本区自然植被属皖南山地丘陵植被区和安庆、贵池沿江湖泊圩植被区。地带性代表植被常绿阔叶林。除牯牛降保存良好外，其余均受到严重破坏，代表性残存类型树种有苦槠、甜槠与栓皮栎。分布较大面积次生常绿阔叶与落叶阔叶混交林，有人工杉木林、马尾松林、竹林和杉、松、竹等混交林。人工植被以茶叶、油菜、玉米、水稻、小麦、油菜、绿肥等栽培面积最广。
区境海拨1000米以上山地，植被垂直分布现象明显，自山麓至山顶植被类型依次出现常绿阔叶林、常绿落叶阔叶混交林，落叶阔叶林、山地矮林、山地灌丛、山地草甸。
（一）沿江湖泊圩区植被片
主要类型有垂柳、旱柳、水杉、池杉、枫杨、樟树、桤木、大叶铎和眼子菜、苦菜等；人工植被以水稻、小麦、油菜、绿肥为主；经济林有茶、油菜、油桐、棕榈等。农户普遍放养芡实、菱、莲等水性植物。
（二）牯牛降——九华山植被片
此处植被片地貌类型多样，海拔差异明显，水平方向和垂直方向植被都有明显差异。北部地区有望春花、覆盆子、桂皮、海金沙、草莓、无南星、蒲公英、明党参、七叶一枝花、鱼星草、芦根等。各贵药材有黄精、吴芎、绞股兰等。草场、草坡、草山较多，荒草地面积近200万亩。牧草大部是禾木科，豆科草本较少。较大草场一般分布在海拔600米左右的低山区，村庄附近、沟岸边、江湖滩地有零星草地。
东部地区以青冈栎、苦槠为主，并有甜栎、石栎等构成常绿阔叶林；南部地区以木荷为主，伴生甜槠、青冈栎、苦槠、石栎等常绿阔叶林树种；西部以马尾松、杉木为主，还有毛竹林和灌丛。海拔在1000米以上还分布黄山松。
人工植被主要有水稻、小麦、玉米、大豆、山芋等；经济作物有油菜、花生、芝麻、棉花、烟叶等；果树有梨、桃、枣、石榴、枇杷、柿等。