市审计局成立后，从1985年9月起，开始对全市行政事业单位分批进行财务收支送达审计。1987年，为贯彻国务院关于加强基本建设计划管理、控制基本建设规模的若干规定和厂长（经理）任期经济责任目标审计的有关精神，又开展自筹资金基本建设项目事前审计和厂长（经理）任期终结审计。随后，行政事业单位的报送审计、厂长（经理）任期终结审计和自筹基本项目的事前审计，即作为经常性的规范审计定期进行安排。
［行政事业单位报送审计］
为推动行政事业单位加强财务管理，搞好增收节支，1985年9月，市审计局首次对全市71个行政事业一级财政预算单位的财政收支，分批实行按时送达审计，根据审计情况分别发出审计结论及处理决定通知书。1986年，全市行政事业单位报送审计全面展开。当年共审计74个一级行政事业预算单位，审计面达100％，查出违纪金额57万元。1987年，根据市委、市政府40项目标中紧缩行政事业费的要求，对全市105个行政事业预算单位的财务收支实行分类分期分级报送审计，分别进行月审、季审和年审，审计面达100％。与此同时，还抽审了13个二级行政事业预算单位，共查出违纪金额21万元，纠正处理4.8万元，与1986年相比，违纪单位减少45％，违纪金额下降77.7％。
［厂长（经理）任期终结审计］
为进一步深化企业改革，贯彻中央《全民所有制企业厂长（经理）工作条例》，健全和完善厂长（经理）更替交接制度、从1987年起，市审计机关根据企业干部管理权限，对全市企业分别划分审计范围。当年，首次对市电磁线厂、市纺织厂进行厂长（经理）任期终结审计。其后，又对向山硫铁矿、传动机械厂、硫酸厂、橡胶厂、当涂县钢铁厂等8个单位进行厂长（经理）任期终结审计。审计中通过企业经济指标核算和技措改造完成情况的考核及厂长（经理）任职期间完成目标责任制有关数据，对企业责任人作出客观公正评价。在所审的8个企业中，共查出违纪金额713万元，均分别作出了处理。
［自筹基建资金事前审计］
1986年，根据国务院提出的“三保三压”的基建方针，为合理调整投资结构，压缩固定资产投资规模，集中财力保证重点建设，开始对自筹基建资金进行来源渠道的合法性、合理性审查，以加强事前控制。当年，先后对当涂肉厂等10个单位的自筹建设资金来源开展审计。1987年，市、县两级审计机关又对全市104个单位的自筹基建资金进行事前审计，共审查计划投资额1622万元，其中资金来源未落实和资金来源不正当的（共计金额86万元）未予批准。其后，全市又审查自筹基建项目64个，投资金额2335万元、发现资金来源有问题的项目6个，资金为155万元，审计后均分别给予撤销处理。