动物
禽
本县常见鸟类共40余科70余种，其中主要有小鸊鷉、绿头鸭、豆雁、扇尾沙锥、苍鹭、环颈雉、鹌鹑、珠颈斑鸠、棕背斑鸠、黄腹灰鹡鸰、赤腹鹰、鸢、猫头鹰、家燕、金腰燕，夜鹰、楼燕、大杜鹃、四声杜鹃、黑枕黄鹂、绿啄木鸟、山鹡鸽，白鹡鸽、黑卷尾、喜鹊，灰喜鹊、红嘴蓝鹊、大山雀、画眉、寿带、鹰头杜鹃，蓝翡翠、翠鸟、小云雀、小灰山椒鸟、白头、绿鹦嘴、鹎、秧鸡、董鸡、虎纹伯劳、红尾伯劳、黑鸫、白胸苦恶鸟、棕头鸦雀、银喉长尾山雀、黑腊嘴雀、蓝雀、黑脸噪、短翅树莺、黄眉柳莺、白眉鹅、暗绿绣眼鸟、金翅雀、灰头鹀、三道鹛草鹀、鸟鹟、暗绿鹃鵙、红嘴相思鸟、灰头麦鸡、红胁蓝尾鹊、北红尾雀、鸟斑鸫、黄喉鹀、白眉鹀、红眉水鸲、大嘴乌鸦、白颈乌鸦、麻雀、山麻雀、八哥。
兽
狼、狐狸、刺猬、蝙蝠、野兔，鼠、獐、獾、松鼠、骚狗子、灵猫、黄鼠狼。
鱼常见的有鲢鱼、草鱼、鲤鱼、鲫鱼，鲶鱼、乌鱼、鲲鱼，黄鳝、刺鳅、鳜鱼、泥鳅、花鳅。
昆虫
常见的有瓢虫、蝗虫、金龟子、地老虎、蚜虫、蝽象、天牛、食心虫、金针虫、蜻蜓、步甲、虎甲、天蛾、舟蛾、卷叶蛾、袋蛾、螟蛾、粉蝶、螨、蚕、蜂、黄蜜，蝼蛄、蚯蚓、蟋蟀、蚊、蝇、蚱蜢、织娘、跳蚤、地瘪虫、蚂蟥、蜈蚣、松毛虫、蚂蚁、蝉、蜘蛛、蝎。
此外，尚有蚌、螺、龟、蟹、虾、蛤蟆(青蛙、蟾蜍)、蛇、蜥蜴(四脚蛇)、壁虎等。
植物
树木
乔木：侧柏、翠柏、园柏、龙柏、塔柏、刺柏、速生柏、罗汉松、三尖杉、广玉兰、白玉兰、厚朴、鹅掌楸、香樟、檫木、山槐、黄檀、刺槐、中槐、八角枫、喜树、刺楸、珊瑚树、木绣球、枫香、悬铃木、银白杨、毛白杨、大官杨、钻天杨，柳、麻栎、白栎、化香、紫弹朴、朴树、刺榆、构树、柘树，山桑、杜仲、梧桐、木槿、乌桕、重阳木、枣、丝棉木、软枣、臭椿、苦木、苦楝、川楝、香椿、红楝子、恋树、无患子、南酸枣、黄连木、盐肤木、三角枫、五角枫、三叶槭、雪柳、枳棋、楸树、梓树、厚壳树、棕榈、油茶、油桐、皂荚、野柿、野毛桃、薄壳、山核桃。
灌木：千头柏、匐地柏、鹿角柏、金叶桧、绒柏、粉柏、凤尾柏、孔雀柏、线柏、紫玉兰，狭叶山胡椒、麻叶绣线菊、棠棣、木瓜、皱皮木瓜、野山楂、石楠、火棘，野蔷薇、黄刺莓、茅莓、郁李、山桃、云实、紫荆、紫穗槐、木蓝、截叶铁扫帚、苦参、白檀、五加、楤木、接骨木。陆英、荚迷、木绣球、海仙花、蚊母树、黄杨(瓜子黄杨)、细叶黄杨、簸箕柳，小构树、海桐、扁担杆、木芙蓉、扶桑(朱槿)、结香(三桠)，算盘子、叶下珠、山麻杆、一叶秋、红山茶、连翘、金丝桃、枸骨冬青、卫矛、沙枣(银柳)、胡颓子、牛奶子(甜枣)、木半夏、猫乳、冻绿、圆叶鼠李、老雅柿、九里香、佛手、构桔、米子兰、小叶女贞、花椒、野花椒、竹叶椒、夹竹桃、黄桅子、虎刺、六月雪、苦苣苔、枸杞、十大功劳、凤尾兰、金桔、锦鸡儿、牡荆。
竹
阔叶箬竹、紫竹(黑竹、乌竹)、桂竹(小麦竹)、刚竹(月半竹)、淡竹、人面竹、旱竹、槽里黄刚竹(碧玉间黄金竹)、滁州水竹(学名待定)。
花
白玉兰、万年青、茉莉、桂花、玫瑰、海棠、含笑、菊花、山海棠、野菊花、梅花、水仙、迎春、春兰、刺球、仙人掌(球)、美人蕉、指甲花、腊梅、牡丹、吊兰、樱花、合欢、木芙蓉。
