一、辛亥革命皖军
清末，武昌爆发革命起义，皖省各地纷纷响应，举义独立，成立军政府，建立民军。宣统三年九月十五日（1911年11月5日），张汇滔、王庆云、袁家声、张纶等人领导寿州民团起义，宣布寿州独立。起义成功后，将起义军改为淮上国民军（简称淮上军），推举王庆云为总司令，张汇滔、张纶、袁家声为副总司令，张汇滔兼参谋长，郭行键为参军。全军编为13个军统，计步兵营18个，马队营1个，炮营2个，人数迅速发展到2.5万人。兵分4路向泗县、庐州、六安、颍州等地出击，后改编为北伐军第四师。师长孙。辖第七、八2旅，袁家声为第七旅旅长，张汇滔为第八旅旅长（后改为混成旅）。九月十八日（11月8日），在革命党推动下，安徽宣布独立。十月八日（11月28日），皖省维持统一机关处以陆军小学堂、测绘学堂和尚志学堂学生为基础，组成青年军，维持省城安庆秩序。青年军分编为皖南、皖西、皖北3个大队，约500余人。九月十九日（11月9日），庐州在孙万乘领导下，袁斗枢团练举行起义，宣布独立，成立庐州军政分府，同时成立革命党北伐军，编成2个旅，委袁斗枢为第一旅旅长，刘文明为第二旅旅长。计步兵营8个，卫兵营1个，炮兵营1个，骑兵连1个，枕戈待旦，准备北伐。九月二十日（11月10日），芜湖在吴谷、吴振黄、刘醒吾等人领导下，将清军巡防营分化瓦解和争取过来，举行起义，宣布独立，成立皖南军政分府。独立后，将清军驻皖南巡防营4个营改编为皖南国民军。第一营驻芜湖，第二营驻当涂，第三营驻宣城，第四营驻广德。刘醒吾为皖南国民军总司令。九月二十七日（11月17日），颍州在程恩普领导下，率团练举行起义，宣布独立。起义成功后，成立淮北国民军，公举程恩普为淮北国民军军统，宁隽为副军统，吕济川为参谋长。十月四日，与淮上军会师，分军光复太和、涡阳、蒙城等地。民国元年（1912年）2、3月间，安徽都督孙毓筠在第一军军长柏文蔚协助下，统一了安徽军、政，将庐州北伐军2个旅调往芜湖，将原皖南国民军编为1个旅，命刘醒吾为旅长，继而将3个旅合编为第二师（后改番号为陆军第十五师），师长由孙万乘担任。驻省城各营及原北伐队编为1个混成旅，命胡万泰为旅长。在统一安徽军政时，惟率浔军占领大通的黎宗岳，拒不撤销军政分府。3月21日，柏文蔚率军以武力解散大通军政分府，将黎宗岳所统之浔军约3000人，收编为一个混成旅，委胡聘臣为旅长。5月，柏文蔚署理安徽都督后，仍兼领第一军军长，因袁世凯对其收买遭拒绝，即诬之为拥兵自重，迫其裁兵。柏文蔚被迫通电解散第一军，把驻临淮关的第四师（原淮上军）并一个旅划为安徽地方部队，全省共有2个师又2个旅，计38600余人。12月，袁世凯又以安徽财政收支情况只能编为一师一旅为借口，派郑汝成到安徽监督裁军。柏文蔚迫于当时形势和财政支绌，即再行裁军，将第四师混成旅张汇滔部裁减，余部编为屯垦团。驻芜湖孙万乘之第十五师，缩编为1个旅，与第四师特种兵及省城混成旅合编为安徽陆军第一师，辖2个旅，柏文蔚自兼师长（民国2年3月由胡万泰升任）。第一旅旅长为胡万泰（民国2年3月由顾琢塘升任），第二旅旅长为龚振鹏。时共裁兵12000余人。裁兵后，全省只剩1师1旅，计26100余人。民国2年7月，第二次革命爆发，柏文蔚任安徽讨袁军总司令，组织北伐军举行北伐，将原淮上军旧部屯垦团扩编为2个支队，张汇滔为淮上讨袁军前敌总司令兼第一支队长，袁家声为淮上讨袁军前敌指挥兼第二支队长，驻正阳、寿县、凤台等地。安徽陆军第一师第一旅驻安庆，第二旅驻芜湖，并各派一部驻合肥、寿县。8月7日，二次革命失败。8日，倪嗣冲率武卫右军进占安庆，第一师被解散，淮上军被镇压遣散。
