一、传染病防治
建市后，阜阳市卫生防疫站担负起传染病预防治疗工作。1976—1981年共接种牛痘苗3.25万人次，1982年在两区一乡建立计划免疫接种一人一卡制度，1983年在全市普遍实行。1985年规定新生儿必须进行卡介苗接种，没有接种证不办理入户、入托、入学手续，同时开展计划免疫门诊。为掌握免疫质量，12月在育红幼儿园和东方红小学做锡克氏试验190人，免疫成功率达99.47%。1986年对全市15000名7岁以下儿童建立计划接种卡，对市区不同年龄组儿童425人进行了锡克氏试验。
对传染病防治工作，市政府极为重视。1983年出血热发病33例。从1984年起，由于贯彻了早预防、早诊断、早治疗、就地治疗的方针，大抓春季灭鼠工作，发病者无一例死亡。建市后，市区家庭养狗逐渐增多，1981年发生1例狂犬病，引起政府重视，以公安部门为主成立26个打狗队，灭狗900余条，同时加强了狗咬伤者的血清注射工作，狂犬病从此再未发生。1985年市卫生防疫站在人员少、设备缺乏的困难条件下，完成胸透15050人，发现肺结核19人，由于及时治疗，完全控制了疫情的发展。
二、地方病防治
市区常见地方病包括疟疾病、血丝虫病、布氏杆菌病、肝吸虫病、单纯性甲状腺肿、氟病和头癣等。
1977年全市共有疟疾病人13579例，发病率9.7%，年初阜阳市参加十市疟防协作。1978年普查头癣病，发现14例，进行治疗。开始实行乙胺嘧喧盐(简称乙盐)疟疾流行季节全民预防服药，此项活动进行了2年，使发病率降至1.4%和1.30%；1979年复查头癣病，全部治愈。1980年鉴于乙盐的副作用停止乙盐预防服药活动。1981年开展疟疾休止期根治，全部用氯伯(氯喹、伯氨喹啉)8日法。由于市委、市政府的重视，进行了大量宣传活动。当时流传最广的民谣说：疟疾蚊子传，吃药不要钱，八天八次药，根治永不犯。1982年完成休止期根治8885人，采用乙伯(乙胺嘧喧，伯氨喹啉)疗法，这年发病率降至0.65%。1983年继续氯伯疗法发病率进一步降低至0.16%。9—11月在郊区进行肝吸虫抗原皮内试验，阳性率1.63%。1984年11月在郊区进行丝虫调查，阳性率4.73%，对患者进行治疗。对肉联厂、牛羊加工厂、制革厂等10个单位从业人员进行布氏杆菌健康带菌调查，阳性率2.6%。1985年对市区蚊虫的调研有成果：市区蚊虫一共有4个属8个种，即按蚊属的中华按蚊、章蚊属的淡色章蚊、致乏章蚊、三带喙章蚊、二带喙章蚊、迷走章蚊；伊蚊属的刺优伊蚊，阿蚊属的骚扰阿蚊。上半年首次开展地甲病调查，发病率1.09%。对郊区111个自然村5774人进行的氯牙调查结果令人吃惊：发病率为92.3%；而市区的发病率稍低为81.2%，1986年贯彻“一预防、二根治、大力灭蚊”的综合措施，全年疟疾发病仅18人并于同年全部根治。
1977年建立防疫站时检验器材只有2台旧显微镜，至1981年已增加电热干燥箱、电热恒温水温箱、721和851分光光度计各1台，冰箱2个，显微镜3架及立式高压消毒器等。1986年又添置了分析天平等设备，对提高防疫质量，起了很大作用。
三、食品卫生
建市前，对市场上的食品卫生管理工作仅限于检查外观，对出售明显腐烂变质食品的行为进行处理。建市后的1979年、1980年和1981年对各种食品进行严格的检查，发现食品合格率都在30%以下。1982年组织了卫生大检查27次，在对食品抽样检验的同时，对从业人员进行体检，采取对患传染病的从业人员调离岗位和罚款的措施。同月发生2起食物中毒事件。第一起进食139人，发病78人。由于上报时间晚，未作鉴定。第二起进食6人，6人中毒，2人死亡。鉴定结果为亚硝酸盐中毒。1983年5月定为《食品卫生法》宣传月，举办学习班，结合防治“二号病”，大抓“三管一灭”工作；同月组织食品卫生大检查，停业整顿34家。奖励先进46家，罚款105家。同年有187个生产经营食品的单位和个人改变卫生面貌，建立合乎卫生要求的新型车间6个。这年食品采样合格率上升到42%。1984年5月对食品从业人员进行健康检查，冷饮车间被评为省先进单位。同时阜阳肉联厂出售隔夜变质卤肉，造成55人食物中毒。经过调查，罚款并赔偿医药费和误工费。