专项审计主要是根据上级审计机关的统一部署，配合市委、市政府的中心工作，或接受有关部门委托进行专门项目的审计。从1985年起，全市有重点、有针对性地开展的专项审计有：行业审计、专案审计、决算审计、罚没款审计、附加费审计、撤销单位帐务审计、经费使用效果审计等。专项审计的开展，对于严肃财经纪律、维护国家利益、管好用好资金起了重要作用。1985年，首次开展的专项审计，是配合全省公路养路费收支情况审计，接着又开展对粮食系统“平转议、议转超和超购加价”的专项审计，对农业银行系统截留国家利润的违纪金额审计，对小化肥经济效益下降情况的专项审计等，共查出有问题金额66.7万元，其中违纪金额41.6万元，效益问题金额13.8万元，帐目差错金额11.3万元。同年，还配合市纪委对市纺机配件厂、沪皖纺织公司门市部、市冶金公司、华强电气公司开展专案审计，共查出倒卖钢材、滥发奖金实物、请客送礼等违纪金额11.46万元，均分别作出处理。1986年，根据上级审计机关的统一部署，市审计局对市物资局下属的燃料公司和金属材料公司的财务收支情况开展行业审计，查出违纪金额99.4万元。通过审计处理，收交审计专户73.5万元。年初，还集中力量对城市公用事业3项附加费开展专项审计，通过对供电局电费附加、市邮电局电话附加和市自来水费附加的审计，发现截留、拖欠、少提附加费589.7万元，审计后收交审计专户577.29万元，单位直接上交市财政4.5万元，并对供电局截留电费附加577.29万元的严重违纪问题进行严肃处理。同年，市审计机关还对市教育主管部门、市卫生防疫站的经费使用情况进行专项审计，对向山硫铁矿的财务收支进行决算审计，都收到较好的审计效果。
1987年，市审计机关配合政府机构改革，分期分批对工交、商贸、农经系统的21个撤销单位进行财务收支审计，共查出违纪金额308万元。通过审计，保护了撤销单位的资产不受侵犯，有效地制止了突击滥发钱物的不正之风。同年，又对市建设银行、工商银行和信托公司开展财务决算审计，查出违纪金额122.28万元，其中虚列支出44.3万元，挤占成本0.75万元，多提留利74.76万元，乱发钱物2.74万元。对市外贸公司、石油公司、木材公司、机电设备公司等单位的财务收支进行行业审计，审出违纪金额210万元，根据违纪情况分别进行了处理。1988年，根据国家审计署下达的4个专项审计项目和省下达的专项审计项目进行审计。其中主要有对市、县保险公司1986～1987年的财务决算审计，查出违纪金额7万元；对市、县生资公司的业务经营和财务收支审计，查出违纪金额26万元；对市、县工商行政、司法等11个单位的规费和罚没收支审计，查出公安、检察、物价等单位欠交罚没款9.6万元。与此同时，市审计机关还配合省审计局工交处对马钢公司的财务收支进行专项审计，查出部分违纪金额，收缴审计专户69.86万元。此外，市审计机关还结合全市实际情况，自行安排17个审计项目，都收到较好的审计效果。