辛亥革命时，皖省陆军编制，大体仍沿清军之旧，依光绪三十年（1904年）清廷练兵处所订营制，略变其编制，改镇、协、标、营、哨、队、棚为师、旅、团、营、连、排、班，人数无变动。全师编：步兵2个旅，1个旅辖2个团，1个团辖3个营，1个营辖4个连，1个连辖3个排；另每团编1个机关枪连，1个连辖3个排。骑兵1个团，1个团辖4个连，1个连辖4个排；炮兵1个团，1个团辖3个营，1个营辖3个连，1个连辖3个排；工兵1个营，1个营辖3个连，1个连辖3个排；辎重兵1个营，1个营辖3个连，1个连辖3个排。1个师约1.2万人。
师、旅部编制为：

团、营部编制为：

连编制为：

二、北洋军
【安武军】
民国2年（1913年）8月，倪嗣冲武力统一安徽全省后，袁世凯任命其为安徽省都督，原所率武卫右军便成为安徽省军。共步队15营，马队1营，炮队2队。袁世凯取消都督制后，特任命倪嗣冲为安武上将军督理安徽军务，武卫右军的番号，即于4年3月取消，改为安武军。始编为6路，后扩编2路，共8路40营，分驻皖南、皖北各要隘防地。8路统领为：马联甲，李传业，高辛初，王普，倪香圃，邱茂萱，戎彭成，石忠玉等。民国6年10月，段祺瑞为统一军制，特派陆军次长徐树铮衔命蚌埠，劝说倪嗣冲取消安武军番号，改为陆军制。倪嗣冲开始反对改编，后经徐树铮几次往返磋商，并许诺给予军械补充，倪嗣冲始同意将8路安武军，按照陆军章制改编为5个混成旅。第一混成旅旅长马联甲（民国7年）、倪朝荣（11年）、杨士荣（14年）；第二混成旅旅长李传业（民国7年）、马祥斌（12年）；第三混成旅旅长王普（民国7年）；第四混成旅旅长高世读（民国7年）、刘凤图（14年）；第五混成旅旅长史俊玉（民国7年）、华毓庵（14年）。民国11年10月，马联甲得江苏省督军齐燮元之助，由旅长升任督理安徽军务善后事宜，齐燮元遂荐田锦章为皖军参谋长，马联甲招募一个补充旅，任命田锦章为旅长。民国13年6月，改补充旅为中央第二十九混成旅。是年11月，驱马联甲后，各旅兵员招足十成，第五混成旅又增补1个营和3个独立连，宪兵亦补充为3个大队（原仅1个连），致使军费猛增。12月，王揖唐继任安徽省长兼督办安徽军务善后事宜时，锐意统一财政，主张裁兵，提议恢复兵员八成制，裁第五混成旅之补充营及独立连和宪兵3个大队，但王揖唐手中无实兵，计划未能实行。民国14年7月，吴炳湘为安徽省长兼任督办，将补充旅裁撤，以其第一团编属第一混成旅，第二团编属第三混成旅。陈调元任安徽总司令后，于民国15年初，以孙殿英匪众陷亳县，安武军第五混成旅防守不力为由，杀旅长华毓庵，解散第五混成旅；借高世读继任省长离任部队之机，改编第四混成旅，委其亲信刘凤图为旅长；接着改编马联甲旧部第一混成旅，任本派将领毕化东为旅长。至此安武军仅剩第二混成旅旅长马祥斌，第三混成旅旅长王普得保原状。及国民革命军入皖，皖军各部易帜编为“北路军”，任陈调元为总指挥，随军北伐。刘凤图因对陈调元倒戈易帜不满，托词养病，弃职赴沪，所遗第四混成旅之第一团及第一混成旅各部编入马祥斌独立第五师。至此，安武军体系全部瓦解。
