本区境内湖泊不多，较大者有花园湖、女山湖、七里湖，较小湖泊有沂湖、洋湖、百荡湖、黄家湖等；还有与外省、外地(市)交界的高邮湖、高塘湖、猫耳湖等，这些湖泊均属淮河流域。
花园湖位于临淮关东北淮河岸畔，湖之西部在凤阳县境内，东部在嘉山县境，为郯庐断裂带局部凹陷洼地积水而成，湖面呈菱角形，南北方向长12公里，南纳小溪河、板桥河来水，总集水面积为771平方公里，是凤阳县东部和嘉山县西北部提水灌溉的主要水源。1952年定为准河中游蓄洪区之一，计划蓄洪水位17.5米，蓄洪量35亿立方米，相应湖面达127平方公里。抗日战争时期，黄河花园口决口以后，河水从河南省东部南下注入淮河，夹带大量泥沙沉积于河道和沿淮湖泊，花园湖湖底有所抬高。上游板桥、小溪两河及湖周无工业污染，水质佳，是鱼虾、螃蟹等水产养殖的主要产地之一。
女山湖位于淮河右岸嘉山县境内，距明光镇约8公里。为郯庐断袭带中凹陷洼地积水而成。上从磨山口承池河来水，下出旧县镇(古睢陵县城，今女山湖镇)女山湖枢纽，汇七里湖、猫耳湖水，沿苏皖省界东流，于洪山头注入淮河，湖区南北长约40公里，宽1—5公里，水位14.5米时水面面积为1102平方公里，容积2.47亿立方米，湖底高程11米左右，航道不深，水位高时，从明光以下，可通百吨船队进入淮河，枯水时断流。湖水水质较佳，盛产银鱼、毛刀鱼、虾蟹、芡实等水产，也是沿湖岗地的提水灌溉水源。
高邮湖为苏皖两省边界湖泊，西岸为天长县，淮河人江水道穿湖而过。天长县临湖修筑高邮湖大堤，境内的铜龙河、白塔河、王桥河、秦栏河均东流入高邮湖。湖区南北长48公里，东西最大宽度28公里，湖底高程3.5米，湖面650平方公里，其中天长县境内70平方公里，具有蓄洪、灌溉、航运、水产等效益，湖水位9.5米时，相应水面面积为780平方公里，容积37.8亿立方米，是天长县提引外水灌溉的唯一水源。
高塘湖为本区西北部的边界湖，东岸为定远、凤阳两县，湖面呈南北狭长形，长约20公里，宽约3公里，湖底高程15.0米，湖区大部属淮南市。