建市前，马鞍山地区无专门卫生防疫机构，矿区环境卫生、工人健康检查、预防接种等事务均由矿务局附属医院1名保健人员负责。1956年马鞍山铁厂卫生科成立，始有5人专门从事矿区卫生防疫工作。1958年4月，市防疫站建立，有工作人员14名。建站之初，内设卫生监督组，开展劳动卫生、环境卫生以及流行病防治工作。随着城市的发展，防治工作面日益扩大，1960年1月，升为乙级站，人员增至65名。同年，向山、采石、金家庄、郊区等区防疫站先后成立。1968年，市防疫站与人民医院合并，成立市人民卫生防治院革命委员会。1970年8月6日，站、院分开，市卫生防疫站革命委员会成立。1972年12月，市站内设机构调整，建立卫生防疫、公共卫生、血吸虫病防治3个组。1975年，市站人员增加到62名，其中医师9名、医士35名、防疫员6名。同年4月，重建郊区区站。1977年，花山、向山、雨山、金家庄4个市区站恢复，编制26人。同年12月，市职业病防治所成立。1982年，市防疫站已有办公室、流行病、地方病、食品卫生、环境卫生、劳动卫生、检验、宣传等8个职能科室，工作人员达78名。1984年，地方病科由市卫生防疫站划归市血防站。至1985年1月，市卫生防疫站有9个科室，95名工作人员，其中主管医师10名，医师29名，西医士22名。1987年，市、区两级卫生防疫站共有职工106人，其中卫生技术人员92人。