河流
本县河流属长江、淮河两大水系，总长226公里，总流域面积1481平方公里；其中属长江水系的有滁河、来河、清流河、五加河、施河、皂河，总流域面积1220平方公里；属淮河水系的有白塔河，流域面积261平方公里。
滁河
绕县东南边界流入江苏六合，施、来、清流、五加四河均南流汇入此河。在本县境内，该河流经汊河、文山、大英、烟陈等地，长26.5公里，流域面积68.2平方公里。
来河为本县境内最长的河流，源于马岭山，流经杨郢、舜山、双塘、张山、新河、水口、三城、相官，广大、汊河诸地，分别由毛渡和陈沟两处入清流河。全长7O.2公里，河床最宽处约100米。属季节性河流，无结冰期。水口以下18.5公里河段可全年通航。来河的泄洪量为500立方米／秒，流域面积507.4平方公里。
清流河
源于滁县境内，经县境三城、广大、汊河乡注入滁河。流经境内长27公里，县内流域面积133.7平方公里。
五加河
源于石塘罗水库上游，经复兴、双塘、新河、水口流向高畈闸，全长36.3公里、流域面积86.6平方公里。
施河源于县境20里长山，由山东南流经龙山、施官、独山、雷官、大英、后入滁河，全长33.0公里。上游河床宽约30米，下游约90米。从雷官向东南河段可全年通航，属常流河，无结冰期。全流域面积279.9平方公里。
皂河
源自大河桥水库上游，流经本县兴隆、磁山、独山、烟陈，后入滁河，流经境内长13公里，流域面积156.5平方公里。
白塔河
源于半塔低丘区，流经大余郢、半塔、兴隆诸乡，后经天长入高邮湖、支流长20.2公里(釜山水库至龙头港水库上游)流域面积248.7平方公里。
地表水
本县大部分地面系第四纪下蜀系粘土层覆盖，降水渗入甚微，储水量小，含水层差。地表水和外来水为分区水资源。据统计，全县迳流量最丰年8.23亿立方米，平水年为4.37亿立方米，枯水年为1.72亿立方米。按平水量计算，人均拥有地表水1092立方米，比全省和全国人均拥有地表水量低368立方米和1608立方米。