青弋江航道由芜湖经荆山、清水、方村、湾沚至西河，县境内长58公里。清嘉庆年间，载重百担“仙踏子船”，沿江上行可至仙源、石台。民国初年，通航百担左右木帆船至泾县。此后，河道逐渐淤塞。1956年疏浚部分航道，清除土坝、暗桩礁石、石块等障碍物。1958年后，河道失修，航槽变迁，航程缩短，成季节性通航。1982年国家先后投资50.1万元，用3艘挖泥机船，对湾沚以下河道进行疏浚。1985年后，河内黄砂采掘日兴，航道趋深。湾沚以下可常年通航100吨货船。丰水期可通航1000吨轮驳队至西河，境内阻碍航行滩头有张湾、芳山、红庙、双摆渡、小河口、张家祠堂、中窑等处。1987年主要航段设有航标。
水阳江航道由清水经黄池、乌溪、水阳至宣城。县境内长20.3公里，其中乌溪至三里埂9公里为界河。明清时，马山埠、渔潭设河泊纤，有漕船45艘，初主渔课，后兼防守。光绪三十年1904百担木帆船通航宣城县水东。轮船通航宣城。1958年，修佟公坝截流引水灌溉，河床逐渐增高，宣城以上断航。1967年芜湖航运分局投资13.5万元疏浚浅滩，挖掘土方10余万立方米。1978年投资27万元，疏浚宣城以下部分航道，挖泥38万余立方米。1980年后，长江至黄池通航200吨左右驳船或船队，丰水期可通航宣城。
漳河航道由澛港经峨桥、石、黄墓至南陵。县境内自澛港大桥至三不管，长31公里。明清时，百担木船可通航南陵三里店，民国29年至33年1940—1944泰昌、三九两轮船公司有轮船开芜南线客运。建国后，泥砂淤积，河床抬高，通航受阻。枯水时，多处浅滩显露，只通航小木船。丰水期，100吨轮船可通南陵。
长江航道芜湖县段自澛港入县境至杨毛埂出境，全长4.8公里。明清时，B354港镇沿江码头可直靠100吨级以上商船。此段航道处感潮河段，受经流控制。每年4、5月间水位上涨时有短暂春汛，6至9月进入汛期，水位最高。九月以后水位降落。翌年1、2月成枯水季节，变幅7.5米以上下。从五里店至杨毛埂，右岸沙洲散乱，左岸土质松软。山西嘴突出，经白水道来水冲顶，形成大拐弯道，拐弯角度90度，弯曲半径2000米，从民国22年1933至1970年5裂外滩河岸，崩失土地2.8万亩，深泓线左移4.2公里，崩退宽度3850米。小沙洲向下淤长3.7公里，向左淤宽2.2公里，使右岸澛港变成支汊。1971年国家实施抛石护岸，河岸始得控制。1981年后，深泓线由偏左变右摆居中。
支流航道全县支线河流有荆山河，起自卜家店至红杨乡东定虾鱼沟，长32.9公里，季节性通航；胡湾河，陶辛小河口至十连天井坝，长15公里，季节性通航；资福河，西河至团结凌村，长8.7公里，芜湖县和南陵县界河，季节性通航；上潮河，红杨鹤鱼口至三埠管，全长37.5公里，季节性通航；港河，桃木渡至李阜，长6公里，季节性通航；方村河，方村小刘嘴至梅村潘前，长5公里，季节通航；东莞河，红杨乡仑门口至保沙夫子阙，长3公里，季节性通航；赵家河，周皋南阳村至当涂县三里埂，长21公里，季节性通航；青山河，三里埂至大闸小联辛长16.3公里，芜湖县和当涂县界河，长年通航；裘公河，花桥东门渡至当涂乌溪长21.7公里，芜湖县和宣城县界河，季节性通航；红杨河，红杨乡至西河六甲胡长15公里，盛水期通航；欧阳河，梅家楼至小荆山，长3.5公里，季节性通航。