全年共有22家单位和115家个体户被罚款。有53个体户被责令整顿。11月发放食品卫生许可证。1985年5月对食品从业人员进行健康检查，查出各类传染病患者198人，其中患肝炎者155人。7月29日在人民广场公开销毁一批腐败变质食品，计有酒类2461瓶，病死猪822公斤，软管饮料1335管，变质罐头213瓶，霉变糕点849袋，酸败糖果292袋，奶粉87袋，麦乳精146听。全年对各种违反食品卫生法规的生产经营者停业整顿141家，限制改进7家，罚款4000余元。食品卫生合格率上升到74.6%。同年对74家国营生产经营单位全部核证，集体核证240家，个人核证750家。对全市食品行业4300名从业人员进行体检。全年对食品行业给予警告处理110家次，个体户611个摊点。没收销毁食品6362斤。责令停业整顿单位50个，个体90户。罚款单位24家，个体63户，全年对食品进行卫生监测，合格率达72%。
四、公共卫生
1979年在东城小学对学生进行肠道寄生虫调查，其阳性率达42%，同时对患儿服药治疗。1981年审批了全市从事有毒、害工种作业的2230人的保健食品申请，对全市从事高温作业的1298人进行健康体检，个别职工调换了工种。1982年通过调查摸清全市接触尘、毒等危害工种2530人，分属55个工厂企业。市无线电厂电镀车间氰化物污染严重，建议改革工艺，增加通风和个人防护。市医疗器械厂自行车抛光车间粉尘浓度超过国家标准150倍，建议停产改进，1983年市属62个全民集体企业建立一厂一卡制。审批了接触尘毒危害工种2026人的保健食品；通过对矽尘作业工龄4年以上的工人进行体检，发现12例肺部病变，21例为观察对象。港口搬运大队7月卸呋喃丹农药，发生中毒10例。同年9月对5所中学、4所小学7—17岁的学生进行体检，结果表明在身高、体重、胸围和坐高等4项指标方面市区青少年发育状况与国内报道基本一致。1977年—1983年间选择了21项指标，对市区浅层地下水质进行调查，发现浅层地下水的总硬度、铅、氯化物、细菌总数和大肠菌群五项指标超标，碘低于标准。说明市区浅层地下水受工业废水的污染。浅层水含碘量少是地甲病发病多的原因。1984年对23个企业接触铅、汞、苯、氟化物的170人体检，发现尿铅升高6人，白血球下降16人。对市内各医院(重点是市医院)进行医院污水的化验分析，发现总细菌、寄生虫卵、余氯、虫卵死亡率均超过国家排放标准。进行了从事X射线工作的18名职工体检工作，发现白血球偏低5人。1985年进行颍、泉河水质污染调查，发现化学耗氧量和姚氏指数超标，并在七里河逐渐升高。说明颍河、泉河的污染已经相当严重。同年抽调专科医生对10所小学和6所中学的1000余人体检，发现视力减低较突出。单眼视力达不到1.0者比率随年级升高呈上升趋势，平均视力减退者的比率达18.30%，砂眼感染也较严重，占20.5%。个别学校还出现了多年未见的疥疮。驱虫药的定期服用工作也在这一年进行，其服药率达97%，受到各方面的好评。5月市政府拟定《阜阳市公共场所管理暂行规定》，市卫生防疫站制定具体要求。6月对全市服务行业职工进行健康检查，颁发健康证并建立档案。1986年对31个从事高温、铅、汞和氰化物的单位1876名职工审批享受保健食品的资格；对17名从事X射线工作的职工体检，发现白血球减少、血小板减少、晶状体混浊共12人；对双河、东方红、文峰3个小学2233名小学生进行龋齿调查，患病1036人，占46.3%。五、爱国卫生运动
1977年10月14日经阜阳市革命委员会批准，成立阜阳城爱国卫生运动委员会，下设办公室，属卫生局二级机构。1981年经阜阳市政府批准，成立阜阳市爱国卫生运动委员会，下设办公室。常年开展以防病为中心的群众性爱国卫生运动，每年重要节日前，在全市开展卫生突击月、卫生突击周活动。发动群众大搞室内外环境卫生、粉刷墙壁、清除垃圾、填平坑洼、疏通下水道、铲除蚊蝇孳生地，开展改良水井、锅灶、改建厕所、灭鼠、灭疯狗等项活动。具体工作配合城建局、环境保护办公室、卫生防疫站等单位开展，爱委会及时组织检查和抽查工作。对卫生搞得好的单位通报表扬，对卫生搞得差的单位除限期改进外，还要罚款处理。1985年，阜阳市被省政府授予全省卫生检查第二名。