巢湖是我国著名的五大淡水湖泊之一，属长江下游左岸水系，入湖河流约26条，湖水流向由西而东，由巢湖闸经裕溪河注入长江。流域面积12938平方公里。其中，汇入巢湖的集流面积9130平方公里。年平均径流量约35亿立方米。
由于上游各主要河流水土严重流失，在巢湖闸以上来水面积9130平方公里上，森林覆盖率一般不到7％。据南京地理研究所1986年测绘巢湖盆地形图与1962年（同水位）湖盆形态特征值对比资料及省环保厅初步匡算，巢湖泥沙淤积量平均每年在200万吨左右，大部分湖区已淤成浅滩。由于湖底逐年抬高，又仅有裕溪河唯一的通江水道，每遇大水年份，沿湖下游圩区常泛滥成灾。
建国以前，巢湖只是自然调节巢湖径流和长江之水。汛期时，江水倒灌，水位上涨；汛后，湖水入江，水位下落，岁岁如此。
建国以后，巢湖人民为了有效地控制巢湖，使巢湖更好地为人类服务，对巢湖进行了多次治理。1959年10月至1962年12月，在巢湖湖口修建了巢湖闸，控制了巢湖径流。1966年10月至1967年5月在裕溪河入江口建裕溪闸，防止了江水倒灌。1971年冬至1972年春，又整治了裕溪河，提高了泄洪、引灌和航运的能力。从1951年起，沿湖各区乡相继修建机电排灌站，到1985年止，已建机电排灌站491处，装机10多万千瓦，排灌面积约200万亩。为了解决巢湖洪水出路和引江水灌溉，从1986年开始兴建巢湖流域“两河一站”工程，即开挖巢湖牛屯河分洪道，分洪流量455—700立方米／秒；整治西河小断面工程，底宽30米；兴建凤凰颈排灌站工程，排洪流量240立方米／秒，引江灌溉流量200立方米／秒。通过综合治理，巢湖入江通道增为三条，其中裕溪河、牛屯河两路为自排，凤凰颈为机排。在干旱年份，可通过凤凰颈排灌站引江济湖，解决了沿湖周围数百万亩农田的灌溉水源。