一、水系
宣城地区河流湖泊主要属长江流域，仅宁国县东南部的茅坦河流向钱塘江。境内有青弋江、水阳江两大水系，湖泊有南漪湖及固城湖的一部分。
1、青弋江
青弋江古名清水、泾水、青弋水。发源于黄山北麓，自泾县陈村入境，经泾县、南陵县、宣州市、芜湖县，在芜湖市入长江。洪水期间水位较高时，常通过两侧的赵桥河、清水河、资福河、上潮河串入水阳江和漳河，在水阳江的姑溪河口和漳河的澛港口分流入长江。青弋江流域范围包括徽州和宣城地区的12个县、市以及芜湖和马鞍山市，流域总面积8178平方公里，干线全长275公里。境内流域面积2600.9平方公里，河流长96公里，河道宽100～250米，河水深2～10米。陈村站历年最高水位34.63米(1954年)，最低水位27.75米，最大洪峰流量6080立方米／秒(1954年)，多年平均径流量26.38亿立方米。1958年在陈村峡谷建造陈村水库，控制面积2800多平方公里。经水库调蓄后的洪水，千年一遇最大洪峰流量为4460立方米／秒，百年一遇为3350立方米／秒。
青弋江在区内的主要支流有：
徽水发源于绩溪县，流经旌德县，汇白沙河、玉溪河等支流于浙溪桥进入泾县。复汇榔桥河、乌溪河诸支流于百园乡的后许注入青弋江。流域面积1064平方公里，泾县境内361.3平方公里。河流总长94公里，泾县境内5公里。河道宽100～150米，水深1～5米。平垣站多年平均流量26.7立方米／秒，最大洪峰流量为光绪八年(1882)的3740立方米／秒；年平均径流量6.56亿立方米，最大径流量为1954年的17.53亿立方米。徽水流域绝大部分是山区，水能蕴藏丰富。
孤峰河发源于泾县，流经本县和南陵县，流域面积178.7平方公里，干流总长49.8公里，河道宽10～50米，水深1～3米，20年一遇洪峰流量530立方米／秒。该河原在泾县昌桥乡的小河湾折向北经南陵县弋江平原注入资福河。1971年改道自桃园滩导入青弋江。
琴溪河在泾县境内，汇汀溪、漕溪二水而成。干流长5公里，流域面积440平方公里(干流区间47平方公里)。其中汀溪流域面积229平方公里，长44公里；漕溪流域面积164平方公里，长25公里。
包合河在泾县境内，长27公里，流域面积151.9平方公里。
茂林河在泾县境内，长20.4公里，流域面积140平方公里。
高桥河在宣州市境内，长30.6公里，流域面积133平方公里。
周寒河在宣州市境内，长31公里，流域面积260平方公里。
2、水阳江
水阳江发源于天目山北麓绩溪县境内。干流宁国以上有西津、中津、东津河三条支流，在潘村渡汇合，进入宣州市。宁国以下主要支流有郎川河、华阳河等。郎川河汇桐汭河和无量溪河经郎溪县入南漪湖滞蓄后于宣州市新河庄汇入干流。在宣州市区有双桥河、油榨沟等叉道串通南漪湖。新河庄以下，左侧有裘公河支流，自管家渡经东门渡、裘公渡、杨泗渡分别至乌溪镇和沟口汇入黄池河，右侧在水阳镇附近由牛耳港、水碧桥河、砖墙港、狮树河等贯通固城湖，再分别由撑龙港和官溪河注入丹阳湖、石臼湖。干流经当涂县的姑溪河在金柱关入长江。
水阳江流域跨皖、苏两省，包括3市、2地区的10个县、市。境内流域面积为7451.1平方公里。上游宁国县境内流域面积2820平方公里，其中西津河港口湾以上1120平方公里，全部为山区，水利、水力资源非常丰富。中游包括广德、郎溪、宣州三县、市，流域面积4198.7平方公里。下游包括宣州市和芜湖、当涂县及江苏省一部分，其中宣州市流域面积432.4平方公里。干流自宁国县罗田村至新河庄长82公里，新河庄以下经水阳镇至当涂县的姑溪河口，长78.4公里。
本流域年降雨量，上游山区约1600毫米，下游圩区约1200毫米。沿干流主要站历史最高水位：河沥溪54.15米(1961年10月5日)，宣城18.33米(1984年9月2日)，新河庄13.51米(1983年7月5日)。最大洪峰流量：河沥溪2500立方米／秒(1969年7月)。宣城7640立方米／秒(1961年10月)，新河庄1430立方米／秒(1983年7月)。多年平均径流量：河沥溪10.6亿立方米，宣城24.81亿立方，新河庄25.2亿立方米。正常泄洪能力为3500立方米／秒。年平均输沙量70万吨。
