1949年5月2日，南京市军事管制委员会先后派遣军事代表毛更甦、上官嵩华、宋养公、王跃堂等，接管马鞍山分矿。1950年6月17日，华东军政委员会工业部将马鞍山分矿改组为马鞍山矿务局，于瑞年、袁子英分任正副局长，矿务局先后隶属华东军政委员会工业部矿冶工业管理局和重工业部钢铁工业管理局华东钢铁公司领导。1952年12月24日，马鞍山矿务局正式移交给安徽省委工业部。1953年2月19日，改称马鞍山铁矿厂，同时将桃冲矿区划属马鞍山铁矿厂。同年10月9日，又改称马鞍山铁厂，始设采矿科、勘探队。为了与《马鞍山钢铁厂发展计划》相适应，根据中央“分区建设”的方针，1956年8月，铁厂正式设矿山工作处，工作处下设计划、生产技术、地质、测量、安全、设备、财务等科和勘探队，编制50人。这是建国后马鞍山矿区建立的第一个矿山管理专门机构。
1958年8月1日，马鞍山钢铁公司成立，开始由单一炼铁生产企业逐步向钢铁联合企业转变。矿山经过第一个五年计划时期的建设已初具规模，形成与冶金、建设并重的三大系统。矿区设置矿山部作为管理机构，生产矿山有南山、姑山、桃冲3个铁矿，另有东关采石场、大山（和县）白云石场、梅山（繁昌）石灰石场等辅助原料矿山。1959年3月10日，矿山部改为矿山处。1961年，根据中央的调整方针，机构精减，矿山处由50人压缩到18人，下设采矿、地质、机动3个科，除保留必需的铁矿生产外，辅助原料矿山全部关停，矿山职工也由1958年的9370人减至3761人。这种组织格局一直稳定到1965年底。1966年以后，由于“文化大革命”的影响，矿山组织机构时分时合，极不稳定。1967年，马钢设生产指挥部直接领导矿山生产。1968年马钢革命委员会成立，下设生产指挥组，有2人分工联系矿山工作。1970年9月至1973年2月，全市实行“政企合一”体制，市革命委员会生产指挥组第二办公室直接管理矿山。1971年，第二办公室下设矿山小组，定员3人，分口管理南山、姑山、桃冲铁矿和花山粘土矿、船山石灰石矿，并筹建汤山白云石矿（后调整下马）、矿山汽车修配厂（后与马钢汽车修配厂合并）；有关矿山建设工作则由第二办公室矿建小组领导。1973年3月1日，马鞍山钢铁公司恢复建制后，重设矿山处，下分采矿、选矿、地测3个科，编制14人。同年6月，安徽省马钢建设指挥部成立，下设矿山建设处，到1975年8月撤销。1975年8月14日，马鞍山钢铁公司矿山公司（以下简称矿山公司）正式成立，原马钢所属矿山系统各单位归口矿山公司统一领导。公司机关下设生产、技术、财务、材料、基建、安全等11个处室，编制124人；管辖单位有南山、姑山、桃冲3个铁矿和花山粘土矿、船山石灰石矿、矿山建设工程队。矿山公司成立后，组织机构有两次大的变动，一次是从矿山公司成立到1982年4月。在此期间，除设计、计划、财务由马钢统一集中管理外，矿山系统的生产建设、政治工作以及生活福利方面的组织领导均由矿山公司负责。至1980年9月，矿山公司机关多达24个处室、55个科，在册人员1082人。管辖范围包括4个生产厂矿（南山铁矿、南山选矿厂、姑山铁矿、桃冲铁矿），2个基建单位（矿山汽车修配厂、花山粘土矿)，2个施工单位（矿山工程处、井巷公司），1个辅助厂（机修厂），2个筹建单位（罗河铁矿办事处、矿山设计研究所），1所矿山技校，1个服务公司，职工总数12069人。另一次变动是在1982年4月，撤销矿山公司党委，矿山公司转为职能管理机构。机关精减为办公室、计划、科技、安全环保、工程管理、机动等6个处室、15个科，定员258人；原归属矿山公司领导的各单位均改属马钢公司直接领导。
矿山公司基地位于市郊东南的佳山乡三姚村境内，占地14.98万平方米，建筑面积6.6万平方米，拥有固定资产1141.77万元。机关设有办公室、生产计划处、技术处、工程管理处、机动处、安全环保处等6个处室，下设20个科；辖有矿山设计研究所和中、小学各1所。1987年底，在册职工437人，其中工程技术人员176人。
矿山公司是马钢公司下设的矿山管理职能机构，负有管理矿山的一定职责和权限。其主要任务是：矿山系统的生产技术管理和设计研究，生产调度指挥，专用基金（矿石提成、基本折旧）的管理和正确投放，维持简单再生产和大修工程管理，勘探、开拓、采准的规划，采、运、选的综合平衡，以及按照马钢公司的计划指标，运用经济责任制的手段进行全面考核，并和马钢公司有关职能处室构成纵横协调的管理网络。在隶属关系（马钢公司—矿山公司，马钢公司—矿山）不变的前提下，矿山公司从专业归口、分级管理的角度开展工作，其管理层次为马钢公司→矿山公司→矿山→车间→工段；其管理工作按专业分为生产计划、技术、工程、机动、安全环保5个方面。