乡镇企业在发展过程中，管理体制上曾有几次大的变化，其行政管理机构也相应地作了多次调整。
50年代合作化时期，一些社队办的工、副业归属农业范畴，农业生产合作社配一名副业主任，专管社内的工副业生产。人民公社化后，公社工业有所发展，公社设置工业科，生产大队和生产队一般都设立分管工副业的队、组长。地、县两级则由农工部负责管理。60年代初期由于国民经济大调整，中央决定公社、大队一般不办企业，公社和大队管理工副业的机构也随之撤销。
1970年以后，社队企业逐渐恢复，据1975年末统计，全区约有80％的人民公社和60％以上的大队办起了各种类型的企业。为加强对社队企业的领导和管理，中共滁县地委常委会1975年4月9日会议研究决定，并经中共滁县地区革委会编制领导小组革编字(75)13号文件批复，1975年5月2日在滁县地区手工业局内增设了社队工业组。各县也陆续在县手管局内设立了社队工业股。
1976年2月，国家农林部设立农村人民公社企业管理局，不久安徽省成立了社队企业办公室。同年，本区滁县、来安、定远三县先后成立了社队企业管理机构。1977年元月11日，根据省革委会革发(76)98号文件《关于加强社队企业领导的通知》精神，成立“安徽省滁县地区革命委虽会社队企业局”，归属农口，定编制8名。5月，又经中共滁县地委常委会研究同意增加编制一名，定编人员9名，其中行政编制3名、事业编制6名，局内下设业务组、财务统计组，配秘书1人。5月27日，经中共滁县地委常委会议研究决定：成立社队企业局党组，8月，业务组改为计划生产组，财务统计组改为企业管理组。之后，各县也先后成立了社队企业局。至1977年底，地、县两级社队企业行政管理机构全部成立。嗣后各县着手组建区、乡(镇)两级社队企业领导机构，到1979年底，区、社都成立了工业办事处或工业办公室，设专职人员1—3人。
1978年3月，滁县地区革委会根据省革委会革发(78)33号文件通知精神，决定将滁县地区社队企业局和手工业局合并，成立地区轻工业局，对外挂轻工业局和社队企业局两块牌子，对内是一个统一机构，由滁县地区工办、农办共同领导，以工办为主，统管社队企业、手工业和城镇街道工业。6月，又根据省革委会革发(78)63号文件精神，撤销刚成立的轻工业局，地区社队企业局与地区手工业局仍分开单设，隶属农口。地区所属各县亦按其精神执行，已将社队企业局和轻工业局合并办公的定远，全椒两县也分开单设。
1979年，经中共滁县地委常委会议研究决定、由滁县地区革委会编制办公室以革编(79)9号文件批复：原计划生产科改为生产管理科，增设政秘科、计划财务科和企业管理科。行政编制人数不变，另增6名事业编制。
1983年12月，社队企业局改为社队工业公司，原级别不变。
1984年8月，中共中央、国务院中发(84)4号文件规定：原社队企业改称乡镇企业。地辖各县先后将社队企业局改为乡镇企业局。中共滁县地委、行署办公会议研究决定，将地区社队工业公司改为滁县地区行政公署乡镇企业局，归属经委口。1984年3月，局内将政秘科改为人秘科，财务科并入企管科。同年7月，局内成立人才技术公司，12月改为科技信息科。1989年6月，根据滁行编(89)31号文件精神，成立了滁县地区监察局驻行署乡镇企业局监察室。