水阳江在区内的主要支流有：
西津河发源于绩溪县，自宁国县胡乐乡入境。主要河道在境内长70公里，总流域面积1198平方公里。河面最宽处108米，最窄处44.8米。主河道河口高程70米，落差110米。洪水期水深7米，枯水期水深0.6米。多年平均流量3.84立方米／秒，最大洪峰流量港口湾3920立方米／秒(1969年7月)，年平均径流量10.4亿立方米。现河床淤深2米。沿河除东岸附近地势较为开阔外，其他大部分均系山区，河道坡陡流急，洪水猛涨猛落，为水阳江上游洪水的主要来源之一。
东津河在宁国县境内。主河道长69公里，流域面积1013.9平方公里。河面最宽处80米，最窄处35米。洪水期水深7.5米，枯水期水深0.4米。主河道河口高程40米，落差410米。多年平均流量27.41立方米／秒，最大流量2850立方米／秒，年平均径流量8.55亿立方米。现河床淤深1.5米。
中津河在宁国县境内。主河道长43公里，流域面积311.4平方公里。河面最宽处58.4米，最窄处10.8米，洪水期水深5.2米，枯水期水深0.2米。主河道河口高程70米，天然落差80米。多年平均流量8.56立方米／秒，年平均径流量2.7亿立方米。现河床淤深2.5米。
华阳河在宣州市境内。全长42公里.流域面积285平方公里。于向阳乡大洪村注入水阳江。河道坡降大，平均坡降3.8％，又是由22条支流组成.河床卵石覆盖层厚，河水猛涨猛落，流量变幅很大。1975年，宣城县曾进行较大规模治理。但因新河坡降太大，流速太快，河床难以稳定，河堤屡遭洪水冲毁，效益无法维持。
郎川河发源于广德县南部山区。全流域面积2552平方公里。上游广德境内有两条大支流：桐油河和无量溪河，分别长73.5公里和73.2公里。两河在郎溪县涛城乡合溪口汇合成郎川河干流，长32.7公里，河道宽80～100米，于幸福乡朱家圩处注入南漪湖。流域内水土流失严重，河水含沙量大，河道落差仅7米。每年约有20～30万吨黄沙淤积河床。郎川河平均流量25立方米／秒，最大洪峰流量合溪口5110立方米／秒(1984年6月)，一般年份洪峰通过量1600立方米／秒，年平均径流量11亿立方米。1970年冬至1976年。于老河南侧开凿23.3公里长的新河，可分洪流量1600立方米／秒。
3、南漪湖
南漪湖位于宣州市和郎溪县北部圩区。东受郎溪的新老郎川河、钟桥河诸水，西南宣州的双桥河、沙河、浑水港诸水涨水时亦泻入。湖底高程5.3～6.5米，湖岸滩地高程7～8米，最高水位13.81米(1983年7月6日)，最低水位7米左右。据50年代资料，水位12米时，湖水面积223平方公里，容积10.5亿立方米。70年代有所缩小，分别为201.5平方公里和9.88亿立方米。湖泛时自西南出曲河至油榨沟、西北出北山河至浑水港与水阳江合流入长江。水阳江上游宁国大暴雨时，干流新河庄处束水，由北山河倒灌入南漪湖。南漪湖为水阳江中下游滞蓄山洪的天然调节湖泊，对削减新河庄以下水阳江洪峰，减轻水阳江防洪压力，有显著作用。同时也为干旱时农田灌溉提供水源。
4、固城湖
固城湖界江苏省高淳县和本区宣州市之间。水域面积81平方公里，宣州市境内15平方公里。湖底高程5～5.5米，湖岸滩地高程6～6.5米，常年水位7米左右，水位12米时容积为4.6亿立方米，是水阳江下游一座天然滞蓄山洪的调节湖泊。但自1971年以后，砖墙港、狮树河、撑龙港三条河的进出口被筑坝堵死，水阳江洪水不能分泄入湖，加大了干流压力和宣州市沿湖圩区的洪涝问题。
二、地表水
