中华人民共和国成立后，省级水产管理，先设有水产科（处）。1952年，始设安徽省水产局。其归属变动频繁。各地、市、县水产管理机构，是根据国务院“按渔设治”的建置方针，首先在重点水产地、县建立水产管理机构。1958年后，各地、市、县相继设立水产局（站、股）。大型湖泊设管理委员会。一、皖北行署、皖南行署农林处水产科
1949年至1952年，安徽省为皖南、皖北二行署（省级）所辖。境内水产事宜，分别为皖南、皖北行署农林处水产科管理。
［皖北行署农林处水产科］
置于1951年2月，驻合肥市，辖合肥、蚌埠2市及淮南矿区、六安、巢湖、滁县，安庆、阜阳、宿县6专辖市和49县的水产行政业务。行署水产科定编8人，专区水产科5人，水产重点县设水产股，定编3人，一般县配专职水产行政干部1人。
［皖南行署农林处水产科］
置于1951年11月，驻芜湖市，辖芜湖市，及池州、宣城、徽州3专区，22县的水产行政业务。行署水产科定编13人，专区建设科水产股2人，水产重点县1～2人。二、安徽省农林处水产科
1952年春，皖南、皖北行署合并，同年8月成立安徽省人民政府，在农林处建水产科，编制29人。三、安徽省农林厅水产局
1952年4月，成立安徽省农林厅，下设水产局，与省水产公司两机构合署办公。内设秘书室、渔政、计划、财会，生产、供销、储运6科和水产工作队，编制77人，专、县水产机构编制79人。四、安徽省农业厅水产局
1954年3月，安徽省农林厅分置农、林两厅，水产行、企分置，省水产局归属农业厅领导，内置生产、渔政2科，编制21人。
1958年精兵简政，农业厅水产局改为农业厅水产处，内设渔政、生产2个组，编制18人。
1961年3月，恢复省水产局，仍属农业厅领导，内置渔政、捕捞、生产、物资4科。五、安徽省水产公司
1964年12月，省水产局、水产供销公司和省水产科研所三家合并，成立安徽省水产公司，实行生产、科研、供销三统一。内置渔政、生产、供销、计财、人事、秘书6人科室，编制58人。1966年，水产政、企、科研分置，在农业厅内设水产局，编制27人。六、安徽省农林局畜牧水产组、农林厅水产站
1969年，省水产局因“文化大革命”的斗、批、改而被撤销。
1970年元月，安徽省革命委员会生产指挥组农管站内，配专职水产干部1人，办理全省水产行政工作。
1970年成立安徽省农林局，内设畜牧水产组，水产编制15人。
1973年，安徽省农林局分设农、林二厅，在农业厅设水产站，编制15人。七、安徽省水产局、农牧渔业厅水产局
1978年，由安徽省农业厅水产站和商业厅水产供销公司合并，成立安徽省水产局（厅级建制），直属省政府，内置渔政、渔业、计财、渔机、政秘5处，编制45人，实有57人。1981年废渔机处，增科教处；政秘处，分置办公室和人事处。人员编制依旧。局下属省水产公司巢湖开发公司。地、市、县水产局（站）随行政区划设置。1983年，省直机关行政机构改革，省水产局变为一级半机构，归属省农牧渔业厅。
省级水产行政机构主要领导人更迭如下表：