（一）自然生态失调状况
民国初期，全区自然生态保护较好。抗日战争中，日军烧杀抢掠，生态受到一定程度的破坏。建国后，随着社会事业的发展，工业的蓬勃兴起，先进设备的广泛使用，以及违背自然规律的人为强制手段，使部分地区的生态环境发生畸形变化，生态失调现象严重。1958年“大跃进”中，各县由山区掀起砍伐森林“放卫星”，使很多山场被全面垦复，大面积森林被成片砍伐，烧山垦种作物，使植被机能破坏。“文化大革命”中，盲目号召“林农、茶农不吃商品粮”，大面积毁林开荒，改河造田，导致水冲砂压剧增，水土流失严重。森林砍伐后虽然再植树，但有效森林覆盖率逐年减少，水土涵养能量差。全区局部山区已达上中度以上侵蚀强度，侵蚀模数为3000至5000吨/平方千米。东至县愚公、红旗水库库区山林，因大面积砍伐，山洪暴发时，沙石俱下，水库淤积，库容量减少泄洪量急而大，造成下游河床提高，两岸土地被沙石埋没，形成卵石滩。水库下游平原乡大源村被洪水冲毁农田200多亩。青阳县60年代初于青通河、七星河汇合处的湖泊滩涂地围圩造田1.4万亩，缩小了下游水域，使七星河入口变窄，导致上游洪水为害，木镇十年九涝。据石台县水文部门统计，1980年秋浦河泥砂侵蚀模数达151/吨平方公里，比1956年侵蚀模数3.57吨/平方公里增加了41.32倍，全县水土流失面积179平方公里，占该县总面积的12.73％。
全区沿江市、县江堤崩塌也很严重。大渡口地区杨套江岸，自清光绪二十七年（1901）至1974年74年间，江岸崩塌宽度3255米，长8000米，平均年崩塌率44米，1.7万亩良田淹没于大江之中。山区、丘陵、湖泊、圩堤、洲渚都占有一定比例。由于山区盲目砍伐森林，采掘矿物，湖区灭绝性的捕捞，农药、化肥的施用，工业“三废”的任意排放等人为因素，致使动植物，矿物资源遭破坏，水体污染，土壤板结、退化，环境受到很大影响，一些珍稀水禽鸟类、鱼类等野生动物资源及野生植物资源逐渐减少，甚至濒临灭绝。
（二）自然生态保护纪略
80年代开始，全区深入贯彻宣传《环境保护法》，开展植树造林、封山育林和爱鸟周活动。严禁毁林开荒，禁止滥施药物捕捞，禁止无组织、无计划开采矿藏。同时，相继建立牯牛降自然保护区，升金湖水禽自然保护区及南阳林场森林公园。行署环保部门参与了长江白鳍豚调查等专项活动。各市、县环保部门组织人员深入山区，与当地政府配合宣传保护珍稀动物的重要意义，对非法收购、捕猎国家保护动物的售货员进行教育，并视其情节进行处理。1986年，东至县将进入山区非法收购的一部分蛇类查获没收后放回山林。东流大河闸内河口渔民捕获一只长1米的小江豚，经协商后放回江中。东流水产站收购一条活黄鱼（中华鲟）长264厘米，重150公斤，属国家二类保护动物，与水产部门协商后，放回长江。青阳县环保部门及时查处乱捕猕猴、猫头鹰和药死扬子鳄事件。1989年，配合林业部门将捕获的二类保护动物短尾猴和大鲵（娃娃鱼）放回大自然。
各市、县实施退垦还林、返田还湖工程治理水土流失。青阳县将童埠圩7000余亩水面退田还湖，从事水产养殖。东至县将茶园改为台阶式，人工育林改为梯带法，至1990年共封山育林110万余亩，退垦还林10万余亩，全县林地达132万亩，森林覆盖率上升到29.8％。石台县80年代后，兴建谷坊，控制水土流失，退垦还林25平方公里，筑挡土坝251道，挖鱼鳞坑4万只，共治理水土流失面积74平方公里。贵池市、东至县对沿江险段的江堤崩塌施行护岸保滩工程，至1990年，国家共投资118万元，经测图分析，白沙州、杨套段崩窝已基本缓和。
（三）自然生态保护区
牯牛降国家级保护区位于石台县占大镇、大演乡与祁门县接壤处。总面积100725亩，石台县境内505334亩，1982年，国务院批准为全国274处森林和野生动植物自然保护区之一。设立了专门机构，配备专职人员和必要设备，负责保护区内动植物保护、护林防火等事宜。山脊呈75度方向延伸，主峰牯牛降海拔1728米。保护区内保存的大面积仍中亚热带常阔叶林和珍稀动植物资源，被称为“华东植物和物种的宝库”。有国家一、二、三类保护野生动物种类。野生植物88科，237属，1000余种。
升金湖水禽自然保护区位于贵池市与东至县接壤处，地跨13个乡，46个行政村，总面积15万亩，水面积18万亩。夏季正常水深2.5米，可常年通航。整个水域面积东至县占77.7％，贵池市占22.3％。湖内水产资源丰富，有“日产升金”之美称。经考察有鱼类61种。最高年产鲜鱼300万余公斤。水禽资源颇具特色，有鸟类52种，其中候鸟19种，候鸟中国家保护的13种。湖内水湿生物及沼泽植物颇多，加上虾类、鱼类、软体动物和水生昆虫，为赶冬的候鸟提供了栖息条件。1984年安徽省人民政府批准建立升金湖水禽自然保护区，配备专职人员和器具，负责管理保护湖区内水禽，严禁非法捕涝和狩猎。