本市河流属长江水系。滁河流经东南边境，清流河是其最大的支流。清流河的支流有大、小沙河、瓦店河、盈福河、嘉山百道河、白茆河、常家河等。全椒县境的襄河、小马厂河也源于境域西部。江淮分水岭以北的辖域地面径流汇入定远县池河，属淮河水系。全市总流域面积1398.7平方公里，其中：属长江水系滁河流域面积1318.7平方公里，淮河流域面积80平方公里。
一、滁河
发源于肥东县白龙区同心乡，经全椒县境与巢湖市、含山、和县及江苏江浦县边界，迤逦东南，蜿蜒100余公里，自小周庄入滁州市境，经司家湾、蒋夏、龚祁、陶庄、吴港、邹家沟、杨家河、王河沟、大、小芦庄，至荒草圩龙王坝入江浦县境，至来安县汊河集汇清流河，入六合县后，于瓜埠至大河口注入长江。河流全长269.33公里，流域面积7969平方公里，其中：流经境内15.8公里，流域面积1318.7平方公里；陈浅～吴港河面宽约70米左右，平水年水深3米，邹家沟～杨家河段，河面宽50米左右，平水年水深1.5米。
二、清流河
《明史·地理志》：滁州“有清流山，清流关在其南，清流水出焉。”明《滁阳志》记载：“清流河，源出清流沛。”清流河上有数源，西源：白茆河；中源：盈福河；东源：嘉山百道河。三源于沙河集东南王郢和三官乡汇流(庄)汇合南流，经滁城东关外五孔桥，会小沙河，屈曲东南，左岸至伏家湾入来安县界，右岸经琅琊乡红庙村，担子乡姑塘、胜利、工农村边境，乌衣镇老街、塘坝郢、小河口、西张、伍家圩，红星村双窑，至毛家渡入江浦县境。分别于小河口、陈沟汇来安水至汊河集注入滁河。今源自小油坊水库，主干流总长84.1公里(清流河自珠龙桥～汊河集全长70.1公里)；其中：流经市境域73.1公里。总流域面积1265平方公里，其中：市境流域1056平方公里。洪水总量2.845亿立方米，每平方公里产水量27万立方米。
三、白茆河
清流河西部上源。清光绪《滁州志》记载：“清流河，一曰白茆河，源出磨盘山下仙居涧。”今上源建有小油坊水库。此水南流经大柳、清流寺、广卫，至珠龙乡珠龙村下郭，有瓦店河自右岸来会，折东北流，于珠龙桥入沙河集水库；北有牛头山(水库)、丁家坝(水库)自下周杨交汇，至白石坂汇入沙河集水库，折流于沙河集东南王郢会盈福河，又南会嘉山百道河入清流河。白茆河全长约29.5公里，流域面积305平方公里。
四、瓦店河
发源于滁州市、定远县边界大山，自境内黄峰岭，南流经华严庵、田家户(水库)，经曲亭店、门坎岭，汇合淤河自西南来入，东流经龙盘张、小伍；北有毛家洼、烂泥冲(水库)汇合来入，过瓦店街，始称瓦店河。又东经珠龙乡穆庄水库，于斗板肖汇自邓家洼～徐郢来水，至邢郝，南汇常家河、胡家涧汇流来入，折东北经珠龙桥，注入白茆河。瓦店河全长约15公里。
五、淤河
淤河有二源：一出北将军岭，一出弥陀寺。都是皇甫山之水北东流，合瓦店河，即《滁阳志》记载之曲亭前涧、百花冲涧。今淤河上源于皇甫林场南建有水库，二水交汇入瓦店河，全长约16公里。
六、常家河