袁世凯当国及北洋政府期间，中央及各省军队虽皆为私人军队，但都托名国军和省军，惟倪嗣冲所部安武军不同，则为彰明较著的私人军队，其编制任意为之。各营人数多寡不一，官阶及其升调任免，皆自由定易，中央陆军部不得过问。全部官兵究竟多少，枪支若干，外人不仅鲜有知者，即身在其中之人，亦莫明真相。当时各级军官滥报冒名，空缺吞饷，已成为公开的秘密，即使倪嗣冲本人亦无从查得实数。仅据马联甲督理安徽之《同官录》记载，安武军混成旅编制概为：每旅辖2个团，每团辖3个营，每营辖4个连，每连辖3个排；每连约160人。吴炳湘督皖期间，安武军总人数约1.8万人。
混成旅实编为：

【新安武军】
民国5年（1916年），张勋督理安徽军务，其所率定武军全部入皖，成为皖军，共8路，60营，约2万余人。8路统领为：第一路张文生，第二路殷恭先，第三路萧宝林，第四路钱广汉，第五路陈德修，第六路康得胜，第七路李辅庭，第八路不详，马队尹风山。民国6年秋，张勋复辟之役终结，段祺瑞任内阁总理，命倪嗣冲办理定武军之善后事宜。倪将定武军改编为新安武军，保荐张文生为新安武军司令。张文生率第一路驻徐州，其他各路仍驻安徽蚌、颍、寿一带，尚有兵40营，号称万余人。民国初年，安徽虽经2次革命，但军费负担不重。安武军人皖，以其概数计之，皖省负担亦较他省为轻。定武军人皖，驻兵额增多，安徽人民需负担双重军费。民国9年秋，倪嗣冲因病辞职，张文生继任安徽军务督办，因其以新安武军为后盾，仍继续维持新安武军局面。民国11年10月，安徽第一混成旅旅长马联甲将张文生排挤去职后，升任督理安徽军务善后事宜，因得苏督齐燮元之援助，恃其为靠，毅然下令将新安武军40营裁撤，选其精锐补充安武军各部，余者遣散。民国12年4月18日，宣告裁减完毕，每年减少经费数百万，至此“辫子兵”始告结束。
定武军与安武军同样，系彰明较著的私人军队，其编制皆任意为之，确切的编制和员额，史无记载。民国3年，张勋统帅定武军时，陆军总长段祺瑞派员赴徐州说服张勋，将定武军改为陆军制，取消定武军番号，官兵一律剪除发辫，张勋坚决拒绝。段祺瑞请示于袁世凯，袁世凯托词张勋乃一武夫，憨直顽固，不宜操之过急，容徐谋图之。段祺瑞见袁世凯对张勋偏袒，无可奈何，因而定武军未按陆军章制改编，仍沿旧制。民国6年，倪嗣冲接收定武军后，只易名为新安武军，对其建制未加整顿改编，听其自然崎异，为当时国内的一支特殊军队。其编制以营为单位，每营5哨，每哨9棚，每棚头目1名，士兵12名，全营约500余人。
【清乡团】
民国2年（1913年）7月，倪嗣冲主皖后，为镇压人民反抗，巩固其在安徽的统治地位，在全省到处设立警察、侦缉、清乡机构，防范进步力量，任意残害人民。倪嗣冲以安徽清乡督办名义，在全省各县设立清乡团。团长由各县知事担任，拥有1—2营武装。其武器、弹药、军饷等，均由各县自理。清乡团权力极大，祸害人民极甚，其捕杀人民，只需一纸公文，即便枭首示众，也仅签送清乡督办公署办理即可。
【国民军】
