一、林木
琅琊山是暖温带落叶阔叶林南端和北亚热带常绿阔叶林带的北部边缘，为南北植被类型的过渡地带。因此，植物资源丰富，种类繁多，全山区有乔、灌木树种58科327种。林地植被为天然次生林和人工林交错呈块状、带状混交林。醉翁亭、琅琊寺一线连绵3公里分布的天然次生林，树龄都在百年以上。古刹巨树，华荫如盖，蔚为壮观。林区内大小山坡上，分别为青檀、榉树混交林，麻栎、榉树混交林，麻栎、栓皮栎混交林，五角枫、榉树混交林，麻栎、槲树混交林，以及人工栽植的侧柏林、杉木林与水杉林。
珍稀的古树名木有琅琊榆、醉翁榆、银杏、古梅、青檀、水杉、雪松、楸树、广玉兰等。如民国36年(1947年)中国树木分类学家郑万钧教授在醉翁亭处发现、鉴定为榆科新种的醉翁榆，多沿醉翁亭周围沟谷中生长，干形通直秀拔，生长旺盛，其中较大的一株，树高32米，胸径91厘米，树龄180年以上。琅琊榆，散生于琅琊山杂木林中，现有大树10余株，干形端直，生长良好，其中较大一株树高28.5米，胸径48.5厘米。以上两树种均为安徽省重点保护树种。又如生长在琅琊寺揽秀堂门前的国家二级保护树种的银杏，树龄有300多年，树高25.5米，胸径82厘米。醉翁亭内相传欧阳修所植的古梅，又称“欧梅”。在大雄宝殿后山的石上松，曾名“六朝松”等，均为山中珍木。此外，山体岩缝中多生长青檀、榉树，龙爪般的根贴石延伸，临岩而立，刚劲挺拔，成为山林特色之一。
山林竹类以淡竹为主，其次毛竹、刚竹、水竹、毛金竹、石绿竹、哺鸡竹和阔叶箬竹等也有零星分布，还有新造小面积毛竹分布其间。
二、名泉
琅琊山泉水清冽甘甜。据民国《琅琊山志》载，有庶子泉、白龙泉、净水泉、观音泉、涵泉、蒙泉、六一泉、让泉、醴泉、吕公泉、紫薇泉、双泉绝顶、玻璃沼等。其中最著名的有3处：
庶子泉在琅琊寺中三友亭侧。泉面约9平方米，泉深约3米，泉水出自石罅中，晶莹澄澈，甘甜滋人。唐大历六年(771年)，滁州刺史李幼卿开凿。著名书法家李阳冰曾篆其铭(已佚)，后张忆又书“庶子泉”3字碑，现碑断卧泉下。明嘉靖三十二年(1553年)莆田郑大同来游琅琊，见泉水清洁无比，书“濯缨”2字刻于泉壁，故后人亦称此泉为濯缨泉。
让泉在醉翁亭门前。欧阳修《醉翁亭记》：“山行六七里，渐闻水声潺潺而泻出于两峰之间者，让泉也。”泉水潺湲清澈。泉眼周围用石块砌成方池，约4平方米，池旁有清滁州知州王赐魁立的“让泉”2字碑刻。泉水温度终年变化不大，保持在17～18℃。泉水注入杯中，虽满而不外溢，甘甜适口。梅尧臣有诗赞曰：“使君爱泉者，每来泉上醉。”“让泉秋月”是滁州十二景之一。
紫薇泉在丰乐亭幽谷东南山坡处。泉水潴蓄在方池式的深潭里，常年涌流不绝。相传宋庆历六年(1046年)夏，欧阳修知滁州时，有献新茗者，即派侍役去让泉汲水泡之，汲者不慎，途中将水泼失，就近汲取泉水代之，欧阳修品尝水味甘甜，亲往察看，见泉“其上则丰山耸然而特立；下则幽谷窈然而深藏；中有清泉，氵翁然而仰出，俯仰左右，顾而乐之”。于是疏泉凿石，辟地为亭，泉取名“丰乐”，亭即为丰乐亭。宋元二年(1087年)，滁州知州陈知新重修此景，改泉名为“紫薇”。与欧阳修同时代的名人，如蔡君谟、苏子美、梅圣俞等都曾赋诗赞美此泉。
