一、城址
秦置砀县时，县城设在芒山西麓，即今河南省永城县东北山城集处。
南北朝宋时，砀县城址在保安镇，即今河南省永城县保安镇。北魏孝昌二年(526)，砀县城治所鲁城(其址查无考)。北齐(555)，安阳县城址在保安山南。
隋开皇十八年(599)，砀山县城址在故下邑城，即今县城东3里毛李庄处。《太平寰宇记》：“今砀山县即古下邑城也。”《江南通志》：“下邑城故城在今砀山城东三里，秦置。”
宋理宗绍定年间(1228—1233)，砀山城圮于河，县治所迁回保安镇。
元宪宗七年(1257)复置砀山县时，县城址迁回毛李庄处。
明嘉靖四十一年(1562)，县城为洪水陷没，迁县治所至小神集(即今县城东南陈寨北门外小神集村)。嘉靖四十四年县城迁回毛李庄处。
明万历二十六年(1598)，县城再次为洪水陷没，知县熊应祥改迁至旧城西3里秦家堂建筑新城(明万历二十八年竣工)，即今县城。县城位于砀山县境的中部稍偏西南，地理座标北纬34°25′，东经116°21′。
二、城垣
明朝正德八年(1513)筑土城。高9.5尺，周围168丈，隍深1丈，城门5个，外护以堤，周长9里多，明嘉靖四十一年(1562)河决城没。明隆庆年间知县王廷卿重筑，城堤高1.8丈，基宽3丈，建5门：东名从龙，西名崇德，北名仰高，南有两门，左名永赖，右名怀保。在永赖门东，怀保门西分别建一水门，以泄城中积涝。万历二十六年(1598)，县城又为水没，知县熊应祥再建新城(即今城)，土城砖堞，高1.5丈，基宽3丈，周长840.2丈。建四门，各有楼。东名景云，西名瑞洛，南名永保，北名企宁。隍深1丈。永保门东西皆有水门，以泄城中积涝。万历末年(1620)，知县蔡一熊改建砖城，修4门楼。明天启二年(1622)知县张兆彰修砀城4门大桥。清康熙三十七年(1698)，知县柴尔皓等捐金修葺，屹然巩固。清乾隆三十八年(1773)，钦差大臣王清廉监修砀城，4门城楼成宫殿式双层楼，每楼四角皆有风铃。清光绪二十九年(1903)，又修砀城和城楼。至建国初期，城墙、城门楼和吊桥相继拆除。城墙旧基建成环城公路。
三、城区
清朝末年，全城区约1.77平方公里。民国35年国民党军队在砀城轮番驻防，将城4关护城河以外的房屋全部拆除，城周围2里内不准有建筑物，城区4关居民离乡背井，逃往外地，城区缩小。新中国成立后，在原县城的基础上，城区逐渐向西南方向延伸，至1985年，城区已扩展到2.8平方公里。