一、地区管理机构
1956年以前，滁县地区未设管理职能机构。1966年滁县专署与宿县专署合并成立蚌埠专署，专署水利局开始设工程管理科，各县水利局相应成立工程管理股。1961年恢复原滁县专署建制后，为适应机电排灌工作的需要，增设机(械)电(力)排灌管理所。“文化大革命”期间，各科室撤消，只设生产组统管业务工作，机电排灌管理所部分并入行署农机公司。1972年恢复正常建制后，设工管科，部分机电排灌站业务并入工管科。1978、1979年连续两年大旱，省防汛抗旱指挥部调给本区大小柴油机及水泵1046台套，49460马力进行抗旱，1979年3月经行署编委批准，成立滁县地区水利局排灌队。1981年省水利厅设排灌总站，地区设机电排灌管理站，为事业单位，归地区水利局领导。各县相应设机电股或排灌中心站。具体分工是工管科管大中型水库，机电排灌管理站管机电灌站。内河堤防的管理工作，一般由防汛办公室分管。
1990年11月，经行署编委批准，设立滁县地区水政水资源管理处，定编五人，为区级事业单位，隶属于行署水利局。各县市于1991年上半年相应设水政水资源管理所(股)；滁州市、嘉山县还成立水利公安派出所。水政水资源管理处主要任务是监督检查水利法规的执行情况、归口管理水利纠纷、处理水事违法案件、负责发放取水、河道采砂许可证和收费等工作。全区已任命水政监管人员65人，有水利干警26人。
二、淮河修防管理机构
1956年2月治淮委员会召开淮河流域工程管理会议，要求淮河干流上的县设立治淮工程管理所，由县长兼主任。是年8月，嘉山县成立治淮工程管理处。1956年12月凤阳县在临淮关设治淮工程管理所，地区未设立管理机构。1961年11月安徽省淮河修防局在蚌埠闸成立。1962年3月，成立滁县地区淮河修防分局，办公地点设在嘉山县小柳巷，1962年秋迁至临淮关，1965年12月迁至滁县。1962年3月至年底，凤阳、嘉山两县相应将原工程管理所改组为淮河修防所。
1966年，天长县成立高邮湖大堤工程修防所。是年，省淮河修防局以(66)淮防政字277号文撤销滁县地区淮河修防分局，修防分局的办公人员与地区水利局工管科合并办公。1971年9月省革委会颁发《关于长江、淮河河道堤防管理的规定》，明确规定沿淮地、市、县要建立修防专管机构，1972年4月，重新设滁县地区淮河修防分局，办公地点仍在滁县。1992年5月经滁县地区编委批准，将淮河修防分局改组为滁县地区淮河河道管理局。