／秒。水深5.1至6米，河底宽115米，堤距，濉河引河口以上350米，濉河口以下约600米。在宿县境内切断的新北沱河上和泗县境内切断的唐河，石梁河上分别建地下涵，与新汴河形成立体交叉泄水，为配合控制利用，本区泗县与泗洪县在交界处建团结闸节制。在宿县东二铺建大刘闸。在灵璧县城西建灵西闸，上述地下涵闸，均按5年一遇排涝、20年一遇校核标准设计。