农垦科研属企业办科研性质，为农垦经济发展服务。现有科研所（站）23个，科研人员114人，工人347人，试验用地5637亩。科研经费主要靠省农垦总公司补助和农场自筹。70年代以来，每年科研经费约20万元。80年代以后，每年投入30万元左右，其中国家拨款累计45．42万元。
23个所（站）中，普济圩农场农科所、华阳河总场棉科所、宣郎广茶叶公司茶科所和淮南乳品公司农牧所，是安徽农垦最早建立的4个科研所，也是在省科委登记建立的专业所，其余所（站）是农场自办的科研单位。场办所（站）中，寿西湖、潘村湖、正阳关、龙亢、焦岗湖、阜蒙、方邱湖、水家湖等8个农场的所（站）以麦豆试验研究为对象；皖河、大圹圩、青草湖、白米山等4个农场的所（站）以水稻试验研究为主；砀山果园场果科所以果树研究为；敬亭山茶场生防站以茶叶生物防治为主。各所（站）均突出重点，各具特色。科研工作以较早建立的4个专业所为龙头，形成了稻、麦、豆、棉、茶、果、牧等比较齐全的科研体系。