民国13年（1924年），第二次直奉战争中，陆军第三军总司令冯玉祥发动北京政变，推翻直系军阀政府，改所部为国民军。安徽陆军第四混成旅旅长高世读和第一混成旅旅长倪朝荣于11月初在蚌埠响应独立，反对安徽军务督理马联甲依附直系，宣告拥护段祺瑞，组织国民军，高世读任总司令，倪朝荣、程文源任副司令。已免职的第二混成旅旅长李传业又发动旧部在寿县组织国民军第四军，刘亮章在肥西官亭组织大刀会会徒成立国民军第五军。安徽国民军成立后，积极进行反对直系军阀的斗争，拆毁津浦铁路东葛段，阻止苏军北上援助吴佩孚。11月16日马联甲弃职离皖，由王普继任安徽军务督理及省长。11月底，段祺瑞就任北京临时政府执政，委王揖唐为安徽省省长兼办安徽军务。次年1月，安徽国民军解体，部队复归旧状。
三、国民党军
【保安团队】
民国17年（1928年）4月，遵照中央规定，拟于省成立警卫团，于县成立人民自卫团。省因经费、枪械和人员不济，警卫团仅成立2营。县亦以情形各异，人民自卫团有成立者，也有未成立者，成立的县分，编制亦不一致。后来保安团队的产生，即胚胎于此。民国19年3月，根据中央指示，拟于省成立一警备师，饬县筹款，并派员赴上海购买枪械。惟仍以人枪不足，仅成立警备第一团，及第二团之2营与1特务大队。是年冬，全部去鲁改编。民国21年，按照豫、鄂、皖3省剿匪总司令部颁发的《民团整理条例》的规定，将各县庞杂之警备队、商团、民团等一切有供给的部队，一律改为保安队，由县指挥，将警备第二旅改编为保安第一团（陈调元主皖时，驻有警备第一、二旅及1特务营，民国19年冬，陈调元离皖时，第一警备旅随之而去，仅有第二旅及1特务营尚留安徽省），将特务营改编为特务大队，另从怀远、定远、寿县等自卫团，抽调若干精干，成立保安第二团。民国23年秋，中央军事委员会南昌行营颁布《各省保安制度改进大纲》，省奉命于11月开始实行。是年冬，将县保安队改编为团，由区保安司令部指挥调遣。在统一于区时，共成立保安团9个，独立大队16个，独立中队8个，迫击炮中队1个，特务中队1个。民国24年7月，将区保安团统一于省，成立保安团10个，独立大队2个，连同原有第一、二团及1特务大队，共有团12个，独立大队2个，特务大队1个。时官佐1065人，士兵16695人，共17760人。民国25年，中央为实施警察制度，令将保安团队还县改警。省遵命于民国26年春，将第三至第十二团拨还各县，改为保安警察队。同年7月，因抗战需要，中央令各省将各县警察队，编组为团，又复将各县保警队改编为第三至第十二团，直属于省。为指挥便利计，设3个支队司令部，第一支队辖第三、四团，第二支队辖第五、六、七团，第三支队辖第八、九团，省属特务大队改编为特务营。不久，支队司令部裁撤。时全省共12个团，1个特务营，官佐1165人，士兵18911人，共20076人。民国27年2月和9月，先后奉命将第十、十一、十二、二、五、七等6个团拨补正规军，又以各团作战伤亡，缺额大多，故将第三团撤销，分补其它各团，余存第一、四、六、八、九等5个团及1个特务营。旋以增加地方抗战力量，将原省政府直属警察大队，改编为特务第二营。时官佐627人，士兵10717人，共11344人。为适应管理、训练、指挥起见，除第一团开赴皖南归第三战区指挥外，复于民国28年春，将第四、八团编为第一支队，第六、九团编为第二支队。民国29年春，以省府驻地兵力单薄，将第三专署常备第二大队调集立煌（今金寨县），连同特务第一、二营，合编为1个团，先称保安特务团，后改为保安第二团，担任省府及机关警卫。同年，根据中央保安团队调整办法，将2个支队司令部栽撤。民国30年6月，驻皖南第一团改编为第三战区兵站监护团。