一渡口
境内古渡有：澛港、石、方村、石人、荆山、清水河、蜈蚣、落蓬湾、三埠管、夫子阙、小河口等68道，1971年宣城移交的渡口中古渡有：湾沚、双摆渡、芳山、西河等14道，主要分布在青弋江、漳河、水阳江及其支流上，有的已消失，有的保留至今。
1989年统计全县常年性渡口83道，渡船97艘，青弋江水系有：十甲坝渡、秋四渡、西河下渡、六甲吴渡、双摆渡、团坝渡、红杨渡、芳山渡、小坝渡、湾沚渡、承村渡、清凉渡、枣树湾渡、尹塘渡、方村渡分上下、张家祠渡、万锹渡、竹园渡、中窑渡、殷港渡、龙王庙渡、清水渡、军滩渡、荆山渡、卜家店渡。荆山河水系有：北埂渡、新拐渡、三叉河渡、胜利渡、龙塘角渡、沙坝头渡：李家祠渡、利丰小河口渡、施家渡、上河头渡、韩家得渡。胡湾河水系有:六家渡、新塘渡、沙家桥渡、胡湾渡、赵埂渡、小陡堪渡。方村河水系有:肖家渡、黄泥潭渡、和尚桥渡、唐文渡。资福河水系有：小坝角渡、官江渡、朱村渡、天井坝渡。王村渡。马园河水系有：章坝渡、夫子阙渡、太马渡、赵家河水系有：南阳村渡、李家渡、窑头坝渡、方庄渡、太湖湾渡、汪溪坝渡。水阳江水系有：黄池渡、乌溪渡、蜈蚣渡、小河嘴渡、四号斗门渡。青山河水系有：中闸渡、张拐渡、三里埂渡。裘公河水系有：五四渡、花桥下渡。红杨河水系有：红杨小河渡、米梗渡、三叉河渡、七甲五渡。漳河水系有：下河口渡、上河口渡。陡门口渡、东汪渡、大河桂渡、石镇渡、陈家湾渡。季节性渡口23道。
方村、西河、红杨、荆山为集体性渡口，余为私渡。1988年后，投资80万元，陆续更换钢质渡船63艘，其中17吨客船2艘，15吨3艘，7吨12艘，5吨26艘，3吨20艘。主要渡口基本实行渡船钢质化，动力机械化、渡工年轻化、管理规范化。1988年至1989年，方村、红杨渡口，分别获省“渡运先进单位”称号。
二港口
全县内河有西河、红杨、湾沚、方村、沙河口、殷港、清水、荆山、澛港、商岗埠、商埠桥、石、黄池、东门渡、张镇、大闸大小16个港口，除主要港口建有码头外，其余均为自然护坡。
西河港位于西河镇东，青弋江水系，港区长约100米，可常年停泊5吨以下小船，年吞吐量约5千吨。1959年建有石条台级码头，1985年后因黄沙大量开采，航道得到疏浚，通航能力增大，年最高发运量可达40万吨以上。
湾沚港位于湾沚镇西，青弋江水系，泊岸线上自铁桥，下止南阳村，长2公里，常年通航100吨以上船舶。丰水期可通航千吨级船队。建国后，县运输公司1971年前为湾沚搬运大队投资建货运码头。1959年建石条台级码头。1967年湾沚港务站续建石条台级码头。1972年县航管站建有直立式机械码头未使用。1989年2月，交通部门投资20万元建客运码头，年货物吞吐量约50万吨。
方村港位于方村镇东，青弋江水系，上自渡口码头，下止港务站码头，泊岸线约700米，可停泊100吨级各类船百艘左右，年吞吐量约2万吨。1956年县交通局建石条台级客运码头。1976年方村港务站建客货运输码头。1977年方村搬运队建简易板车运输码头。1988年5月县交通局投资2.5万元改建渡运码头。设有长航客运站、基层航管站、区乡镇船舶管理站。
荆山港位于荆山镇北，属青弋江水系，上自渡口码头，下止水泥厂码头、泊岸线约300米，年吞吐量约20万吨，常年停泊100吨级各类船100余艘。1983年建有两个渡运码头，设有基层航管站。
清水港位于清水镇南，青弋江水系，上游自水厂，下游止船厂，泊岸线约500米，位于青戈江和水阳江汇合处，可常年停泊100吨级各类货船，县航运公司设有船舶修造厂和区乡镇船舶管理站基层航管组织。
石（）港位于石镇南，漳河水系，港区长约50米，年吞吐量约万吨。南陵县设有基层航管站。
澛港港位于澛港镇南，漳河水系，港区长300米，清代以前临长江曾设有水驿，有红船5艘，水舵手25名，水夫45名，为漳河通往长江的咽喉，是长江小型船舶最佳避风港。市航运局设有直属航管站和区乡镇船舶管理站。
黄池港位于黄池镇南，水阳江系，港区长约50米，与当涂县黄池港对峙，年吞吐量约5千吨。可停泊各类船舶，1965年建渡运码头。