源于施集乡小施和长洼等地，俗称长流河，今上源分别建有小王、普贤庵、中坝等水库，水汇流入常家河，北流过平塘徐，有胡家涧(上源三叉河水库)汇入。《滁阳志》记载：“胡家庄涧，在州西四十里，源出丁野孔山，流入清流沛，与瓦店河合”。再经兴珠寺、大涂、西小涂、下陈折东转北，于邢郝注入瓦店河。主干流全长约11公里。
七、盈福河
源出飞石山(亦名石屋山)鲁家凹，东北流经嘉山县境，转东南流，经马垣墙、陈家湾，南会双山大西冲之水，东流至张家湾，南会孟良山、焦赞山、棋盘山诸水，北汇梅家山头之水合而东南流，经南张，南会陡沟子水，北会烟墩沟水，屈曲东流，至湾里杨复入滁州市境，经盈福寺，因名盈福河。又屈曲东流至西牛王，西汇簸箕岭(水库)来水，至吴家公馆，北汇三户梁涧水，又东南流至安徽省农学院旧址，于沙河集东南王郢汇入清流河。盈福河主干流全长约25公里，其中：流经市境内12.1公里。
八、嘉山百道河
古称秋沛水。东源出老嘉山北仙人桥(白云涧)、过溪桥二水，东南流经嘉山县下侯、南黄，与尹家集东北来水合，又南流过帝子庵，至郑家坝与嘉山法华寺侧诸水和嘉山集诸水合而南流，至普贤寺于陡涧朱入滁州市境，又南流至大柿树会西源，此即秋沛水。西源出老嘉山西南金条洪，牛院子二水，南流经广福寺，故名广福河(今建有燕子湾水库)，会源于嘉山县丁家冲南之水，过张八岭车站，南流入境内红石沟水库，合流至大柿树汇入嘉山百道河，经沙河镇潘家湾、团山子、焦巷、吴油坊、折而西南流，至三官乡三官村汇流(庄)注入清流河。嘉山百道河东西两源各长约25余公里。
九、红沙涧
古称双源沛。一源出嘉山县庙子山西北山涧，于张浦营乡入市境域，过上洪，南流入独山水库，至黄泥乡广山村之广济庵；另一源自来安县龙王山西麓之水，西面流合练字山之水来会于广济庵西，又南流过黄泥乡凡郢、许河、郭河、郭坝、沙河镇金牛村殷糟坊、大芝麻里、蔡家湖，西南流经三官乡边境至二道河，经蒙郢、蔡庄、东庄子、小河湾、新庄子汇入清流河。《滁阳志》记载：“红沙涧，在州北二十五里，源出来安县双源沛，俗称大沙河。”全长约30余公里，其中：流经境内约26余公里。
十、小沙河
源出花山乡荣誉村分水岭，东北行，至黄石坝村油坊、赵家河处东会龙蟠山西洼来水；西会侧菱山来水；又东北行，至城西水文站，东有丰山入红花桥水库来水，西南有花山、渴水岭入谭家洼水库来水；三源汇合东北流，经城郊乡官庄十五里大桥(亦名东仙桥)，折北经赤湖铺(即石濑涧)，东北行屈曲套湾，北汇金家桥来水，注入城西水库。明《滁阳志》记载：“沙河，在州西一里，源出侧菱山，北过福山，至赤湖，东注於石濑，又东注於西涧，俗又称乌土(兔)河。河经上水关，穿城中，经赤栏桥，南会洪沟桥水，过通济桥，出下水关，入清流河，俗称小沙河。”民国时期，小沙河“源委约有五十五六里。”昔日的西涧已淹没于城西水库之中，今上源约13.7公里。
十一、凤凰沟
“源出白米山，东南流过金家桥下，与小沙河会合，出乌兔河。”今于城郊乡十二里头一里许入城西水库。
十二、落马涧
旧志记载，相传：皇甫晖战败坠马于此，故名落马涧。源出白米山南麓，东流入清流河。
十三、小马厂河
滁河支流。发源于市境西部五尖山，于章广镇小马厂入樟木山水库，于库南小朱家入全椒县境，注入滁河。全长42公里，流经境内约12公里。
历年清流河大中型水库（站）水位情况表