据明、清《砀山县志》记载，砀山多蝗灾。民国15年(1926)、17年、21年及34年，都曾发生蝗虫灾害，群众以人工捕打，驱赶的办法，减轻灾情，建国后蝗灾已绝。
主要农作物病虫害，小麦有黑穗病，麦锈病、线虫病、白粉病、粘虫、麦蚜虫、麦蜘蛛、蛴螬、蝼姑等。大豆有免丝、豆天娥、红蜘蛛、造桥虫、豆荚螟等。玉米有黑穗病、轮纹斑病、玉米螟等。水稻有稻温病、稻螟虫、稻飞虱、稻包虫等。红芋有黑斑病、根腐病、斜纹夜娥等。棉花有炭疽病、立枯病、红叶茎枯病、黄萎病、枯萎病、棉蚜虫、红蜘蛛、蓟马、棉铃虫、地老虎、盲椿象等。
建国后，人民政府一直重视农作物保护工作。50年代，就配有植保人员，并提出“土洋结合、全面防治”的植保方针。70年代，县成立植保站，具体负责植检、植保及病虫测报等，坚持以“预防为主，综合防治”的方针。
农作物病虫害防治方法主要有人工防治和药物防治。人工防治：有翻地拾虫、田间捉虫，用盐水、泥水选种和温水浸种防病，焚烧作物秸秆灭杀病虫。1955年推广红芋温床育苗、二次高剪苗，防治黑斑病。1956年推广中耕提高地温，防治棉花立枯病。1963年后，采用作物轮作法，防治棉花枯萎病。用插杨柳枝、草把诱捕害虫。70年代，使用黑光灯诱杀害虫。药物防治：其方法有药物拌种、撒放毒饵、叶茎喷撒药液等。50年代，是以人工防治为主，药物防治为辅，使用的农药有“六六六”、“滴滴涕”、“西力生”、“赛力散”等。1956年，推广有机磷农药“1605”、“1059”。60年代，农药用量逐渐增多，以“1605”、“1059”、“3911”为主，后期推广“敌百虫”、“乐果”。70年代后，推广“辛硫磷”、“乙酰甲胺磷”、“氧化乐果”、“杀虫眯”。1980年后，推广有机氯农药“呋喃丹”。1982年推广“拟除虫菊脂”。1983年普遍使用“敌杀死”、“速灭杀丁”、“杀灭菊脂”。其后，又推广“多菌灵”、“托布津”、“乙磷铅”等。
1972年至1979年，县供销社文庄科研站，进行生物防治的研究，用瓢虫、草青蛉、蚂蜂灭棉蚜虫、棉铃虫获得成功。1976年，唐寨公社在12000亩棉田采取以生物防治为主的综合防治措施，效果较好，节省农药及药械开支达6万元，。1977年，此法推广到宿县地区各兄弟县，后因自然条件的制约等原由而终止。