佛教何时传入萧县已无可考。清康熙《萧县志》记载，九圣寺（原在红亭乡），建于晋惠帝太安年间，至今已有1600年的历史。明正统《彭城志·萧县卷》记载，县内有天门寺、龙寿寺、黄姑庵3座，余77座全废。康熙《萧县志》记载有49庙，同治《萧县志》记载，有35庙。清末废科举，设学堂，开始用庙中房屋办学，未毁泥像。至北伐后，为了方便教学，部分泥像被清除。
民国20年（1931），全县有僧289人，尼43人。25年12月8日，佛教会萧县支会，在城南华祖庙成立，会员125人中，男117人，女8人，其中20岁以下者12人。
1953年，全县有僧75人，尼15人，寺届保持原状的20座，机关占用的8座，学校占用的32座，余皆废。土改时，三分之二的老年僧尼，分得土地均超过当地贫农一倍，年老无力的尼姑，将土地交给娘家代耕，其余则自食其力。马井石佛寺僧化容开中药铺，祖楼二郎庙僧法慧炼膏药卖，耿庄观音庵的7个尼姑，靠织土布及耕种二十亩地，生活超过中农。一般僧尼大都还俗。
本县诸庙，规模较大而又保持较好的，是皇藏峪瑞云寺，始建于梁武帝大同年间（535—546）。初建时规模不大，清顺治八年（1651），经度愚和尚扩建，又经历代续修，寺分前后两院，房九十九间，佛像30余尊，僧40多人，法器齐全，念佛诵经，远近可闻。抗战期间，该寺住持支持游击队抗战，遭日军洗劫。
1959年，县委统战部先后请冬岭和尚和善一和尚等回寺。次年，购置部分佛像、法器及经典。“文革”中，庙碑被砸毁，冬岭和尚自缢身死，经典焚尽。
1983年，县委统战部推荐两名小和尚，赴南京学习。次年，省宗教事务处将瑞云寺列为全省52座重点保护寺院之一，先后拨款8万元修缮，现佛像20尊。行署专拨5000元修接待室。1984年4月，善一和尚为新佛像举行开光仪式，并请30多名僧尼居士参加，观众2000多人。
本县圣泉寺也较有名，寺在凤山北麓，北对白茅岗，东连三台山，风景清幽，寺东有泉虽仅盈勺，但四季不竭，故曰“圣泉”，为往来游人歌吟之所。该寺是金明昌二年（1191）所建，已有近800年的历史，出不少名僧。陈师道有诗，晁补之所作《拱翠堂记》即在此处。