民国21年(1932年)9月，国民政府设立滁县水利工程委员会，负责管理境内河道疏浚和圩堤整修。一般塘坝和圩堤，均由民间自发设立堤董、圩长，负责组织每年的疏修防汛事宜。
新中国建立后，以国家投资为主兴建的水库、闸坝、机电排灌站，均由国家设立的专门管理机构，派出管理人员进行管理。以“乡(社)村(队)自办为主，国家补助为辅”的小型水利工程则由乡村派人管理。至1987年底，全市属于国营性质的水利工程管理单位29个，其中：大中小型水库有沙河集、城西、独山、红石沟管理处(所)4个，共有全民职工166人。其次是新河、龚祁、芦庄、乌衣、双桥、河东高、新桥等25个固定机电排灌站，共有全民职工108人。
一、水库管理
沙河集、城西、独山、红石沟水库，为国家管理的主体工程。沙河集、城西水库设立管理处，独山、红石沟水库设立管理所。管理要求是：在确保安全的前提下，达到防洪、灌溉、养鱼等综合利用的目的。每年汛前，根据水库、闸坝的实际情况确定汛期控制水位线，制定各种水位情况的保坝措施。平时，定期对坝身进行观测、检查，及时做好维修养护工作。80年代后，在抓好工程配套与维修的同时，大力发展综合经营，变“管理型”为“服务型”。
小型水库、乡村受益工程，由集体安排专人管理，负责放水灌溉、观测水情、岁修配套、水费征收和水产养殖。70年代，管理人员工资由集体统筹，水利部门补贴；80年代实行经济责任制后，一般实行定额上缴，按比例分成，或经济责任承包，做到供水排水场有人管理。
二、排灌站管理
国家水利部门管理的国营排灌站共有10个核算单位、25处站点，总装机135台套，总容量12.34万千瓦，有专职管理人员111人，主要负责制定年度供水与多种经营计划，搞好机电维修保养和渠系配套等工作。80年代后，机站管理人员均实行“供、管、养、护、征”等一系列经济责任制。
乡(镇)村集体所有的机电站，现有小型固定站101座，总装机155台套，总容量8488千瓦。一般采取订立经营承包合同，由机电工管理，实行“管用合一”。承包期一般为3至5年。工资报酬，全年固定，或按受益多少确定。“管用合一”的方法，节约了修理费用，避免了短期行为，提高了经济效益。
三、用水管理
新中国建立前，对官圩官坝，采取“上淌下流”、“尽上不尽下”等习惯旧制，天旱水量不足，规定“救冲田不救田，救秧田不救料田”。新中国建立初期，采取“定量分水”的办法，按受益田亩合理分用圩堤内水，在水量不足的情况下，从上往下滚水救苗。
大中型水库建成后，受益区成立灌溉管理委员会。实行“国家、集体、群众三结合共修共管”的方针。用水单位须预先编造计划，按作物种植、受旱情况和需水量，经灌区委员会审查后，报水库管理处(所)审核，落实后供水。在放水灌溉期间，不准在渠内私埋涵管引水，不准擅自开闸放水，不准拦渠筑坝堵水，不准破坏水利设施，违者轻则批评教育，重则罚工罚款直至追究刑事责任。
四、水费征收
60年代初期，灌溉用水一般按受益田亩征收费用，用水多少不限。此期间征收水费标准较低，自流灌溉区每立方米收费0.3分，提水灌区0.15分。为了加强经济核算，提高经济效益，1985年调整水费征收标准：水库自流灌区每立方水收费0.6分；电力排灌站每千吨水收费0.7元；机械排灌站每千吨水收费1元；从渠道中提水的机电灌站，除收取本站计量水费外，还加收水源水费每立方米0.3分。工矿企业用水每立方米2分，居民生活用水每立方米1分。水面养殖，按总收入5%收费。收费方法由水利管理部门与受益单位明确双方责任，管理单位及时向用水单位供水，受益单位按时如数缴纳水电费，不拖不欠。至1987年，水费收入年均达100余万元。