1949年5月13日成立宣城军分区，驻宣城城关镇，隶属皖南军区。内设参谋处、供给处、卫生处和作战、侦察、队列、通讯、机要、教育、管理、人武、组织、宣传、保卫、青年科，以及文化站等。下辖1个独立营和宣城、广德、郎溪、宁国、泾县5个县大队。
1950年5月，宣城、芜当两军分区合并为宣城军分区，驻宣城。内设司令部、人武部、政治部、干部部等。下辖宣城、广德、郎溪、宁国、泾县、当涂、南陵等7个县独立营，代管警备第四团。
1952年5月，宣城、巢湖军分区合并为芜湖军分区，驻芜湖市。下辖宣城、广德、郎溪、泾县、南陵、芜湖、繁昌、当涂、无为、巢县、和县、含山、庐江县和芜湖市人武部。
1954年，县、市人武部改称兵役局，保留人武部名称。
1956年2月，芜湖、徽州军分区合并为芜湖军分区，驻芜湖市。9月芜湖市兵役局划归省军区领导。1958年8月，芜湖、马鞍山市兵役局划归芜湖军分区领导。芜湖军分区共辖芜湖市、马鞍山市和宣城、郎溪、广德、泾县、南陵、繁昌、当涂、芜湖、巢县、和县、含山、无为、庐江、歙县、绩溪、旌德、太平、石埭、宁国、休宁、祁门、黟县等24个市、县的兵役局。同年，取消兵役局名称，恢复人武部名称。1959年11月庐江县人武部划属六安军分区。
1961年3月，芜湖、徽州两军分区分置，祁门、黟县、宁国、太平、休宁、石埭、旌德、绩溪、歙县人武部划属徽州军分区。同年9月和次年6月，马鞍山、芜湖市人武部改由省军区直接领导。
1965年8月，芜湖、巢湖两军分区分置，巢县、含山、和县、无为县人武部划属巢湖军分区。同年9月，芜湖市人武部划归芜湖军分区领导。
1966年7月，中国人民公安部队芜湖专区大队，改为安徽省军区独立第三营，隶属芜湖军分区，各县公安中队，改属县人武部。
1975年5月，芜湖市人武部改由省军区直接领导。
1976年5月，省军区独立第四团改属芜湖军分区领导，同时撤销省军区独立第三营。
1980年6月，芜湖军分区改称宣城军分区，驻芜湖市。芜湖县人武部划属芜湖市人武部，青阳、宁国两县人武部划属宣城军分区。1981年7月，军分区内部只设司令部、政治部、后勤部，各干休所升格为团级。1983年6月，独立第四团改建为武装警察，移交给省武警总队。
1983年9月，军分区增设党史办公室、老干部管理所。青阳、南陵、繁昌县人武部划属芜湖军分区，当涂县人武部划属马鞍山军分区。宣城军分区辖宣城、郎溪、广德、宁国、泾县人武部，以及教导队和8个干休所。
1985年6月，县人武部改归地方建制，人员集体转业，军事业务受军分区领导。
军分区司令员更迭情况表

军分区政治委员更迭情况表