当时因环境需要，复在江北另行成立第一团。时全省共有第一、二、四、六、八、九等6个团。嗣后，又成立巢湖警备大队、白湖水警大队、沿江特派员办公处巡警队等。民国32年春，将原有6个保安团及第一、二区独立大队、沿江特派员办公处巡警队，并编为保安第一、二、三、四等4个团及1个特务大队，另就皖南行署独立大队扩编为保安第五团。巢湖警备大队原系湖匪收编，于民国32年8月间，予以剿除，并将其番号撤销。时官佐641人，士兵9390人，共10310人。民国34年8月，遵照中央规定，将省保安团改编国4个保安总队，1个独立大队，另由正规军第四十八师编余之一团，拨编为第五总队。时全省共有保安总队5个，独立大队1个。民国36年4月，奉国防部电令，抽拨2个总队，补充正规军第六师，所遗2个总队缺额，着省自筹成立，同时奉准增编第六、七总队。是年8月，将所遗第二、五等2总队缺额及增补第六总队组建成立，惟第七总队因限于财力，未能如期编成。时官兵约2.8万余人。民国37年2月前后，省遵照政务院颁布的“保安团新编制”和“六省剿匪会议决定”，除将原6个保安总队改编为6个保安团，原独立大队改编为独立营，原未成立之第七团(即原未成立之第七总队)继续成立外，另增编5个保安团，共12个团；并于团之上，成立4个保安旅，以加强领导和指挥。但由于财力和人员不足，新增的6个团仅成立1个，4个保安旅仅成立3个，第三保安旅只辖1个团。时因战事紧急，编制混乱，员额时增时减，无确切编制和员额可考。保安第一旅旅长郭鉴淮，第二旅旅长韦介伯，第三旅旅长邱绍南(邱正华)。民国37年10月，保安第一、二旅所辖第一至六团改编为第一二六军，开往湖北省黄石，归武汉“华中剿匪总司令部”指挥。当时根据形势需要，遂将安庆师管区2个新兵补充团拨补第三保安旅，又于第五专区成立第五保安旅，旅长王汉昭（嘉山县保安队扩编为第十四团，盱眙县保安队扩编为第十五团，凤阳县保安队扩编为第十六团，滁县保安队扩编为独立团）。另在安庆地区征募新兵，成立新保安第六团。保安第五旅于民国38年4月22日在绩溪县起义，改编为人民解放军皖南独立旅。保安第三旅于民国38年5月上旬逃往江西省婺源县，在人民解放军前后夹击下，被迫投诚。新保安第六团于民国38年4月安庆解放时，被中国人民解放军歼灭。
抗日战争期间，省政府西迁，交通梗塞，于民国27年春，在屯溪设立皖南行署，在定远设立皖北行署，各编1个特务中队；继以皖北情形特殊，扩编为1个大队。民国28年2月为统一编制，均缩编为1个分队。民国28年3月，皖北行署撤销，所辖特务分队并编于第五战区第十二游击纵队，同时将皖南行署特务分队恢复为1个中队，并另成立1个警察队，维护屯溪治安。民国31年春，皖南行署将保安中队扩编为1个大队。民国32年春，又将该大队扩编为保安第五团，直属省保安司令部建制，常驻皖南。