蓄泉之池有明月池、法华池、放生池、白龙池、方池等。
溪水此外，有溪水名琅琊溪。据民国《琅琊山志》载：“(唐)大历中，李幼卿导其蒙泉，酾以清流，善其幽境而无美名，因号‘琅琊溪’。”上自蒙泉，下至明月池，为明月溪，出寺门入琅琊溪。溪循山谷蜿蜒曲折，穿绿荫丛淙淙而下，幽雅迷人。明滁人孙孟有诗：“琅琊流出山中溪，夹岸桃花山鸟啼。幽入拄杖穿花去，错认武陵归路迷。”
三、幽洞
琅琊山石灰岩溶洞有20多处，其中较为著名的有雪鸿洞、琅琊洞、放云洞、归云洞、重熙洞、花山洞等。
雪鸿洞在琅琊寺藏经楼后西北侧5米处。洞口巨石危门，深奥莫测。民间传说：一说是宋太祖赵匡胤定鼎之地，洞穴深处，藏有赵氏御碑；一说是朱元璋开基滁阳屯兵之所，曾从此洞直取金陵。洞内四壁及顶部，均为巨石拱立而成，嶙峋险奇，冬暖夏凉，为一幽境。盛夏尤阴湿，偶一置身有仙临广寒宫之感。
放云洞在大雄宝殿后山坡下石屏路侧。每天早晨，洞口白云如烟雾，从这里升起，漫及全山。该洞今已淤塞。
归云洞在大雄宝殿后山上。洞石罅离如斧劈，巨石横门，欹危如坠。每到傍晚，白云依依袅袅凝聚而来，象仙女拖着白色的衣裙飞进洞内。相传洞中住有收云仙女，与放云洞中的放云仙子是一对情人。两人初遇时曾相约：“待得石生春，相亲一洞宿”。但两人始终隔山而居，只能终日放云、收云，互寄情思。
重熙洞位于深秀湖东、鸡爪山北坡，是天然石灰岩山洞。洞内曾有钟乳佳景，后毁。明萧崇业《游重熙洞龙蟠琅琊记》中写道：“洞门卑浅，仅容一二人，伛偻进，高敞如屋，可坐十客，上有天空窗闭启，吐日吸月，容光掩映，怪石玲珑，……”相传明时滁人曾避难于此，曾救万众之数，故亦名“普救洞”。“重熙洞天”，是滁州十二景之一。明尹梦璧诗赞：“谁劈滁山山室空，山中怪玉幻玲珑。望穷真境何人到，步入灵源有路通。仙客归眠霄雾湿，野僧起曝曙曦红。缘知此地堪招隐，不用携藤访八公。”
四、季景
春琅琊山约在3月26日入春，从醉翁亭畔到南天门顶，迎春花、杏花、桃花、玉兰、绣球、牡丹、蔷薇、芍药、石榴、樱花、紫薇、丁香和许多不知名的野花，相继盛开。鲜花团团簇簇，象朵朵红云，溢彩流光，绚丽迷人。林间幽谷的野花，清香高远，沁人心脾。春天的琅琊山，山峦叠翠，百花争艳；朝雾夕霭，云烟缭绕；泉溪喧哗，百鸟争鸣，呈现一幅幅天然美丽的画卷。 夏琅琊山的夏季达113天。盛夏酷暑，山下高温炎热，而山上幽谷生风，流泉送凉，如进清凉世界，是游览和避暑的佳期。山上昼夜温差大，夜间需盖被入睡。
秋8月中旬，秋天开始从山顶悄悄下山，到9月中旬已是万山红遍，层林尽染。枫叶鲜灵，松翠欲滴，丹桂飘香，滁菊怒放。每到霜降时日，琅琊寺周围山麓树荫间，石蒜(俗称龙爪花)开得火红热烈，为别山少见。遇有阴雨连绵，林间露水雾气如云如烟，时阴时暗，更有一番情趣。
冬琅琊山的冬季从11月中旬开始到来年3月下旬结束。风霜高洁，水瘦山清。虽花木凋零，然琅琊寺红墙黑瓦，醉翁亭檐角高翘，蓝天白云，使人浮想联翩。若遇白雪，漫山的冰花玉树、珠光宝气令人眼花缭乱。皑皑雪峰与山顶、山腰和山中的琼楼玉宇交相辉映，好一片琉璃世界、北国风光。