本区属季风盛行区，南北冷暖气团交锋频繁，又受台风影响，雨量充沛，地表水资源丰富。平均年径流量72.65亿立方米，占全省径流量的11.8％：人均拥有水资源3227立方米，耕地亩均拥有水资源3207立方米，均高于全省平均水平。地表水资源的特点是：地区分布不均。南部多于北部，泾县、宁国每平方公里产水量在80万立方米左右，其他县、市只在60～65万立方米之间；人均拥有量和耕地亩均拥有量，宁国县为郎溪县的2.62和4.44倍。年内分配集中。5～7月径流量约占全年的40～50％，12～2月只占10％左右。年际间差异较大。径流量最大年份与最小年份的比值一般为4～5。此外，过境水量约为30亿立方米左右，主要是陈村水库的下泄水，未统计在水资源总量内。此部分水正逐步被开发利用，境内的陈村灌区就是开发利用的陈村水库发电后尾水资源。
县、市地表水资源情况如下表：

三、地下水
本区地下水主要受区域构造、含水地层岩石性质等因素控制，埋藏较深，开发利用较少。据省水利部门资料，浅层地下水资源模数为11.74万立方米／平方公里，以下降泉为主，大部沿断裂破碎带分布。已知有12处地下水分布带(区)：
宣州狸桥——新河庄分布带受北东向破碎带砂岩层、石灰岩层、岩体等控制，为石灰岩岩溶水，砂岩、石灰岩构造裂隙水，岩体、岩层接触带地下水等。
宣州九连山分布带主要赋存在隐伏的石灰岩层及北东向为主的构造破碎带中，为岩溶水、裂隙水。因处于九连山脉带南侧低平地带，地下水常具承压性。古泉啤酒即用此泉水酿制。
宣州敬亭山分布带分为北带和南带。北带地下水赋存于红层、火山岩层下的隐伏石灰岩及其构造破碎带中，以及火山岩、红层、砂岩之间的接触带等部位，为岩溶水、裂隙水、接触带水等。南带地下水赋存于敬亭山南坡转换为平坦红层的转换带。此处为一区域性北东向深大断裂，沿带多处有泉水点出露。
宣州麻姑山分布区受北东向断裂、石灰岩层(含水层)、泥岩层(隔水层)及岩体控制。麻姑山为北东向、东西向两组边侧构造升降抬起的孤山，外侧为隔水的红砂层，含有较丰富的多类地下水。
宣州周王——泾县蔡村分布区为两条近东西向的含水带。受近东西向的石灰岩层与构造破碎带及隔水的细砂岩、泥岩控制，属构造、岩溶地下水。
宣州水东——虾子岭分布区处于虾子岭背斜隆起带与姚村花岗岩体外侧，石灰岩分布广泛，北东向与北西向断裂构造发育，地下水丰富。碧山龙泉洞即为古地下水侵蚀而成。这一地区的石灰岩赋水层构造破碎带延伸到宁国县港口一带，具有多类型地下水。
泾县孤峰——太园分布区受北东向展布的孤峰向斜拗陷带与北东向北西向破碎带控制，地下水集中分布于向斜带中，主要为构造岩溶水。
泾县北贡——厚岸分布带处于云岭岩体、厚岸岩体所包容的北东向石灰岩带、炭硅板岩带的组合部位，北东向及北西向断裂构造、顺层构造、接触带构造集中发育，为地下水赋存提供了补给与汇集条件，发育着多类型地下水。
宣州华阳——泾县汀溪分布区处于华阳南北向地层构造破碎带及汀溪花岗岩体外侧，近南北向、北东向、北西向三组构造复合迭加的发育，导致地下水富集，发育着裂隙水、岩溶水等地下水点。白云洞即为挽近地质时期地下水活动形成。
广德新杭——独山分布带处于北东向的独山背斜呈起带与新杭、流洞向斜拗陷带的结合部位，石灰岩分布广泛，北东向顺层破碎带与北西向地层破碎极为发育，导致多类型的地下水丰富汇集。太极洞亦为挽近地质时期地下水活动形成。
郎溪伍牙山——白茅岭分布带处于广德县庙西花岗岩体西侧与郎溪县凌笪至江苏省溧阳火山岩带的东缘所夹持的部位中，广泛发育的石灰岩层、砂岩层被北东向、北西向构造切割得极为破碎，形成砂岩层构造裂隙水、接触带裂隙水。涛城龙泉矿泉水即产于这一含水带中。
郎溪郎川河近东西向含水层分布区为郎川河的古河床、古河漫滩、滨河浅滩第四系全新统的冲积层含水层。上部为粉砂质亚粘土，下部为灰黄色砂砾层，二元结构明显，下部层富含地下水。因上游为火山岩层，故地下水中含铁、锰质。
在地下水中，有温泉、矿泉、氡水、碳酸气泉、硫化氢气泉等分布。其中矿泉为优质地下水，主要产于石灰岩地区。已调查的矿泉点有泾县厚岸乡宝丰矿泉、太园乡太子泉，宣州市溪口乡古西溪矿泉，郎溪县涛城乡龙泉等。古西溪矿泉经专家鉴定，属低硬度、低矿化度、低钠、高钙、无污染的优质矿泉水，已由宣州市矿泉水公司开发。郎溪县涛城龙泉经南京大学地质系分析，含钠低、富含偏硅酸的矿泉水中含有对人体有益的多种微量元素。