全省保安团队统一于省后，各区兵力皆无。为加强地方武装力量，各区编组常备队，当时多编为1个中队。民国27年11月间，均扩编为1个大队。旋因经费困难，于民国28年2月，将皖南各区一律缩编为1个特务分队，江北各区，专员兼任游击纵队司令者缩编为1个特务中队，不兼者编为1个特务大队。以民国30年计：第一（桐城地区）、二（六安地区）、五（滁县地区）、九（嘉山地区）等4区，各设1个独立大队，第三（阜阳地区）、四（宿县地区）、六（宣城地区）、七（徽州地区）、八（贵池地区）等5个区，各设1个独立中队。民国31年4月，因各区保安队不划一，遂对其进行了调整。调整后，第一、二、五、九等4区，各为1个独立大队，第三、四、六、七、八等5区，各为1个独立中队。第一、二区之大队，于民国32年4月改编为保安团。民国33年4月，因第九区沦陷，独立第四大队随专保公署同时裁撤。抗战胜利后，于民国35年8月，对各区保安队进行了整编，除第三区（阜阳）因环境特殊，编一总队外，其它各区团队，一律裁撤，编入省属各保安总队。整编后，各专保公署因原有部队多已编遣，实力毫无，各区即按所辖各县自卫队名额多寡和军事情形，以不设专人与另增经费为原则，于各县抽调一班或一排，合编为区保安中队，归区保安司令部指挥。解放战争爆发后，国民政府扩军以打内战，于民国36年春，抽调辖县保警中队集中指挥。除第三区仍保留1个总队外，第一（安庆地区）、二（寿县地区）、四（宿县地区）、五（嘉山地区）、六（巢县地区）、九（宣城地区）、十（徽州地区）等7区各抽调4个中队，第七（芜湖地区）、八（贵池地区）等2区各抽调3个中队，成立自卫大队，归区保安司令部指挥。民国37年秋，饬各区成立区保安团，实际成立保安团者仅有阜阳、寿县、贵池、徽州等区，其它因辖区被人民解放军占领或因经费不足未能成立。寿县、阜阳保安团于民国37年10月上调补充第一二六军，贵池、徽州保安团于民国38年春上调补充保安第三、五旅，其余各区自卫大队均于民国37年冬至次年4月，为中国人民解放军所歼。
各县武装力量，自民国23年秋集编为团，统一于区后，县属部队为壮丁常备队。民国27年1月，为发动全民抗日，乃遵照第五战区司令长官部命令，各县成立人民抗日自卫军，县设司令部，辖常备、后备队。县长兼任司令，另设副司令辅助。常备队按各县财力，编为若干大队，为有给制；后备队则为无给制，由各区、乡、保、甲壮丁编成。民国28年1月，依照中央颁布战时国民军事组训整备纲领，将各县人民抗日自卫军，改为县国民兵自卫总队。由县长兼任总队长，社训教官兼任副总队长，并设一总队附，以资助理。旋为节省经费，统一事权，乃将自卫总队合并于县府，所有事务由军事科兼办。嗣后又将各县分为甲、乙、丙3等，按其财力等级，规定常备队数目，为有给制；预备、后备等队，仍为无给制。民国29年春，各县自卫总队改为国民兵团。县长改兼团长，副总队长改为副团长，总队附改为团附。将原常备队改为自卫队。民国34年10月，裁撤县国民兵团，改设县自卫大队，县长兼大队长，副团长改为副大队长，团附改为大队附，专负地方治安之责。据民国35年计，全省自卫队共有：大队54个，中队254个。民国36年春，各县自卫队进行改编和调整，计编保安警察大队48个，中队311个。是年11月，省国民政府订颁《安徽省加强地方武力整编方案》，各县增编保安警察部队。除阜阳、合肥、宿县增至4个大队外，其余第一、二等县增至3个大队，第三、四等县增至2个大队，第五、六等县增至1个大队，每大队辖3个中队。拟全省增编为124个大队，498个中队。多数县分或因经费困难，或因环境特殊，未能按数完成。截至民国37年2月底，仅编成72个大队，393个中队。上述县属保安警察队，于民国37年冬至次年4月，或编入保安旅，或为中国人民解放军所歼。
省保安团队编制与正规军编制基本相同。
