滁河发源于安徽省肥东县梁园镇和东南境的浮搓山、尖山一带诸水，沿途汇集两侧大小支流百条。干流在肥东县梁光集与巢湖市栏杆集之间进入本区境内，沿全(椒)巢(县)、全(椒)含(山)、全(椒)和(县)县境至韦家湾后沿滁(州市)江(浦)县界至汊河集进入来安县境，沿来(安)江(浦)、来(安)六(合)县界东北行，至姜渡下出本区境，再东流经六合县城，于大河口入长江，全长269.2公里，流域面积7969平方公里。在本区境内上、下两段共长114.5公里，流域面积4405.5平方公里。
滁河是长江下游—大支流，在本区境内滁河水系均源于江淮分水岭南麓诸水，自上而下主要支流有小马厂河、管坝河、大马厂河、襄河、土桥河、清流河、来安河、沛河、皂河等，其中以清流河最长，襄河、来安河次之。
小马厂河发源于滁州市五尖山，长约29.6公里，总流域面积287平方公里，其中在本区境内流域面积为109平方公里。
管坝河发源于全椒县兴龙集瓦山南麓，南流入三湾水库，出库南流经董家坝晋集入滁河，长25.5公里，流域面积158平方公里。
襄河发源于滁州市皇甫山南麓。有三源:西源出自南将军岭西麓；中源出自将军岭东麓；东源出自李集三星王一带，三源南流至柏板西相会，会合后南流于周家岗北进入全椒黄粟树水库，出库后继续南流经石勒、陈河沿、上头王、至白酒岗折向东行，经襄河镇北绕过全椒县城后，转向东南，流经曹岗、关秦曹至三叉河入滁河，长74.1公里，流域面积为720平方公里。
清流河是本区境内滁河的最大支流，也是滁河的最大支流，旧称乌衣河，大部分在滁州市境内。发源于江淮分水岭东南麓诸山，共有数源，主要分为西、中、东三源。其中西源大沙河，又名白茅河，源自滁州磨盘山、北将军岭东麓和施集三户冷诸水，分别东南流、东流、北流至珠龙西相会，入沙河集水库。全长84.1公里，流域面积1251.7平方公里，其中山区占69%，丘陵占27.4%，圩区占3.6%。
来安河是来安县境内的一条主要河流，也是滁河的一条较大支流，有东西两源:西源发源于嘉山县老虎山南麓、杏山东麓和龙王山北麓三支来水，于双塘会合后东流，进入来安县境，东源发源于来安县北部与嘉山、盱眙两县交界处，南流经屯仓水库、舜山集、来安县城新安镇东、水口西，至小河口入清流河。
沛河又名施官沟，古称吴沛水，在来安县境内，发源于长山东麓芝麻岭诸涧，南流经东寺港水库，龙山、施官、雷官西、至教场圩向东南流，于苏皖边界张庄南入滁河，长39.3公里，流域面积280平方公里。
皂河发源于天长县秦家营，来安县兴隆集长山东麓六合县牧场诸水，于天(长)来(安)六(合)三县交界处会合，沿来(安)六(合)县界蜿蜒南流，于皂桥东入滁河，长28公里，流域面积472平方公里，其中本区境内河长13公里，流域面积约80平方公里。