草
常见的有狗尾草、艾蒿、茅草、苔草、龙须草、马鞭草、凤尾草等。
药材
本县植物类中药材共有125科420种。
根茎类药材主要有南沙参、苦参、皖贝母、白芍、白术、白头翁、怀牛膝、土牛膝、天冬、麦冬、半夏、桔梗、龙胆草、远志、玉竹、黄精、天花粉、何首乌、葛根、天南星、三棱、射干、姜、石菖蒲、茜草、百部、百合、威灵仙，芦根、白茅根、猫爪草、地榆、苎草根、漏芦、光慈菇、狼毒、商陆、徐长卿、白龙须、紫花前胡、玄胡、紫茉莉、山药、土大萸、石蒜、芭蕉、知母、板兰根、野葡萄、荸荠。
果实类药材主要有土枸杞、牛子、白花菜子、紫苏子、牵牛子、车前子、菟丝子、女贞子、川栋子、芜荽子、水红花子、冬瓜子、小茴、褚实子，土花椒、侧白子、苦杏仁、火麻仁、郁李仁、山楂、银杏、瓜蒌子、鹤虱、槐米、赤豆、芡实、白扁豆、石榴皮、无花果、木瓜、挂金灯、望江南、风眼草、海金沙、野菱、陈皮、板栗、白芥子、金樱子、花红，朝天椒、连翘、茅莓、朝天子。
草类药材主要有小蓟、茵陈、蒲公英、佩兰、墨旱莲、仙鹤草、金钱草、车前草、石韦、马鞭草、风尾草、浮萍、泽漆、鱼腥草、萝卜地丁、阴行草、马齿苋、半枝莲、苏梗、夏枯草、苍耳草、百蕊草、景天三七、荔枝草、含羞草、三白草、水辣蓼、野荞麦、马敛莓、麦瓶草、石竹、元宝草、田基黄、芜荽、猪秧秧、兔儿伞、燕麦草、鱼草。
花叶类药材主要有金银花、白菊花、旋复花、槐花、扁豆花、玫瑰花、鸡冠花、洋金花、木槿花、凤仙花、凌霄花、荠菜花、合欢花、蝴蝶花、艾叶、侧柏叶。
树皮类药材主要有丹皮、地骨、椿根皮、白藓皮、苦楝皮。
其它类药材主要有松节、卫茅、皂针、忍冬屯、马勃、木灵芝、鬼笔。
附：古稀竹木简介
滁州水竹：为安徽省农学院李书春副教授于1978年在本县宝山林场发现并暂命名的新竹种。此竹属散生型竹类，竹杆绿色，长成后杆高8～10米，尖削度小。节间长25～30厘米，最粗根径为5厘米。根系分布浅，质地硬而脆。笋期为4月下旬至5月下旬。
滁州水竹分布于本县宝山林场汪公庙一带，面积约90亩。传说该竹系元朝时从南方引种，植于当时兴建的汪公庙旁。明末，庙塌竹损，折为竹毛，后连年烧山，此竹未能成园。1958年，该竹杆高仅1.5米左右，径粗不过1.5厘米，且多混生于稀疏的杂树中，后经林场人工抚育，长势较好。
银杏：亦称公孙树、白果树，属银杏科，为落叶大乔木。
银杏树姿雄伟挺拔，古朴有致。本县不少乡镇有单株分布，且多为百年以上之大树。三城乡三城寺，大余郢乡铁佛寺，复兴林场大庵寺等处的单株银杏已逾数百年。其树皮灰褐色、纵裂，枝干臃肿，颇多突起，如瘿似乳头，枝条斜长略下垂，叶入秋则黄落。武集乡龙王庙附近曾有一株银杏树，据说已有千年历史，70年代后期被砍伐。
黄连木：属漆树科，为落叶乔木，高可达20米，树冠团扇形，冬芽呈红色。本县北部丘陵台地常见其与黄檀、栋类等树混交成林。
磁山乡田巷村秦郢队土地庙附近的两株黄连木据说为清光绪年间所植，树高近20米，
胸径约60厘米。
江浙钓樟：属樟科，为落叶小乔木，高5米许，树皮灰色平滑，嫩枝有白杂毛，不久脱落，滁县地区唯有本县半塔林场龙窝寺有分布。