民国初，北洋军阀政府设省、县两级，后实行省、道、县三级体制。时，东流、建德两县知县改称为知事，各设知事1人和相应的佐治人员。内置民事、财政、实业等课和劝学所，后又增设司法、警务课，县知事兼课长，总揽全县大权。民国13年（1924）后废劝学所，设教育局，督理全县小学堂和私塾；设有钱粮两楹和粮架房，负责田赋征收和钱粮保管。民国16年2月，国民革命军第六军兼江右军总指挥程潜率领的部队攻占秋浦县城，国民革命军第三军攻占东流县城，帮助两县废除旧县署，改建国共合作的新政府，指派了县长，县级行政机构始称县政府，知事称县长。内设民政科、财政科、教育科、建设科、警察局等机构，并成立各种民众组织。
民国27年，日军侵占东流。东流具政府迁至青峰岭、石湖、迭山等地。全境12个乡有8个乡沦入敌手。民国29年（1940），日军第一次侵占至德县城（注：日军占领至德县不久，即被国民党军队击退。31年再次占领，直至日本投降），县政府迁往金家村，后移苏村畈，直到34年8月日军投降后才迁回县城。此间，两县县政府设县长1人，秘书1人，会计室主任1人和民政、财政、教育、建设、军事等主管科，各配科长1人。此后经过多次变动，到38年春，县政府设有秘书室、统计室、合作室、人事室、民政科、财政科、建设科、军事科、社会科、司法处、军法处、田粮处、税捐征收处和警察局；县属机构和民众组织有县银行、县卫生院、邮政局、电信局、财务委员会、电话管理处、无线电台、防空哨、军事合作站、县商会、农会、教育会、救济委员会、妇女会、总工会、渔会等。从民国元年到38年4月解放，两县共计县长48任。
中华民国时期东流、至德两县历任县长（知事）名单