保安旅旅部编制为：

保安旅团部编制为：

保安旅营部编制为：

保安旅连部编制为：

县自卫（保警）队编制为：

县自卫（保警）中队编制为：

【游击部队】
民国26年(1937年)12月，国民党军第二十一集才军总司令李品仙来皖抗战，除组织各县自卫军外，另在合肥、定远成立警备司令部，委宋世科、程守之分任合肥、定远警备司令，并委石德纯、余亚农、岳相如等为第一、二、三路人民自卫军指挥官。时第五战区司令长官李宗仁亦委孙伯文、季光恩等为游击司令，在津浦铁路东、西沿线地区游击。民国27年2月，安徽省国民政府改组，地方武力分别移归省政府领导和指挥。省政府对所移交的地方武装，即进行改编，委石德纯、李武德、方钦、岳相如、余亚农宋邦瀚等分别为6路抗日人民自卫军指挥官，分布在淮河两岸地区抗击日军。后因组织过于膨胀，给养困难，便进行整顿，逐渐裁汰。9月，除将原编各路自卫军整理外，又将各路编余部队改编为2个总队，6个模范大队。民国28年1月，民政厅厅长陈良佐与廖磊恐安徽地方部队搞“皖人治皖”，遂谋定对安徽人民自卫军强行整编。除将合肥、定远警备司令部所辖部队拨补正规军外，将第三、六路和第一总队人民自卫军撤销，将第一、二、四、五路和第二总队、6个模范大队等人民自卫军，进行缩编和改编。在强行整编中，除第二模范大队长郑抱真率部参加新四军，未受编并外，其余第一路缩编为5个大队，第二路缩编为3个大队，第四路缩编为4个大队，第五路缩编为8个大队。第二总队和6个模范大队缩编为6个中队，改为第三专区常备第一、二大队。又因合肥情况特殊，军事政治亟待整理，乃成立合肥军政整理处，将地方武装袁斗枢、夏叙堂、马斌等部，拨归该处整训指挥。旋以各路自卫军多未遵命整编，乃移请第二十一集团军总司令部负责整训。5月，第五战区司令长官部命令，将战区内各游击部队统一进行调整，确定番号名称及编制经费，对以前各路、各总队、各支队及各大队等人民自卫军和游击队之原庞杂组织，加以改造。省即遵令复对各路人民自卫军进行整编，统编为游击纵队。并将凤定别动队、凤定嘉游击队、天来盱游击支队予以收编。全省共编为7个游击纵队，委季光恩为第八游击纵队司令，陈树森为第九游击纵队司令，第五区专员李本一兼第十游击纵队司令，皖北行署主任颜仁毅兼第二游击纵队司令，黄师岳为第十四游击纵队司令，第三区专员李盛宗兼第十一游击纵队司令（后更委马馨亭），赵凤藻为第二十游击纵队司令。人民自卫军本系地方武装，枪支亦多为私有，整编中因对原自卫军各司令和各级人员的更换不服，军心遂散。加之新委司令又不善于掌握，其不但不抗日，反而骚扰地方。嗣因各县长相继向省政府反映，皆无力负担经费，省政府乃召开省务会议决定，撤销游击部队组织，所有人员和枪支，仍分别交还地方，编为县自卫队。
各路人民抗日自卫军编制，根据省国民政府和第五战区长官司令部规定，指挥部设指挥官1人，副指挥官1—2人，下设参谋、副官、秘书、军需、军法、军医、政训等8处，直属1个特务营。指挥部下设支队、大队、中队、分队。每支队直属1个特务中队、1个重机枪中队。各路编组大致相同，惟原规定每路编3—5个支队，未能实现，有的仅编1个支队。各路指挥部相当于师的编制，支队、大队、中队、分队相当于团、营、连、排的编制。第一、二、三、六路皆为1.2万人左右；第五路最多，有1.5万人左右；第四路最少，仅5000余人。